Docstoc

Development and application of TRAP markers on Diospyros kaki Thunb

Document Sample
Development and application of TRAP markers on Diospyros kaki Thunb Powered By Docstoc
					     Development and application of TRAP markers on Diospyros kaki Thunb.
                                            Chun Luo Qinglin Zhang Zhengrong Luo ﹡
                                            Key Laboratory of Horticultural Plant Biology Affiliated to Ministry of Education,
                                                      Huazhong Agricultural University, 430070 Wuhan , China
                                                     * Corresponding Author. e-mail:luozhr@mail.hzau.edu.cn


                                   Abstract                                                                      Materials and Methods
Eleven fixed primers and ten arbitrary primers were designed 
based on expressed sequence  tag (EST) database information                                Materials: 19 genotypes from Diospyros Kaki Thunb. and 3 
and Li and Quiros(2001), respectively. We screened these 110                               its related species as outgroups. 9474 EST sequences 
pairs of TRAP primers amplified on 6 persimmon genotypes.                                  downloaded from persimmon EST database on NCBI.
Eighty‐four pairs of primers were amplified successfully,                                  Methods: Plants DNA extraction using CTAB method as 
accounting for 76.36% of total primers. Thirty‐six pairs of                                described by Doyle and Doyle (1990) with minor 
primers were selected to amplify on 22 persimmon genotypes                                 modifications; TRAP primers design using Primer Premier 
whose relative relationship and genetic diversity were analyzed.                           5.0 ; Construction of TRAP‐PCR; Statistical Analysis: PIC 
                                                                                           calculation; UPGMA (NTSYS‐PC software, version 2.1).
                                Introduction
TRAP is a simple PCR‐based marker technique which uses EST or 
gene information to generate polymorphism (Hu and Vick, 2003). 
A fixed primer of about 18 nucleotides is designed from EST 
sequences or genes of interest and an arbitrary primer of about 
the same length is designed with either an AT‐ or GC‐rich motif 
to anneal with an intron or exon, respectively (Hu and Vick, 2003; 
Li and Quiros, 2001). 

                                Main Results
   Table 1 The polymorphism of TRAP primers amplified 
   on 22 persimmon genotypes
   Primers      Number           Number of              Percent of       PIC value 

   combination  of bands    polymorphic bands (%)    polymorphism (%) 

   DK5+Em1         43                43                   100.00          0.345 

   DK5+Em2         39                37                   94.87           0.281 
                                                                                                 Fig. 1 Polymorphisms showed in 22 persimmon genotypes by 
   DK5+Em3         39                37                   94.87           0.265 
                                                                                                 3 pairs of TRAP primers
   DK5+Em4         66                62                   93.94           0.316 

   DK5+Em5         56                50                   89.29           0.301 

   DK5+Em6         46                44                   95.65           0.320                                                                        罗田甜柿
                                                                                                                                                       上西早生
   DK6+Em1         58                57                   98.28           0.338                                                                        西村早生
                                                                                                                                                       赤柿
   DK6+Em2         34                32                   94.12           0.267                                                                        湘西甜柿
                                                                                                                                                       前川次郎
   DK6+Em3         33                31                   93.94           0.306                                                                        阳丰
                                                                                                                                                       晚御所
                                                                                                                                                       华柿1号
   DK6+Em4         70                66                   94.29           0.339                                                                        花御所
                                                                                                                                                       富有
   DK6+Em5         85                85                   100.00          0.343       柿                                                                骏河
                                                                                                                                                       平核无
   DK6+Em6         65                65                   100.00          0.325                                                                        鄂柿1号
                                                                                                                                                       宝盖甜柿
   DK7+Em1        110                108                  98.18           0.323                                                                        磨盘柿
                                                                                                                                                       郧阳冻柿
   DK7+Em2         54                50                   92.59           0.256                                                                        铜盆柿
                                                                                                                                                       四方甜柿
                                                                                                                                                       浙江柿
   DK7+Em3         84                80                   95.24           0.311                                                                        油柿
                                                                                                                                                       君迁子
   DK7+Em4         45                39                   86.67           0.236           0.53            0.62           0.70         0.79          0.87
                                                                                                                       Coefficient
   DK7+Em5         50                48                   96.00           0.287 

   DK7+Em6         49                45                   91.84           0.274        Fig.2 Dendrograms of 28‐genotype cluster analysis generated by the 
   DK8+Em1         78                74                   94.87           0.338        UPGMA methods based on TRAP.
   DK8+Em2         55                50                   90.91           0.263 




                                   Conclusion                                                                             References
  We established 36 TRAP markers on Diospyros L. successfully                             Hu,  J.G.,  and  B.A.  Vick  (2003)  Target  Region  Amplification 
  and amplied them on analysis of genetic diversity.                                      polymorphism : A novel marker technique for plant genotyping. Plant
                                                                                          Mol. Biol. Rep. 21:289‐294.

				
DOCUMENT INFO
Shared By:
Categories:
Tags:
Stats:
views:11
posted:5/29/2011
language:English
pages:1