Quelle est l’architecture de la molécule d’ADN by nzu52594

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									                Objectif : Déterminer l’architecture de la molécule d’ADN.

 Ouvrir le logiciel
1. Utilisa tion du logiciel Rasmol. (poste de travail c :  rasmol  RASMENUF)
2. Placer les 2 écrans principaux comme ci-dessous :




                       menu principal à droite et fenêt re principal e à gauche utilisant toute la hauteur.

 Ouvrir le fichier de la molécule
1. Choisir dans menu principal : fichier  ouvrir
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2. dans la fenêtre qui vient de s'ouvrir, choisir le dossier
TPADNARN
3. puis la molécule adn.pdb  OK

---> Un petit fragment d’une molécule d’ADN apparaît.
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 Modifier l'aspect de la molécule
1. afficher  boules et bâtonnets.
---> Repérez les différents atomes constituants la molécule : P (phosphat e) en orange ; O (Oxygène) en rouge ; C
(carbone) en gris ; N (azote) en bleu.

2. Vérifiez que vous savez utiliser trois fonctions très utiles :

       Faire tourner la molécule : le curseur de la souris étant dans le fenêtre noire, teni r le bouton de gauche
        enfoncé et déplacer lentement la souris. De droi te à gauc he : la molécule tourne autour de l’axe des
        ordonnés, de haut en bas : la molécule tourne autour de l’axe des abscisses.
       Pour déplacer un élément : le curseur de la souri s étant dans le fenêtre noire, tenir le bouton de droi te
        enfoncé et déplacer lentement la souris.
       Zoomer : appuyer sur la touche « Shif t», laissez la enfoncée, puis appuyer sur le bouton gauche de la
        souris. Si vous ti rez vers vous, la molécule grossi t, si vous poussez la souris, la molécule rapeti sse.

 Etudier l'organisation de la molécule d'ADN dans l'espace
1. Colorer  chaîne/ segment.
---> Observez.

                                   2. Afficher  rubans  affichage en surimpression OK

                                   ---> Faire un schéma de la moléc ule, accompagné d’une
                                   phrase descriptive sur votre feuille
 Etudier l'organisation d'un brin d'ADN

1. Enlevez les rubans : Afficher  rubans cocher la case : « effacer les rubans ».

2. Faire apparaître un seul brin de la molécule à l’écran :
Editer  sélectionner tout
Afficher  boules et bâtonnets,
Editer  restaurer.

3. Taper dans la fenêtre menu principal: restrict*A puis, entrée.

4. Puis : colorer  types d’atomes.
              ---> Repérez différents groupes d’atomes qui se répètent le long du brin.
              Un groupe = un nucléotide.
              Un nucléotide est caractérisé par sa ba se azotée (qui contient des atomes d’azot e). En cliquant dessus,
              dans la fenêtre menu principal, le nom de la base apparaît (Ex : group : A 27).
              A : adénine, T : thymine, C : cytosine, G : guanine.

---> Répondre au problème.

 Etudier l'organisation des deux brins d'ADN

1. Editer/ sélectionner tout,    afficher / boules et bâtonnets,     Editer/restaurer.
2. colorer  types de résidus  forme des a.a.
---> Associez chaque type de base azotée à une couleur.
---> Repérer de quelle façon les nucléotides se font face ent re deux brins.

3. Pour voir comment les deux brins de la molécule sont associés :
afficher / liaisons hydrogènes,
 colorer / chaîne et ZOOME Z.
4. Pour plus de précisions : éditer/ sél ectionner tout,
éditer/restaurer,
afficher/boules et bâtonnets,
afficher : décocher liaisons hydrogènes.
5. Ecrire exactement (menu principal) restri ct C23, G2       , puis choisir afficher / liaisons hydrogènes;
6. recommencez (3,4) avec : restrict A22, T3




---> Comment les deux brins de la molécule restent associés ?

BILAN :
Représentez une molécule d’A.D.N. en imaginant que l’on déroule la molécule, c'est-à-
dire que l’on supprime les torsade s.
Utili sez les représentations ci- contre et les couleurs de Rasmol pour les ba se s azotées.

 Fermer le logiciel

   A la fin : fichier/quitter…… A la fin : fichier/quitter…… A la fin : fichier/quitter…… A la fin : fichier/quitter……

								
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