CLASIFICACION Bacterianas

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					Nucleoide Cápsula

Citoplasma Membrana celular

Flagelo

Pili

Pared celular

Clasificación tradicional

Reino Animalia Reino Plantae

Tres Reinos: Sistema de Haeckel (1894)
Protistas atípicos

Reino Protistas Reino Planta

Protozoa Protophyta

Reino Animal

Esquema de Margulis: dos dominios y 5 reinos (1988-1996)

Dominio Prokarya

Reino Bacteria Reino Protoctista

Dominio Eukarya

Reino Fungi

Reino Plantae
Reino Animalia

Cuatro Subdominios (Mayr 1990)

Dominio Prokaryota
Dominio Eukaryota

Subdominio Eubacteria Subdominio Archaebacteria

Subdominio Protista Subdominio Metabionta Reino Metaphyta (Plants) Reino Fungi Reino Animalia

Reino Mychota

Sistema de Copeland: cuatro Reinos (1956)

Reino Protoctista Reino Plantae Reino Animalia

Reino Monera

Whittaker: Cinco Reinos (1969)

Reino Protista Reino Plantae Reino Fungi Reino Animalia

Tres Dominios (Woese 1990)

Dominio Bacteria

Dominio Archaea
Dominio Eucarya

Cavalier-Smith 1998 Suprareinos y Seis Reinos

Superreino Prokaryota Reinos Bacteria Superreino Eukaryota Reino Protozoa Reino Animalia Reino Fungi Reino Plantae Reino Chromista

La línea verde indica origen bacteriano de los cloroplastos La línea roja indica origen bacteriano de las mitocondrias

DOMINIOS: Caracteres que los definen

BACTERIA Células Núcleo con Membranas lipídicas enlazados por éster, no ramificados NO

ARCHEA

EUKARYA eucariotas SI enlazados por éster, no ramificados

procariotas enlaces eter, ramificado

organelas
ribosomas

NO
70S

SI
80S

La taxonomía es la ciencia de la clasificación, agrupa y separa los organismos vivos de acuerdo a sus características fenotípicas o genéticas. Para propósitos de clasificación, los organismos usualmente son reconocidos en órdenes superiores, familias, géneros, especies y subespecies. Es una ciencia ARTIFICIAL, influida por los avances en las técnicas.

SE DIVIDE 1. CLASIFICACION

2.
3.

NOMENCLATURA
IDENTIFICACION

“Es la ordenación de los microorganismos en grupos o taxones en función de semejanzas mutuas o de parentesco evolutivos”

El objetivo es el de ser ESTABLE, OBJETIVA Y PREDICTIVA

“Es la asignación de un nombres específico a los grupos taxonómicos de acuerdo a criterios y normas preestablecidas y adminitidas internacionalmente”

“Es la parte práctica de la taxonomía, dado que permite encuadrar un determinado organismo en un grupo taxonómico previamente establecido”

Las distintas categorías taxonómicas se definen por las propiedades y características que poseen las bacterias que las integran.

Los datos reciben el nombre de caracteres taxonómicos. E incluyen caracteres fenotípicos, genéticos y quimiotaxonómicos.

FENOTÍPICOS

• • • • •

1) MORFOLÓGICOS 2) BIOQUÍMICAS/FISIOLÓGICAS 3) SEROLÓGICAS 4) FAGOTIPIA 5) PRUEBAS DE INHIBICIÓN

GENÉTICOS

• 1 ) ADN / ARN: contenido de G+C, hibridación ADN-ADN, secuenciación del ARNr

QUIMIOTAXONÓMICOS
• 1) MEMBRANA CITOPLASMÁTICA: ácidos grasos, tipos de lípidos polares, presencia de ácidos micólicos • 2) PARED CELULAR: tipos de peptidoglucano, presencia de ácidos teicoicos • 3) PROTEÍNAS: comparación perfil proteínas, secuencia de aminoácidos

T
A X
ENFOQUE CLÁSICO

O
N O
TAXONOMÍA NUMÉRICA

M
Í A
ENFOQUE GENÉTICO O MOLECULAR

RASGO O CARACTERISTICA
Forma Tamaño Morfología de colonia Características ultraestructurales Tinción Mecanismo de motilidad Inclusiones celulares Fuentes de carbono y nitrógeno Constituyentes de pared celular Fuente de energía Productos de fermentación Temperatura óptima de desarrollo y rango Tolerancia osmótica Relación con el oxígeno pH óptimo y rango Sensibilidad a inhibidores y antibióticos

Usa las características bioquímicas, morfológicas y culturales, así como las susceptibilidad a los antibióticos y compuestos inorgánicos, para determinar el grado de similitud entre organismos.

Se calcula luego un coeficiente o porcentaje de similitud.

Se construye un dendrograma o matriz de similitudes entre los organismos.

Ejemplo de codificación de datos

Estados Característicos Cepa A Cepa B Cepa C Cepa D
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 + + + + + + 0 + + + + + + + + + + + + + 0 + + + 0 + + + + + 0 + 0 + + 0 + + 0 -

Coeficiente %S dispuesto de manera arbitraria

1 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12

2

3 48

4 56 85

5 84 51 50

6 49 53 34 54

7 39 43 32 39 41

8 51 51 86 58 52 80

9 52 93 52 93 53 55 43

10 51 49 93 54 52 82 29 88

11 53 48 89 52 56 87 39 78 50

12 48 94 50 89 59 53 44 51 89 49

100 50 48 56 84 49 39 51 52 51 53 48

50 100 50 85 51 53 43 51 93 49 48 94

50 100 52 50 34 41 85 52 93 89 50

52 100 57 54 39 58 93 54 52 89

57 100 51 41 52 53 52 56 59

51 100 89 80 55 82 87 53

89 100 29 43 82 39 44

29 100 80 29 78 51

80 100 51 50 89

88 100 81 49

81 100 48 48 100

2 12 4 9 3 10 11 8 6 7 1 5 94 85 93 50 49 48 51 53 43 50 51 2 89 89 50 49 48 51 53 44 48 59 12 93 52 54 52 58 54 39 56 57 4 52 51 50 80 55 43 52 53 9 93 89 86 34 32 48 50 3 81 88 82 29 51 52 10 78 87 39 53 56 11 80 29 51 56 8 89 49 51 6 39 41 7 84 1
%S agrupados

DENDROGRAMA
GRUPO
50 60 70 80 90 100

C freundii Citrobacter C diversus

1 2

Escherichia coli

3

GÉNERO Y ESPECIE

El significado ideal de la identificación y clasificación debe ser comparar la secuencia de cada secuencia de genes en una cepa dada, con la secuencia de genes para cada especie conocida.

El método que se usa es la hibridización.

Este método puede ser usado para medir el número de secuencias de DNA que dos organismos cualesquiera tienen en común y para estimar el porcentaje de divergencia dentro de las secuencias de DNA que están relacionadas pero no son idénticas.

• BRINDA UN CONCEPTO MÁS UNIFICADO DE ESPECIE • ES MÁS OBJETIVA Y ESTABLE • SE PUEDEN ORGANIZAR ESQUEMAS DE IDENTIFICACIÓN FIDEDIGNOS • INDICA CÓMO EVOLUCIONARON LOS MICROORGANISMOS Y CÓMO PUEDEN AGRUPARSE

ESPECIE

Grupo taxonómico básico
Menos definido que para organismos superiores Rasgos morfológicos no tan importantes Puede ser considerada como una colección de cepas que muestras muchos rasgos en común y difieren considerablemente de otras cepas Una CEPA de una especie es considerada como CEPA TIPO (comparar)

SUBESPECIE

Basada en variaciones fenotípicas y genotípicas menores, pero constantes. Es la categoría más baja aceptada oficialmente

CATEGORÍAS INFRASUBESPECIE
Nombre preferido
biovar serovar

Sinónimo
biotipo

Cepas que tienen
prop bioquímicas o fisiológicas especiales

serotipo

prop antigénicas distintivas

patovar
fagovar morfovar

patotipo
fagotipo morfotipo

prop patogénicas para ciertos animales
lisis por ciertos fagos rasgos morfológicos especiales

TIPOS DE CLASIFICACIÓN

• 1) FENÉTICAS O FENOTÍPICAS • 2) FILOGENÉTICAS O FILÉTICAS

Se comparan macromoléculas que se comportan como “cronómetros evolutivos”. Sus característcias son:

1.
2. 3.

distribución universal

realizar la misma función en todos los seres vivos sus secuencias deben permitir la identificación de regiones de homología y heterogeneidad

4. la tasa de cambio de la secuencia de la macromolécula debe estar en correlación con la distancia evolutiva
EL USADO ES EL ARNr, Y DENTRO DE ELLOS EL 16S

A. TINCIÓN: Gram, AAR, Cápsula B. MÉTODOS BIOQUÍMICOS: actividad enzimática, medios selectivos C. MÉTODOS SEROLÓGICOS: aglutinación en porta, ELISA, IFI D. TIPIFICACIÓN POR BACTERIÓFAGOS: altamente específicos (placa) E. SECUECIACIÓN DE AMINOÁCIDOS F. PERFIL DE ÁCIDOS GRASOS G. COMPOSICIÓN DE BASES DEL DNA: % de G+C H. HIBRIDIZACIÓN DEL DNA

CULTIVO PURO

MORFOLOGÍA DE COLONIA Y GRAM

CARACTERÍSTICAS DE CRECIMIENTO

PROPIEDADES BIOQUÍMICAS

PROPIEDADES ANTIGÉNICAS

CARACTERÍSTICAS GENÉTICAS O MOLECULARES

PORCENTAJE DE G+C

HIBRIDACION

ESTABILIDAD TÉRMICA

DIFICULTADES EN LA IDENTIFICACIÓN

• Asegurarse que se trabaja con un cultivo PURO
• Trabajar desde categorías mayores a menores • APLICAR EL SENTIDO COMÚN EN CADA PASO • Usar el menor número de pruebas • Comparar el aislamiento con cepas tipo o de referencia

DIFICULTADES EN LA IDENTIFICACIÓN

CUANDO NO SE LOGRA IDENTIFICAR EL AISLAMIENTO:
• Controlar pureza • Asegurarse apropiadas que se han realizado las pruebas

• Controlar que los métodos sean confiables • Que se han usado correctamente las distintas claves y tablas

Diagnóstico
Clínico

Investigaciones
No microbiológicas
Tomar correctamente
Rotular y embalar adecuadamente Almacenar y transportar correctamente

No teñidos o teñidos con Gram u otra tinción Característica de colonia, morfología, hemólisis, pigmento, etc. Por difusión en discos

Serología

o MIC

Tecnologías de DNA

CLASIFICACION DEL DOMINIO BACTERIA (Bergey 2001)
El Manual Bergey categoriza a las bacterias en taxones basados en la secuencia de ARNr Por otra parte lista características identificatorias de las bacterias tales como: morfología celular, coloración de Gram, requerimientos de oxígeno

las bacterias del phylum Proteobacterias son Gram negativas Alfa Proteobacterias: los integrantes de este sub-phylum crecen con niveles bajos de nutrientes (oligotróficos), algunos poseen prostecas (prolongaciones celulares) . Incluye a fijadores de nitrógeno, quimioautotrofos y quimioheterotrofos Beta Proteobacterias: los integrantes de este sub-phylum habitan en el agua y suelo. Algunos son patógenos humanos, incluyen quimioautotrofos y quimioheterotrofos. Bordetella, Burkholderia, Neisseria

Gama Proteobacterias: incluye los ordenes Pseudomonadales, Legionellales, Vibrionales, Enterobacteriales, Pasteurellales, Francisella

Delta Proteobacterias: incluye los géneros Myxococcus y Bdellovibrio, parásitos de otras bacterias y el género Desulfovibrio

Epsilon Proteobacterias: incluye los patógenos humanos Campylobacter y Helicobacter

Bacterias Gram negativas No-proteobacterias

Las phyla de bacterias Gram negativas no relacionadas filogeneticamente a Proteobacteria se clasifican en varios phyla de Gram negativas no Proteobacterias

1. El phylum Cyanobacteria corresponde a los fotoautotrofos que utilizan la luz como fuente de energía y CO2 como fuente de carbono y producen O2 durante la fotosíntesis

2. Los quimioheterotrofos incluyen Chlamydia (phylum Planctomyces), Bacteroides (phylum Bacteroides), Fusobacterium (phylum Fusobacteria) y Treponema, Borrelia y Leptospira (phylum Spirochetes). Muchos de ellos patógenos humanos

El Manual Bergey divide a las bacterias Gram Positivas de acuerdo a su contenido de G+C

1. Bacterias Gram Positivas de alto contenido de G+C (phylum Actinobacteria) incluye el importante género Mycobacterium y los géneros filamentosos Actinomyces y Streptomyces, formadores de conidiosporas. Los no formadores Nocardia y Frankia también se incluyen aquí. Corynebacterium, Propionibacterium

2. Bacterias Gram Positivas de bajo contenido de G+C (phylum Firmicutes) incluye a las bacterias del suelo, las lácticas y numerosos patógenos. Los órdenes Clostridiales (Clostridium), Bacillales (Bacillus) Lacobacilalles (Staphylococcus, Streptococcus, Listeria y Lactobacillus). También incluye a Micoplasmas (todavía clasificados como Gram negativos), pero como se tiñen débilmente por su falta de pared, se incluyen entre las bacterias Gram positivas de bajo contenido de G+C

Las bacterias fotosintetizadoras verdes (sulfúreas y no sulfúreas) y las púrpuras (sulfúreas y no sulfúreas) son fotoautotrofas gram negativas que usan energía luminosa y CO2 como fuente de carbono y no producen O2 (anoxigénicas). Se las clasifica por una parte dentro de dos sub-phyla diferentes de las Proteobacterias y por otra dentro de las no Proteobacterias

“El estudio científico de los tipos y diversidad de organismos y de cualquiera y todas las relaciones entre ellos " (Simpson, 1961)

REINOS

Animalia

• 1753

C. Linnaeus

2 Reinos
Plantae

• 1800´s E. Haeckel

3 Reinos

Animalia Plantae Protista

REINOS
Animalia Plantae
• 1969 H.R. Whitaker 5 Reinos Protista Fungi Monera
Eukaryotes

• 1977 C. Woese 3 Reinos

Archaebacteria

Eubacteria

REINO
DIVISIÓN I: Gracilicutes CLASE I: Scotobacteria

Procaryotae

CLASE II: Anoxyphotobacteria
CLASE III: Oxyphotobacteria DIVISIÓN II: Firmicutes CLASE I: Firmibacteria CLASE II: Thallobacteria DIVISIÓN III: Tenericutes CLASE I: Mollicutes DIVISIÓN IV: Mendosicutes CLASE I: Archaobacteria

REINO
Animalia Phylum: Cordata Clase: Mammalia Orden: Primates Familia: Hominidae Género: Homo Especie: sapiens

REINO
Procaryotae Gracilicutes Scotobacteria Spirochaetales Spirochaetaceae Treponema pallidum

Las Proteobacterias son uno de los principales grupos de bacterias. Patógenas y de vida libre, e incluyen muchas de las bacterias responsables de la fijación del nitrógeno.Gram negativas, con una pared celular formada principalmente de lipopolisacáridos. Muchas se mueven utilizando flagelos. La mayoría de las proteobacterias son anaerobias, pero hay muchas excepciones. La nutrición es usualmente heterótrofa,pero hay grupos que

realizan fotosíntesis. Las proteobacterias se dividen en cinco grupos, usualmente considerados clases, según los estudios de las secuencias de ARNr. Estos grupos se denominan según las letras griegas de alpha a epsilon

Proteobacterias alpha Las proteobacterias alpha abarcan la mayoría de los géneros fototrofos,

pero también varios géneros que metabolizan componentes C1,
simbiontes de plantas (por ejemplo, rhizobia) y de animales y un grupo de patógenos peligrosos, Rickettsiaceae. Por otra parte, se piensa que los precursores de las mitocondrias de la células

eucariotas se han originado en este grupo bacteriano.

Proteobacterias beta Las proteobacterias beta abarcan varios grupos de las bacterias aerobias o facultativas que son a menudo altamente versátiles en sus capacidades de degradación, pero también contienen géneros quimiolitotróficos y algunos fototrofos. Las Proteobacterias beta juegan un papel importante en la fijación de nitrógeno en varios tipos de plantas, oxidando amonio para producir nitrito, un producto químico importante para la función de las plantas. Muchas de ellas se encuentran en muestras ambientales, tales como aguas residuales o el suelo. Especies patógenas dentro de esta clase son Neisseriaceae (que causa gonorrea y meningoencefalitis) y las especies del género Burkholderia.

Proteobacterias gamma Las proteobacterias gamma abarcan varios grupos de bacterias importantes para la ciencia y la medicina tales como Enterobacteriaceae, Vibrionaceae y Pseudomonadaceae. Este grupo incluye varios patógenos importantes, como por ejemplo, Salmonella (enteritis y fiebre tifoidea), Yersinia (peste), Vibrio (cólera), Pseudomonas aeruginosa (infecciones del pulmón en pacientes hospitalizados o con fibrosis quística).

Proteobacterias delta

Abarcan un grupo de géneros predominante aerobios, myxobacteria, que
forman cuerpos fructíferos y un grupo de géneros estrictamente anaerobios, que contienen la mayor parte de las bacterias reductoras de sulfato y de las bacterias reductoras de sulfuro junto con otras bacterias anaerobias con diferente fisiología.

Proteobacterias epsilon Comprenden solamente unos pocos géneros, principalmente Wolinella, Helicobacter y Campylobacter,que tienen forma helicoidal. La mayor parte de las especies conocidas habitan en el tracto digestivo de seres humanos y animales y proporcionan servicio como simbiontes (Wolinella en el ganado vacuno) o son patógenos (Helicobacter en el estómago, Campylobacter en el duodeno). También se han recuperado numerosas secuencias ambientales de respiraderos fríos e hidrotermales.


				
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posted:4/30/2008
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