RECHERCHE DOCUMENTAIRE DANS LE DOMAINE BIOMÉDICAL

RECHERCHE DOCUMENTAIRE DANS LE DOMAINE BIOMÉDICAL URFIST PACA-C - MARSEILLE 16 novembre 2006 Organisation de la formation  Coordonnées du formateur : Michaël Hug – Université de Nice – Faculté de Médecine - SCD  michael.hug@unice.fr - Tél. 04 93 37 77 71  Support de cours : http://www.unice.fr/BU/medecine/formations/ Cliquez sur : Recherche documentaire dans le domaine bio-médical - Urfist Marseille Objectifs de la formation  Principes de base de la méthodologie de la recherche documentaire dans le domaine biomédical  Principaux outils : bases de données, moteurs, annuaires, recherches particulières  Base de données de référence, Medline sous PubMed Recherche documentaire Publication Experiences et Récupération des données Recherche et analyse Plan de la formation  I. MÉTHODOLOGIE DE LA RECHERCHE  II. PRINCIPAUX OUTILS  III. PUBMED I. MÉTHODOLOGIE DE LA RECHERCHE DOCUMENTAIRE 1. 2. Processus de la recherche documentaire Principes de base d’une recherche documentaire efficiente I.I. Processus de la recherche 1. 2. 3. Identification du sujet Sélection de l'information Évaluation I.I.I. Identification du sujet  Importance de «faire parler» le demandeur  Cadre : mémoire, thèse, prise de décision  Choix des supports  Dégager les concepts  Choix des mots-clés  Détermination des limites Exemple  Concept 1 = Établissements de santé  Concept 2 = Traitement des déchets  Limite 1 = France  Limite 2 = Langue = français / anglais  Limite 3 = Années = 2000 -  Un mot-clé est terme représentatif d'un concept qu'on soumet aux différents outils de recherche informatisés.  Penser aux différents synonymes (le terme ou l’expression à laquelle on pense n’est pas forcément celui de l’indexeur, de l’auteur du livre ou de l’article).  Nécessité ou non de penser aux mots-clés en anglais (dans certaines bases c’est même nécessaire y compris pour trouver des documents en français). I.I.II. Sélection de l'information  Tri des documents obtenus en fonction du but (il faut localiser l’information dans les documents)  Évaluation critique des articles          Exemple : qualité des sites Internet (Netscoring http://www.chu-rouen.fr/netscoring/ 8 critères : Crédibilité Contenu Liens Design Interactivité Aspects quantitatifs Aspects déontologiques Accessibilité Médecine basée sur les niveaux de preuves Définition :  Constat : progrès rapide des connaissances médicales et croissance du nombre des publications  Besoin de synthétiser de manière critique les informations disponibles Méthodes :  Les conférences de consensus  Les recommandations pour la pratique clinique (RPC) et références médicales opposables (RMO) Pyramide des preuves (Par ordre décroissant)  Littérature de synthèse Méta-analyses Revues systématiques  Études individuelles Essais contrôlés randomisés Études de cohorte Études de cas-témoins Études transversales Séries de cas Sources  Sites institutionnels Ex, Haute Autorité de la Santé Recension de sites : Cismef  Bases bibliographiques Ex, Cochrane Databases PubMed – Clinical Queries I.I.III. Évaluation  Évaluation de la stratégie de recherche  Évaluation de la production elle-même  Évaluation de l’information et vérification des sources  Les résultats obtenus ont-ils abouti à une reformulation de la problématique ? I.II.I. Quels sont les risques d'une mauvaise interrogation ? Le bruit  Nombre excessif de résultats.  Parmi les résultats figurent des documents non pertinents. Le silence  Absence ou insuffisance de résultats.  les documents pertinents ne figurent pas parmi les résultats. Explications :  Choix non approprié de la base  Mauvaise interrogation I.II.II. Formulation de la requête  Synonymes  Traduction (termes de recherche / interface)  Expression ou mots isolés I.II.III. Thésaurus – vocabulaire contrôlé  Son emploi permet d'augmenter l'efficacité de la recherche  Définition = répertoire de termes normalisés employés pour l 'analyse du contenu  But : Il pallie l'ambiguïté du langage naturel car chaque terme (appelé descripteur) représente un concept et un seul Thésaurus  Hiérarchie du thésaurus  Chaque descripteur a un descripteur placé hiérarchiquement au dessus de lui, possédant donc un sens plus large, c’est le « terme générique ».  Cas du MeSH (Medical Subject Headings) pour la base médicale Medline Hiérarchie d’un thésaurus Terme générique n°1 Terme spécifique n°1 Terme spécifique n°2 Terme spécifique n°3 I.II.IV. Opérateurs et troncature  Liste des opérateurs booléens : AND OR NOT  But : association des concepts  Attention ! Contrairement au langage courant AND ou ET, est restrictif dans le langage documentaire. Il s’applique aux termes trouvés et non aux résultats.  Priorité dans l’ordre des opérateurs : OR AND NOT de gauche à droite (PubMed, usage des parenthèses pour les hiérarchiser)  Opérateurs de proximité : Nombre de mots entre deux termes ou présence dans un même champ.  Troncature, masque de 0, 1 ou plusieurs caractères. AND, ET, all Intersection The terms Union Exclusion OR, OU, any of the terms NOT, AND NOT, SAUF  «Établissements de santé» ET «Traitement des déchets» ET pays = France ET (langue=français OU langue=anglais) ET années > 2000 I.II.V. Bonne connaissance de la base  Structuration de la base en champs indexés (notamment pour appliquer les limites)  Pour le web, structures relatives des documents  Notions de ranking, relevance I.II.VI. Aide à la formulation : Méthodologie PICO  Pour mieux formuler la question clinique, on peut la décomposer à l’aide de PICO P (Patient, Population ou le Problème qu’il pose) I (Intervention) C (Comparaison) O (Résultat, Outcome) Exemple d ’un cas clinique :  1) Femme, 55 ans, avec antécédents d’asthme allergique (acariens), plusieurs épisodes d’arrêts respiratoire. Traitement aux anti-leukotrienes qui permettrait de réduire les doses de corticoïdes avec de meilleurs résultats thérapeutiques ?  2) Dans le cadre de la construction d’une nouvelle unité de soins, que faut-il prévoir en terme d’équipement, locaux pour prévenir les risques de chute pour les personnes âgées ?     P : caractéristiques du patient ou de la population Maladie ou état de santé Âge, ethnie, sexe, conditions antérieures,médications passées et actuelles 1) Femme, 55 ans, asthme sévère traité par corticoïdes. 2) Sujets âgés de plus de 65 ans, unités de réadaptation.     I : Déterminer l’intervention Il peut s’agir, par exemple, d’un test diagnostic particulier, d’un traitement, d’un traitement d’appoint, d’une médication ou de la recommandation d’un produit ou d’une démarche. 1) Corticoïdes inhalés + antagonistes des leukotrienes. 2) Risques de chutes.     C : comparaison, c’est-à-dire la (une seule) solution de rechange Seul élément facultatif 1) Corticoïdes + placebo. 2) Comparer l’existant avec les aménagements envisagés.     O, outcome [résultat], issue clinique recherchée combinaison de moyens prévus et mesurables en vue d’accomplir, d’améliorer ou de modifier quelque chose 1) Diminution des crises et diminution des doses de corticoïdes. 2) Diminution du nombre de chutes dans la population envisagée. II. OUTILS POUR LA RECHERCHE DOCUMENTAIRE II. OUTILS POUR LA RECHERCHE DOCUMENTAIRE 1. 2. 3. Documents de référence Bases de données Information sur le Web II.I. Documents de référence  Dictionnaires  Encyclopédies  Manuels de base Avantages des documents de référence  Indispensables pour une nouvelle recherche  Permettent d’ orienter rapidement une nouvelle recherche  Ils permettent l'établissement d'une bibliographie de base  Ces ouvrages de référence peuvent être sous forme papier et maintenant sous forme électronique, cas des Encyclopédies Médico-Chirurgicales, EMC.  http://www.emc-consulte.com II.II. Bases de données  Il s'agit du point d'accès privilégié pour l'accès à l'information scientifique et technique  Choix des bases  Bases de données en médecine Éléments utiles lors du choix de la base de données  Producteur de la base, gage du sérieux de     l'indexation Mode d'accès à la base de données, Internet, cédérom, serveur de base de données Modalité de cet accès, gratuit, payant (forfait ou à l'interrogation), gratuit avec des restrictions… Nombre de références Disciplines couvertes (la présence des périodiques analysés peut être un élément déterminant) Éléments utiles lors du choix de la base de données - suite  Année de couverture  Types des références (références bibliographiques,     données factuelles, structures en 3D, etc) Quel type d'éléments bibliographiques sont présents (ex, résumé ou non) Langue des documents (différent de la langue de l'interface et de la langue du résumé du document, par exemple, dans PubMed, il existe des résumés en anglais d'articles de périodiques français). Présence d'un thésaurus Fréquence de la mise à jour Bases de données médicales  Prépondérance de la base Medline  Nécessité de compléter par d'autres pour viser l'exhaustivité Autres bases de données  Bases : Pascal, Web of Science  Bases gratuites. Comment les identifier ?  Ex, dans le domaine de la santé publique, la Banque de Données Santé Publique (BDSP) http://www.bdsp.tm.fr/ Existence d’un thésaurus. Depuis 2006, l’accès est possible gratuitement pour tout le monde : possibilité pour exploiter les résultats, bibliographiques, consultation des textes intégraux.  Bases de données payantes et sans abonnement de l’institution (ex, Embase, Biosis : accès via un serveur commercial). II.III. Particularités de l'information présente sur le web  Absence quasi totale de structuration  Extrême diversité des sources  Absence de pérennité des pages web  Problème de la responsabilité juridique Outils pour rechercher sur Internet  Annuaires  Moteurs de recherche  Métamoteurs  Outils intelligents II.III.I. Les moteurs de recherche  Un robot logiciel parcourt les pages du Web, capture les données et les envoie au serveur d’ index  Le serveur d’ index indexe en texte intégral  Le serveur Web reçoit les requêtes des usagers, les transmet au serveur d’ index qui renvoie les résultats. Le serveur Web renvoie ensuite les résultats à l’ utilisateur Avantages des moteurs de recherche  Quantité des documents référencés  Objectivité des critères de sélection INCONVÉNIENTS DES MOTEURS  Les moteurs les plus vastes (Alltheweb, Exalead,     Google…) n’indexent qu’une partie des pages. Seule une partie du web est indexée. Existe le web invisible (pages générées dynamiquement par bases de données…) Retard dans l’indexation Absence de structuration des documents HTML Un moteur de recherche est incapable de gérer la polysémie : les mots clés ne sont pas analysés en fonction de leur sens ou de leur contexte. Le moteur propose donc toutes les pages dans lesquelles cette suite de caractères apparaît, quelque soit son sens. Exemple d’ un moteur de recherche : Google  Façon de saisir les termes de recherche (lettres accentuées, majuscules/minuscules, recherche des expressions, troncature)  Construction de la requête (opérateurs booléens, les mots exclus)  Recherche avancée (recherche par langue, recherche sur le nom du site, recherche sur l’adresse du site, format de fichier, par date, par l’emplacement, rebond vers pages similaires). Moteurs de recherche  Diversification des moteurs classiques : Ex., Google Scholar pour la documentation universitaire http://scholar.google.com/  Autres moteurs : Exemple d’un moteur spécialisé dans le domaine scientifique, Scirus : http://www.scirus.com II.III.II. Mode de fonctionnement des annuaires  Base de données de liens classés de façon hiérarchique vers des sites et non des pages. Travail humain  Il existe une possibilité de recherche par mot clés. Il ne s’ agit pas de moteurs de recherche du type de Google qui recherchent dans le texte intégral. Les recherches portent sur les indications portées par le référenceur : le titre du document, l’ URL, le commentaire et les catégories  Les annuaires doivent être privilégiés pour rechercher de l’information de type générale Utilisation des annuaires et répertoires Cet outil est à privilégier :  au début de la recherche  pour avoir une idée d'ensemble d'une question  pour trouver des ressources déjà évaluées  pour rechercher des faits  pour identifier une base de données spécialisée pour telle question Avantages des annuaires et répertoires  Ils contiennent beaucoup moins d'informations que les moteurs de recherche (se limitent au niveau des sites et non des pages)  Les liens sont commentés, rangés dans des catégories afin de permettre l'accès de la catégorie la plus large à la catégorie la plus spécialisée  Ils sont plus susceptibles de sortir des informations pertinentes Inconvénients des annuaires et répertoires  Faible nombre des références  Mise à jour peu satisfaisante  Subjectivité des commentaires  Subjectivité de la distribution des sites Internet dans les catégories hiérarchisées Exemple d ’annuaire médical : Le CISMEF  Catalogue des sites médicaux francophones  Réalisé par le CHU de Rouen  Utilisation du thésaurus du MeSH pour les sites web sélectionnés  Lien : http://www.chu-rouen.fr/cismef/ II.III.III. Recherches de documents particuliers  Actualités  Images  Congrès  Logiciels  Brevets Information sur le web - RSS  Deux façons d’accéder à l’information : 1) Pull : l’utilisateur va chercher l’information sur les serveurs 2) Push : les serveurs envoient l’information à l’utilisateur  Les flux ou fils RSS (Really Simple Syndication) sont un format de syndication de contenu web qui se développent depuis plusieurs années : blogs/blogues, services documentaires comme des bases de données (PubMed), catalogues ou revues. Information sur le web - RSS  Signalement : Icônes représentant XML ou RSS  Utilisation pratique : 1) Intégration sous forme de favoris dans des navigateurs (Firefox, Opera, IE 7, Safari,…) 2) Intégration dans des outils de messagerie comme Thunderbird 3) Intégration dans des pages web. Ex, Netvibes, http://www.netvibes.com ou My Yahoo http://my.yahoo.com/ 4) Agrégateurs de flux locaux Images  Il est toujours possible de rechercher des images sur   Internet (ex, Google), mais : recherche difficile et souvent infructueuse problèmes de copyright, droits d’utilisation Il existe des bases de données spécialisées, exemple, Images.MD (UNSA). http://www.images.md/  Les sites ne constituent qu’une partie de l’information présente sur le web.  Une grande partie de l’information, souvent pertinente est constituée sous la forme de messages des listes de diffusion spécialisées.  Il existe des outils spécialisés pour les rechercher, par exemple onglet Groupes dans Google.  Recherche dans des blogues Par exemple Blogsearch dans Google. III. MEDLINE SOUS PUBMED III.I. Présentation de la base Medline  MEDLINE est la base de données de référence dans les domaines de la médecine. Medline couvre tous les domaines biomédicaux : biochimie, biologie, médecine clinique, économie, éthique, odontologie, pharmacologie, psychiatrie, santé publique, toxicologie, médecine vétérinaire  MEDLINE contient des références bibliographiques de plus de 4800 revues (EU et 70 autres pays). D’autres sources ne sont pas couvertes (comptesrendus de congrès, livres…) Medline  Plus de 13 millions de références depuis 1966     (16 millions au total avec OLD-Medline) Les sources sont majoritairement (86%) en anglais (les articles d’autres sources aussi ont des résumés, des termes anglais et les titres sont traduits en anglais) Près de 76% des références contiennent un résumé Références ajoutées quotidiennement. Interfaces disponibles (payantes, PDA…) III.II. Présentation de PubMed  Produit par le National Center for Biotechnology Information (NCBI) et la National Library of Medicine (NLM)  Interface gratuite  PubMed inclut – MEDLINE (depuis 1966) – Références en traitement (In-process) et fournies par l’éditeur (Publisher supplied citations) – OLDMEDLINE (début des années 1950 à 1965) – Autres bases de données (livres, génétique…) III.III.I. Recherche simple  Opérateur booléen par défaut : AND  Recherche par troncature  Spell Checker  Recherche par expression  Recherche par champ  Le mapping automatique (table de correspondance des termes MeSH, puis celle des revues, puis celle des phrases et en dernier celle des auteurs)  Visualiser la question avec l’onglet Details III.III.II. Recherche avec équation  Recherche nécessitant une excellente connaissance de la structuration de la base en champs (et ses intitulés)  Maîtrise parfaite de l’interprétation de la requête par le serveur  Exemple III.III.III. Limites  Possibilité de plusieurs options alternatives pour chaque champ  Choix du champ à interroger  Attention au maintien des limites par défaut III.III.IV. Preview / Index  Utilité et utilisation de la fonctionnalité Preview (ex. requêtes avec des termes très fréquents)  Utilité et utilisation de la fonctionnalité Index (doute sur l’orthographe, recherche avec plusieurs occurrences…) III.III.V. Historique  Conditions d’utilisation (Cookies, limite, durée)  Relance de recherches précédentes  Opérateurs booléens entre les étapes  Pourquoi décomposer la requête en étapes successives facilite la recherche bibliographique ? III.IV. Affichage des résultats  Existence par défaut de l’onglet Review  Indications basiques (langue, indexation…)  Signification des icônes indiquant suivant les cas la présence de résumés, de lien vers le texte intégral librement accessible…  Fonctions de détermination du nombre de références, du tri  Articles en relation, liens contextuels III.IV.I. Principaux formats d’affichage  Summary  Brief  Abstract  Abstract Plus  Citation  Medline  Autres formats non bibliographiques III.IV.II. Exploitation des résultats  Génération de fichier texte  Enregistrement dans un fichier  Enregistrement pour une exploitation dans un logiciel de gestion de références bibliographiques (ex., EndNote)  Impression  Sauvegarde dans le panier (cookies, limite, durée) ; possibilité d’enregistrements par étapes  Commande d’articles, Loansome Doc III.V. MeSH  Définition d’un thésaurus (avantages : vocabulaire contrôlé où chaque terme est strictement défini, où chaque concept est représenté par un seul descripteur)  Procédure d’indexation des notices PubMed à la NLM et les différents types de notices. Il est nécessaire de compléter par une recherche en langage naturel  Arborescence du MeSH  Notions de qualificatifs (subheadings), d’explosion et de sujet majeur Traduction d’un terme MeSH  Utilisation du thésaurus de l’Inserm – http://ist.inserm.fr/basismesh/mesh.html  Utilisation alternative de HON – http://www.hon.ch/HONselect/  Utilisation d’une notice PubMed de référence au format MEDLINE Analyse d’une notice PubMed - MeSH              Qualificatif (Subheading) MH - Acute Disease MH - Anti-Bacterial Agents/administration & dosage/therapeutic use MH - Bacteriological Techniques MH - Child MH - Child, Preschool MH - Comparative Study MH - Diagnosis, Differential Sujet majeur (Major Topic) MH - English Abstract MH - Hospitalization MH - Humans MH - Infant, Newborn MH - Osteomyelitis/*diagnosis/*drug therapy/pathology MH - Retrospective Studies MeSH Database  Comment interroger sans connaître le descripteur ? – Visualisation des trois possibilités  Utilisation des possibilités de recherche avancée dans la MeSH Database : qualificatifs, explosion, sujet majeur III.VI. Recherches particulières  Recherche par nom de revue - Journals Database  Accès à une référence précise - PMID ou Single Citation Matcher  Recherches cliniques - Clinical Queries  Recherches thématiques prédéterminées - Special Queries III.VII. Veille et personnalisation : MyNCBI  Fonctionnement de MyNCBI, ex. Cubby  Utilisation a priori et a posteriori  Sauvegarde d’une recherche  Comment ré-exécuter une requête ?  Utilisation des filtres de recherche (différents modes de recherche, changements)  Exemple appliqué à l'envoi des sommaires de revues dans une discipline  Génération de flux RSS C’est fini, merci pour votre attention ! Contacts :  Michaël Hug - Université de Nice – Faculté de Médecine - SCD Michael.Hug@unice.fr - Tél. 04 93 37 77 71  Sans oublier bien sûr en premier lieu tous vos contacts locaux !