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CLASIFICACION (PowerPoint)

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CLASIFICACION (PowerPoint) Powered By Docstoc
					            Nucleoide    Citoplasma
                                  Membrana
Cápsula
                                   celular




                                      Pared
          Flagelo       Pili          celular
                     Reino Animalia
 Clasificación
 tradicional         Reino Plantae




Tres Reinos:
Sistema de Haeckel
(1894)
                     Protistas atípicos
  Reino
                     Protozoa
  Protistas
                     Protophyta
  Reino Planta

  Reino Animal
Esquema de                         Dominio         Reino Bacteria
Margulis: dos                      Prokarya
dominios y 5 reinos                                Reino Protoctista
(1988-1996)                                        Reino Fungi
                                   Dominio
                                   Eukarya         Reino Plantae
                                                   Reino Animalia




                      Dominio                 Subdominio Eubacteria
Cuatro                Prokaryota              Subdominio Archaebacteria
Subdominios
                      Dominio
 (Mayr 1990)          Eukaryota

                           Subdominio Protista
                           Subdominio
                                                 Reino Metaphyta (Plants)
                           Metabionta
                                                 Reino Fungi
                                                 Reino Animalia
                              Reino Mychota
Sistema de Copeland: cuatro
Reinos (1956)                 Reino Protoctista

                              Reino Plantae

                              Reino Animalia




                              Reino Monera

                              Reino Protista
 Whittaker: Cinco
 Reinos (1969)                Reino Plantae

                              Reino Fungi

                              Reino Animalia
Tres Dominios (Woese 1990)     Dominio Bacteria
                               Dominio Archaea
                               Dominio Eucarya




 Cavalier-Smith 1998         Superreino Prokaryota
                                 Reinos Bacteria
Suprareinos y Seis Reinos    Superreino Eukaryota
                                Reino Protozoa
                                Reino Animalia
                                Reino Fungi
                                Reino Plantae
                                Reino Chromista
La línea verde indica origen bacteriano de los cloroplastos
La línea roja indica origen bacteriano de las mitocondrias
      DOMINIOS: Caracteres que los
              definen



              BACTERIA               ARCHEA          EUKARYA
 Células                procariotas                   eucariotas
Núcleo con                    NO                         SI
Membranas    enlazados por          enlaces eter,   enlazados por
 lipídicas        éster,             ramificado          éster,
             no ramificados                         no ramificados

organelas                     NO                         SI
ribosomas                     70S                        80S
La taxonomía es la ciencia de la clasificación, agrupa y separa los
organismos vivos de acuerdo a sus características fenotípicas o
genéticas. Para propósitos de clasificación, los organismos usualmente
son reconocidos en órdenes superiores, familias, géneros, especies y
subespecies.

 Es una ciencia ARTIFICIAL, influida por los avances en las
 técnicas.


                            SE DIVIDE
                       1.   CLASIFICACION
                       2.   NOMENCLATURA
                       3.   IDENTIFICACION
“Es la ordenación de los microorganismos en grupos o taxones en
   función de semejanzas mutuas o de parentesco evolutivos”



    El objetivo es el de ser ESTABLE, OBJETIVA Y PREDICTIVA
“Es la asignación de un nombres específico a los grupos taxonómicos de
        acuerdo a criterios y normas preestablecidas y adminitidas
                            internacionalmente”
“Es la parte práctica de la taxonomía, dado que permite encuadrar un
determinado organismo en un grupo taxonómico previamente
establecido”
Las distintas categorías taxonómicas se definen por las propiedades y
características que poseen las bacterias que las integran.




Los datos reciben el nombre de caracteres taxonómicos. E incluyen
caracteres fenotípicos, genéticos y quimiotaxonómicos.
               FENOTÍPICOS



•   1) MORFOLÓGICOS
•   2) BIOQUÍMICAS/FISIOLÓGICAS
•   3) SEROLÓGICAS
•   4) FAGOTIPIA
•   5) PRUEBAS DE INHIBICIÓN
                GENÉTICOS



• 1 ) ADN / ARN: contenido de G+C, hibridación
  ADN-ADN, secuenciación del ARNr
          QUIMIOTAXONÓMICOS


• 1) MEMBRANA CITOPLASMÁTICA: ácidos grasos,
  tipos de lípidos polares, presencia de ácidos
  micólicos
• 2) PARED CELULAR: tipos de peptidoglucano,
  presencia de ácidos teicoicos
• 3) PROTEÍNAS: comparación perfil proteínas,
  secuencia de aminoácidos
T
A
        ENFOQUE
X        CLÁSICO

O
N       TAXONOMÍA
         NUMÉRICA
O
M
Í   ENFOQUE GENÉTICO O
        MOLECULAR
A
               RASGO O CARACTERISTICA
Forma                                Constituyentes de pared celular
Tamaño                               Fuente de energía
Morfología de colonia                Productos de fermentación
                                     Temperatura óptima de desarrollo y
Características ultraestructurales
                                     rango
Tinción                              Tolerancia osmótica
Mecanismo de motilidad               Relación con el oxígeno
Inclusiones celulares                pH óptimo y rango
                                     Sensibilidad a inhibidores y
Fuentes de carbono y nitrógeno
                                     antibióticos
Usa las características bioquímicas, morfológicas y culturales, así como
las susceptibilidad a los antibióticos y compuestos inorgánicos, para
determinar el grado de similitud entre organismos.




Se calcula luego un coeficiente o porcentaje de similitud.




Se construye un dendrograma o matriz de similitudes entre los
organismos.
      Ejemplo de codificación de datos


   Estados
Característicos Cepa A Cepa B Cepa C Cepa D
1                +      +       -      0
2                +      +      +       +
3                +      +      +       -
4                -      +       0      0
5                +      +      +       +
6                +      +       -      +
7                +      +       -      0
8                0      -      +       +
9                +      +      +       +
10               +      +      +       -
11               +      0       -      0
12               +      +      +       -
           Coeficiente %S dispuesto de manera arbitraria

     1    2    3    4    5    6    7    8    9    10   11   12
1    100 50    48   56   84   49   39   51   52   51   53   48
2    50 100 50      85   51   53   43   51   93   49   48   94
3    48   50 100 52      50   34   32   86   52   93   89   50
4    56   85   52 100 57      54   39   58   93   54   52   89
5    84   51   50   57 100 51      41   52   53   52   56   59
6    49   53   34   54   51 100 89      80   55   82   87   53
7    39   43   41   39   41   89 100 29      43   29   39   44
8    51   51   85   58   52   80   29 100 80      88   78   51
9    52   93   52   93   53   55   43   80 100 51      50   89
10   51   49   93   54   52   82   82   29   88 100 81      49
11   53   48   89   52   56   87   39   78   50   81 100 48
12   48   94   50   89   59   53   44   51   89   49   48 100
2
12   94
4    85   89                       %S agrupados
9    93   89   93
3    50   50   52   52
10   49   49   54   51   93
11   48   48   52   50   89   81
8    51   51   58   80   86   88   78
6    53   53   54   55   34   82   87   80
7    43   44   39   43   32   29   39   29   89
1    50   48   56   52   48   51   53   51   49   39
5    51   59   57   53   50   52   56   56   51   41   84
     2    12   4    9    3    10   11   8    6    7    1
                DENDROGRAMA
                                                 GRUPO

50      60          70        80      90   100


                         C freundii               1
      Citrobacter

                         C diversus
                                                  2


     Escherichia coli
                                                  3
         GÉNERO Y ESPECIE
 El significado ideal de la identificación y clasificación debe
 ser comparar la secuencia de cada secuencia de genes en una
 cepa dada, con la secuencia de genes para cada especie conocida.




 El método que se usa es la hibridización.



Este método puede ser usado para medir el número de secuencias
de DNA que dos organismos cualesquiera tienen en común y para
estimar el porcentaje de divergencia dentro de las secuencias de DNA
que están relacionadas pero no son idénticas.
• BRINDA UN CONCEPTO MÁS UNIFICADO
DE ESPECIE
• ES MÁS OBJETIVA Y ESTABLE
• SE PUEDEN ORGANIZAR ESQUEMAS DE
IDENTIFICACIÓN FIDEDIGNOS
• INDICA CÓMO EVOLUCIONARON LOS
MICROORGANISMOS Y CÓMO PUEDEN
AGRUPARSE
                      ESPECIE


Grupo taxonómico básico
Menos definido que para organismos superiores
Rasgos morfológicos no tan importantes
Puede ser considerada como una colección de cepas que
muestras    muchos    rasgos     en común  y   difieren
considerablemente de otras cepas
Una CEPA de una especie es considerada como CEPA TIPO
(comparar)
               SUBESPECIE




Basada en variaciones fenotípicas y genotípicas
menores, pero constantes. Es la categoría más baja
aceptada oficialmente
                      CATEGORÍAS
                   INFRASUBESPECIE

Nombre preferido       Sinónimo       Cepas que tienen


    biovar              biotipo    prop bioquímicas o fisiológicas
                                             especiales

    serovar            serotipo     prop antigénicas distintivas


    patovar            patotipo    prop patogénicas para ciertos
                                             animales

    fagovar            fagotipo          lisis por ciertos fagos

   morfovar            morfotipo        rasgos morfológicos
                                            especiales
       TIPOS DE CLASIFICACIÓN




• 1) FENÉTICAS O FENOTÍPICAS
• 2) FILOGENÉTICAS O FILÉTICAS
Se comparan macromoléculas que se comportan como
              “cronómetros evolutivos”.
               Sus característcias son:
              1.   distribución universal
2.   realizar la misma función en todos los seres vivos
3.   sus secuencias deben permitir la identificación de
         regiones de homología y heterogeneidad
     4. la tasa de cambio de la secuencia de la
     macromolécula debe estar en correlación con la
                  distancia evolutiva
EL USADO ES EL ARNr, Y DENTRO DE ELLOS EL 16S
A. TINCIÓN: Gram, AAR, Cápsula

B. MÉTODOS BIOQUÍMICOS: actividad enzimática, medios selectivos

C. MÉTODOS SEROLÓGICOS: aglutinación en porta, ELISA, IFI


D. TIPIFICACIÓN POR BACTERIÓFAGOS: altamente específicos (placa)

E. SECUECIACIÓN DE AMINOÁCIDOS

F. PERFIL DE ÁCIDOS GRASOS

G. COMPOSICIÓN DE BASES DEL DNA: % de G+C

 H. HIBRIDIZACIÓN DEL DNA
                              CULTIVO PURO




                     MORFOLOGÍA DE COLONIA Y GRAM




CARACTERÍSTICAS DE            PROPIEDADES               PROPIEDADES
                              BIOQUÍMICAS
  CRECIMIENTO                                           ANTIGÉNICAS




                CARACTERÍSTICAS GENÉTICAS O MOLECULARES




PORCENTAJE DE G+C             HIBRIDACION       ESTABILIDAD TÉRMICA
                  DIFICULTADES EN LA
                    IDENTIFICACIÓN



• Asegurarse que se trabaja con un cultivo PURO
• Trabajar desde categorías mayores a menores
• APLICAR EL SENTIDO COMÚN EN CADA PASO
• Usar el menor número de pruebas
• Comparar el aislamiento con cepas tipo o de
referencia
                     DIFICULTADES EN LA
                       IDENTIFICACIÓN


   CUANDO NO SE LOGRA IDENTIFICAR EL
            AISLAMIENTO:
• Controlar pureza
• Asegurarse   que    se   han   realizado   las   pruebas
apropiadas
• Controlar que los métodos sean confiables
• Que se han usado correctamente las distintas claves y
tablas
    Diagnóstico                    Investigaciones
       Clínico                    No microbiológicas


                          Tomar correctamente
                    Rotular y embalar adecuadamente
                  Almacenar y transportar correctamente



         No teñidos o
     teñidos con Gram u
         otra tinción

                Característica de colonia,
             morfología, hemólisis, pigmento,
                           etc.

Por difusión en
    discos
                      Serología             Tecnologías
    o MIC                                     de DNA
          CLASIFICACION DEL DOMINIO BACTERIA (Bergey 2001)

El Manual Bergey categoriza a las bacterias en taxones basados en la secuencia
                                   de ARNr
 Por otra parte lista características identificatorias de las bacterias tales como:
      morfología celular, coloración de Gram, requerimientos de oxígeno


        las bacterias del phylum Proteobacterias son Gram negativas

      Alfa Proteobacterias: los integrantes de este sub-phylum crecen
     con niveles bajos de nutrientes (oligotróficos), algunos poseen
      prostecas (prolongaciones celulares) . Incluye a fijadores de
            nitrógeno, quimioautotrofos y quimioheterotrofos

     Beta Proteobacterias: los integrantes de este sub-phylum habitan
     en el agua y suelo. Algunos son patógenos humanos, incluyen
    quimioautotrofos y quimioheterotrofos. Bordetella, Burkholderia,
                                Neisseria
     Gama Proteobacterias: incluye los ordenes Pseudomonadales,
     Legionellales, Vibrionales, Enterobacteriales, Pasteurellales,
                              Francisella




      Delta Proteobacterias: incluye los géneros Myxococcus y
Bdellovibrio, parásitos de otras bacterias y el género Desulfovibrio




       Epsilon Proteobacterias: incluye los patógenos humanos
                   Campylobacter y Helicobacter
           Bacterias Gram negativas No-proteobacterias



Las phyla de bacterias Gram negativas no relacionadas filogeneticamente a
    Proteobacteria se clasifican en varios phyla de Gram negativas no
                              Proteobacterias



1. El phylum Cyanobacteria corresponde a los fotoautotrofos que utilizan la
     luz como fuente de energía y CO2 como fuente de carbono y producen
                          O2 durante la fotosíntesis



2. Los quimioheterotrofos incluyen Chlamydia (phylum Planctomyces),
        Bacteroides (phylum Bacteroides), Fusobacterium (phylum
  Fusobacteria) y Treponema, Borrelia y Leptospira (phylum Spirochetes).
                   Muchos de ellos patógenos humanos
         El Manual Bergey divide a las bacterias Gram Positivas de
                     acuerdo a su contenido de G+C


1. Bacterias Gram Positivas de alto contenido de G+C (phylum Actinobacteria)
     incluye el importante género Mycobacterium y los géneros filamentosos
       Actinomyces y Streptomyces, formadores de conidiosporas. Los no
    formadores Nocardia y Frankia también se incluyen aquí. Corynebacterium,
                                Propionibacterium



 2. Bacterias Gram Positivas de bajo contenido de G+C (phylum Firmicutes)
    incluye a las bacterias del suelo, las lácticas y numerosos patógenos. Los
      órdenes Clostridiales (Clostridium), Bacillales (Bacillus) Lacobacilalles
  (Staphylococcus, Streptococcus, Listeria y Lactobacillus). También incluye a
     Micoplasmas (todavía clasificados como Gram negativos), pero como se
   tiñen débilmente por su falta de pared, se incluyen entre las bacterias Gram
                        positivas de bajo contenido de G+C
 Las bacterias fotosintetizadoras verdes (sulfúreas y no sulfúreas) y las púrpuras
  (sulfúreas y no sulfúreas) son fotoautotrofas gram negativas que usan energía
luminosa y CO2 como fuente de carbono y no producen O2 (anoxigénicas). Se las
 clasifica por una parte dentro de dos sub-phyla diferentes de las Proteobacterias
                    y por otra dentro de las no Proteobacterias
“El estudio científico de los tipos y diversidad de
organismos y de cualquiera y todas las relaciones
          entre ellos " (Simpson, 1961)
                 REINOS


                                  Animalia
• 1753   C. Linnaeus   2 Reinos
                                  Plantae


                                  Animalia
• 1800´s E. Haeckel    3 Reinos   Plantae
                                  Protista
                REINOS
                                  Animalia
                                  Plantae
• 1969 H.R. Whitaker 5 Reinos     Protista
                                  Fungi
                                  Monera

                                 Eukaryotes
• 1977 C. Woese 3 Reinos        Archaebacteria
                                 Eubacteria
       REINO                      Procaryotae
DIVISIÓN I: Gracilicutes
   CLASE I: Scotobacteria

   CLASE II: Anoxyphotobacteria
   CLASE III: Oxyphotobacteria

DIVISIÓN II: Firmicutes
   CLASE I: Firmibacteria
   CLASE II: Thallobacteria

DIVISIÓN III: Tenericutes
  CLASE I: Mollicutes

DIVISIÓN IV: Mendosicutes
  CLASE I: Archaobacteria
  REINO                REINO

 Animalia             Procaryotae


Phylum: Cordata       Gracilicutes

Clase: Mammalia       Scotobacteria

Orden: Primates      Spirochaetales

Familia: Hominidae   Spirochaetaceae

Género: Homo           Treponema

Especie: sapiens         pallidum
Las Proteobacterias son uno de los principales grupos de bacterias.
Patógenas y de vida libre, e incluyen muchas de las bacterias responsables
de la fijación del nitrógeno.Gram negativas, con una pared celular formada
principalmente de lipopolisacáridos. Muchas se mueven utilizando flagelos.
La mayoría de las proteobacterias son anaerobias, pero hay muchas
excepciones. La nutrición es usualmente heterótrofa,pero hay grupos que
realizan fotosíntesis. Las proteobacterias se dividen en cinco grupos, usualmente
considerados clases, según los estudios de las secuencias de ARNr.
Estos grupos se denominan según las letras griegas de alpha a epsilon
Proteobacterias alpha
Las proteobacterias alpha abarcan la mayoría de los géneros fototrofos,
pero también varios géneros que metabolizan componentes C1,
simbiontes de plantas (por ejemplo, rhizobia) y de animales y un
grupo de patógenos peligrosos, Rickettsiaceae. Por otra parte, se
piensa que los precursores de las mitocondrias de la células
eucariotas se han originado en este grupo bacteriano.
Proteobacterias beta
Las proteobacterias beta abarcan varios grupos de las bacterias aerobias
o facultativas que son a menudo altamente versátiles en sus capacidades
de degradación, pero también contienen géneros quimiolitotróficos
y algunos fototrofos. Las Proteobacterias beta juegan un papel importante en la
fijación de nitrógeno en varios tipos de plantas, oxidando amonio para producir
nitrito, un producto químico importante para la función de las plantas.
Muchas de ellas se encuentran en muestras ambientales, tales como aguas residuales
o el suelo. Especies patógenas dentro de esta clase son Neisseriaceae
(que causa gonorrea y meningoencefalitis) y las especies del género Burkholderia.
Proteobacterias gamma
Las proteobacterias gamma abarcan varios grupos de bacterias importantes para
la ciencia y la medicina tales como Enterobacteriaceae, Vibrionaceae y
Pseudomonadaceae.
 Este grupo incluye varios patógenos importantes, como por ejemplo, Salmonella
(enteritis y fiebre tifoidea), Yersinia (peste), Vibrio (cólera), Pseudomonas aeruginosa
 (infecciones del pulmón en pacientes hospitalizados o con fibrosis quística).
Proteobacterias delta
Abarcan un grupo de géneros predominante aerobios, myxobacteria, que
forman cuerpos fructíferos y un grupo de géneros estrictamente anaerobios,
que contienen la mayor parte de las bacterias reductoras de sulfato y de las
bacterias reductoras de sulfuro junto con otras bacterias anaerobias con
diferente fisiología.
Proteobacterias epsilon
Comprenden solamente unos pocos géneros, principalmente Wolinella, Helicobacter y
Campylobacter,que tienen forma helicoidal. La mayor parte de las especies conocidas
habitan en el tracto digestivo de seres humanos y animales y proporcionan servicio como
simbiontes (Wolinella en el ganado vacuno) o son patógenos (Helicobacter en el
estómago, Campylobacter en el duodeno). También se han recuperado numerosas
secuencias ambientales de respiraderos fríos e hidrotermales.

				
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posted:8/14/2011
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