Program Project Status Reports by xec11400

VIEWS: 43 PAGES: 38

									 
                                                                           




            BC Pacific Salmon Forum Broughton Research Program                              
                                  2007 Program Project Status Reports 
                                                                           
 
                                                      Prepared by Dr. Paige A. Ackerman 
                                                                   October 4, 2007 


 


 


 


                                                                            




                                                                                               1 
Broughton Research Program Project Status Report October, 2007  
 
 

                                                                     Table of Contents 
1.  Forward ............................................................................................................................ 3 
                .
2.  Introduction  ..................................................................................................................... 3 
3.  Production and Treatment regime in the Broughton Archipelago (Spring/Summer of 2007)
     ......................................................................................................................................... 4 
4.  The Research Program ...................................................................................................... 7 
    A ‐ The out‐migration period: quantification of fish and lice dynamics ............................................. 8 
       A.1  ‐ Oceanography  .............................................................................................................................................   
                          .                                                                                                                                              8
        A.2 ‐  Determination of Natal Origins of Pink and Chum Salmon in the Broughton Archipelago Using  Otolith 
               Signatures ..................................................................................................................................................  1 
                                                                                                                                                                            1
        A.3 ‐ Marine Monitoring of juvenile pink and chum salmon and sea lice in the Broughton and Knight Inlet, B.C. in 
               2007‐08 (second year). ..............................................................................................................................  3     1
        A.4 ‐ Estimating sea lice transmission from farm to wild juvenile salmon .........................................................  3                               1
        A.5 ‐ Abundance of planktonic sea lice in Knight Inlet/Tribune Channel  ...........................................................  9 
                                                                                                                .                                                           1
        A.6 ‐ The vertical distribution of Lepeophtheirus salmonis planktonic larvae – equipment for a 2008 field 
               experiment ................................................................................................................................................  1 
                                                                                                                                                                            2

    B. Impacts of lice on individual salmon ........................................................................................... 24 
       B.1‐4 ‐ Effects of sea lice on the physiology and health of pink salmon .............................................................  4                             2
          3.  “Ground truthing” laboratory experiments with a limited array of field experiments to relate lice density 
                to fitness  ................................................................................................................................................  7 
                          .                                                                                                                                                 2
          4.  Calibrate fish health/survival monitoring efforts with predictors of fitness ..........................................  8                                    2
          5.  Assessment of fish health at different levels of lice density in naturally migrating fish ........................  8                                         2
       B.5 ‐ Survival and predation field experiments ...................................................................................................  0                3

    C. Pink and chum salmon dynamics ................................................................................................ 32 
       C.1‐2 ‐ Pink and Chum population dynamics in the Broughton ..........................................................................  2            3
          C.1 Refined escapement estimates ................................................................................................................  2 
                                                                                                                                                           3
          C.2 Determination of annual egg to smolt survival rates ...............................................................................  4       3
       C.3 ‐ Out‐group Program of the Broughton Ecosystem Project (Work Plan for Bella Bella Region) ...................  5                                3

5.  Current Budget Status .................................................................................................... 37 
6.  Summary ........................................................................................................................ 38 
 




                                                                                                                                                                               2 
Broughton Research Program Project Status Report October, 2007  
 
   

   
1. Forward 
   
  The following document  describes  the BC Pacific  Salmon Forum (BCPSF) Broughton Archipelago Research 
  Program  projects  as  they  are  currently  being  carried  out.  The  content  within  is  based  on  documents, 
  meetings,  and  correspondence  with  researchers  and  industry  and  attempts  to  be  the  most  accurate 
  representation of the current status of the Broughton research projects that can be presented based on the 
  information that has been provided.   
   
  Project  descriptions  are  compiled  from  the  original  proposals  submitted  by  each  research  group  and 
  provide a review of the purpose and scope of each project. Research project updates have been obtained 
  from  meetings,  telephone  conversations  and  email  correspondence  with  individual  researchers.  Any 
  misinterpretation  of  the  research  status  is  therefore  hopefully  minimized,  but  still  possible.  It  is  not  my 
  intent to judge or to present any bias towards any project and have made every attempt to maintain this 
  throughout this status report. Where notes and comments are presented, they attempt to reflect positions 
  taken  by  researchers  or  to  provide  insights  to  problems  identified  by  the  research  group,  not  my  own 
  opinions.  It  is  sometimes  challenging  to  capture  another’s  words  and  encapsulate  them  in  a  completely 
  accurate manner. For this reason, each of the research groups have been provided with the opportunity to 
  review the content of their project status update prior to the dissemination of this paper thereby approving 
  the  content  as  presented.    I  hope  that  this  report  serves  its  intended  purpose,  to  accurately  inform  the 
  Science Advisory Council and the Forum on the current status of the individual research projects within the 
  BCPSF’s Broughton Research Program. 
   
      ‐ Dr. Paige A. Ackerman    


2. Introduction  
   
  In  2006,  the  BC  Pacific  Salmon  Forum  (BCPSF)  defined  three  objectives  for  research  in  the  Broughton 
  Archipelago. These are:  
              1. To determine whether salmon farms in the Broughton impact sea lice loads on wild salmon and 
                 if so how; 
              2. To determine whether the survival of individual wild fish is compromised due to increased lice 
                 loads; and 
              3. To  determine  if  any  reduced  survival  of  individual  salmon  has  consequences  or  salmon 
                 populations, and if so, are there management techniques that can be put in place to mitigate 
                 any risk to wild salmon? 
  A Research Coordination Team comprised of Larry Dill, Don McQueen and  Mike Berry was established to 
  engage  researchers  and  stakeholders  in  the  development  of  a  research  strategy  and  identify  specific 
  research projects for the Broughton. The research plan for the Broughton Region (February 2nd 2007) and 
  associated  budget  were  forwarded  to  the  BCPSF’s  Science  Advisory  Committee  (SAC),  approved  by  the 
  Forum and the individual projects were funded for the 2007 research season. 
   


                                                                                                                          3 
  Broughton Research Program Project Status Report October, 2007  
   
  
 In  May  of  2007,  Larry  Dill  and  Don  McQueen  stepped  down  from  their  positions  on  the  Research 
 Coordination  Team.  Consequently,  Jon  O’Riordan  was  appointed  as  Research  Director  and  was  charged 
 with  the  development  of  and  overall  coordination  of  the  ecosystem  based  strategy  for  the  Broughton 
 Archipelago  (to  conclude  in  the  fall  of  2008).  Paige  Ackerman  joined  the  BCPSF  to  assist  the  Research 
 Director.  Mike Berry continued to provide valuable field coordination support to the researchers carrying 
 out projects and sampling in the region in 2007. 
  
 The  Broughton  Research  Program  was  divided  into  three  broad  categories  of  projects  to  meet  the 
 objectives as outlined by the above research questions.  
  
     A. The out‐migration period: quantification of fish and lice dynamics 
     B. Impacts of lice on individual salmon 
     C. Pink and chum salmon dynamics 
  
 Each category is further refined by several specific key research projects developed to meet the individual 
 objectives.  
  
 This report was prepared as a summary of the projects currently underway in the Broughton Archipelago 
 and to provide a brief update on the current progress of each project during the 2007 research period. The 
 project overviews have been paraphrased from the original project proposals as written by the researchers, 
 interpreted by the author of this document and subsequently reviewed by the research team leader(s).  
  
 Meetings with researchers and industry were as follows.  
  
 June 20                 Mary Ellen Walling (BCSFA)                  July 3     Simon Jones (DFO – PBS) 
 June 26                 Claudio DiBacco (UBC)                       July 3      Bill Pennell (CSR) 
 June 26                 Colin Brauner (UBC)                         July 6      Mia Parker (Grieg Seafood) 
 June 26                 Al Lewis (UBC)                              July 6      Alistair Houghton (Mainstream) 
 June 29                 Clare Backman, (MHC)                        July 13    DFO and MAL (Brian Riddell, Andrew 
 June 29                 Sonja Saksida (BC CAHS)                                 Thompson, Al Castledine and researchers) 
 July 3                  Dick Beamish (DFO – PBS)                    July 18  Tony Farrell (UBC – CAER) 
 July 3                  Brent Hargreaves (DFO – PBS)                July 20  Marine Harvest/CAAR 
  
 Where meetings with the researchers were not possible, telephone conversations, and email were utilized.   
  
3. Production and Treatment regime in the Broughton Archipelago 
       (Spring/Summer of 2007)  
  
 Sea Lice treatments (2006/2007) for Marine Harvest Sites in the Broughton Archipelago (current as of July 
 2007) (data available at http://www.marineharvestcanada‐westcoast.com/m_and_r/sea_lice/broughton.htm#)  
  
 As  a  component  of  the  Marine  Harvest/CAAR  Framework  for  Dialogue,  the  Glacier  Falls  facility  was  fallowed.  This 
 action was intended to provide for the use of low risk migration route corridors as a mitigation measure for the spring 
 of 2006 and while longer‐term research takes place.  In 2006, fish from Glacier Falls were moved to Midsummer Island 
 and enhanced sea lice monitoring was carried out at Humphrey Rock and Sargeaunt Passage, increasing sampling from 
 biweekly to weekly.  While this was not a formal project for experimental design as was suggested in the February 2, 
 2007 Research Program Plan, there was an effort to fallow specific sites and perform extra treatments.  
  
                                                                                                                              4 
 Broughton Research Program Project Status Report October, 2007  
  
 
    Wicklow  Point:  Not  treated  in  2007.  Lice  loads  did  not          Swanson  Island:  Not  treated  in  2007.  Current  (Jun  14) 
    exceed 0.5 mobiles per fish during this period. Fish at this             mobile load estimates are 0.2 and have not been greater 
    facility originated from Arrow Passage. Current loads (Jun               than this during 2007. 
    20) are 0.5 (0.3 females, of which 0.2 were gravid).                      
                                                                             Pott’s  Bay:  Treated  on  January  2007.  The  most  recent 
    Arrow  Passage:  Not  treated  in  2007.  Lice  numbers  did             (Apr 16) average lice levels are zero.  
    not  exceed  1.2  mobiles  per  fish  during  this  period.               
    Current  loads  (Jun  27)  are  0.7  (0.1  females  and  0  gravid       Port Elizabeth: Treated in January 2007. Current (Jun 15) 
    females).                                                                levels  are  0.3  (0.1  females,  0  gravid)  and  did  not  reach 
                                                                             levels greater than 1.0 during 2007. 
    Midsummer  Island:  Not  treated  in  2007.  Site  was                    
    harvested between January and March. Mobile lice loads                   Doctor  Islets:  Treated  in  February  2007.  The  maximum 
    were  very  high  (23.3)  at  the  beginning  of  harvest  in            average level of sea lice in 2007 was 1.6. Current (Jun 19) 
    December  2006.  Harvest  occurred  between  January  and                levels are zero.  
    April.  Fish  at  this  site  originated  from  Glacier  Falls.  The      
    site is currently fallow.                                                Humphrey  Rock:  Not  treated  in  2007,  fish  were  under 
                                                                             harvest. Harvest occurred between March and June. The 
    Larsen  Island:  Not  treated  in  2007.  Lice  did  not  exceed         site is currently fallow.  
    2.3 mobiles (0.8 females, 0.1 gravid) at the peak levels in               
    May.  Current  (Jun  7)  levels  are  1.1  mobile  lice  (0.7            Glacier  Falls:    This  site  has  been  fallow  since  March  of 
    females, 0 gravid).                                                      2006. Fish from Arrow Passage are to be stocked in July 
                                                                              
    Sargeaunt  Passage:  Two  pens  treated  in  January  2007.              Smith  Rock,  Deep  Harbour,  Blunden,  Upper  Retreat, 
    The  highest  average  mobile  lice  level  for  2007  was  4.7          Swanson, Mistake Island, Bockett & Lily: These sites are 
    (Apr). Harvest occurred between May and June.                            currently inactive. 
                                                               
     
    Sea Lice treatments (2006/2007) for Mainstream Canada Sites in the Broughton Archipelago 
     
    Burdwood  Group:    Not  treated  in  2007.   Lice  levels  did          Cypress  Harbour: Brood  site.   Lice  levels  reached  4.48 
    not exceed 0.63 mobile lice (0.08 Adult females) per fish                mobile  lice  (3.5  adult  female)  per  fish  resulting  in  a 
    during  this  period.   Current  lice  levels  (July  07):  0.05         partial  harvest  (occurred  in  March  2007).  Current  lice 
    mobile lice (0.02 adult females) per fish.                               levels  (July)  are  0.02  mobile  lice  (0  adult  females)  per 
                                                                             fish. 
    Cliff Bay: Not treated in 2007.  Stocked in March 07.  Lice               
    levels did not exceed 0 per fish during this period.                     Sir Edmond Bay:  1 pen treated as pre‐emptive measure 
                                                                             in  anticipation  of  harvest  (Site  average  at  time  of 
     Maude  Inlet:   Not  treated  in  2007.   Lice  levels  did  not        treatment  did  not  reach  mandatory  treatment  levels).  
     exceed  0.18  mobile  lice  (  0  adult  females)  per  fish.           Lice  levels  did  not  exceed  1.03  mobile  lice  (0.48  adult 
     Current  lice  levels  (July)  are  0.02  mobile  lice  (  0  adult     female) per fish.  Site began harvesting in June 2007. 
     females ) per fish.                                                     Simmonds Bay:  Stocked in May 2007. 
                                                                              
    Cecile  I:  Not  treated  in  2007.   Lice  levels  did  not  exceed     Wehlis Bay:  Stocked in May 2007. 
    1.85 mobile lice (0.55 adult females) per fish during this                
    period.   Current  lice  levels  (July  07)  are  0  mobile  lice  (0    Mt. Simoom Sound: Site inactive. 
    adult female) per fish.                                                   
                                                                               
                                                                              
      Sea Lice treatments (2006/2007) for Grieg Seafoods Sites in the Broughton Archipelago 
        
     Bennett Point: Treated in March 2007.  Lice levels reached a maximum level of 2.8 motile lice/fish (including gravids) in 2007 
     prior to treatment.  Levels post‐treatment were 1.3 in March and have remained consistently below 0.1 motile lice/fish since. 




                                                                                                                                             5 
Broughton Research Program Project Status Report October, 2007  
 
 




                                                                   6 
Broughton Research Program Project Status Report October, 2007  
 
    

4.             The Research Program 
    
 Purpose of the Strategy  
   
  The purpose of the Broughton strategy is to understand the interactions between farmed and wild fish in the 
  marine ecosystem with a primary focus on wild pink and chum salmon populations in all facets of their life 
  cycle.   The  research  considers  what  factors  in  the  ecosystem  impact  these  wild  fish  populations,  the 
  incremental  risk,  if  any,  associated  with  salmon  farming,  and  if  there  are  increased  risks  how  can  they  be 
  mitigated.  The research expands on existing knowledge and will continue to evolve as further research sheds 
  more light on the inter‐relationships among all factors.  The individual projects are listed below. 
   
     A. The out‐migration period: quantification of fish and lice dynamics                                          
     A.1       Oceanography                                                                                         
     A.2       Determination of Natal Origins of Pink and Chum Salmon in the Broughton Archipelago   
               using otolith Signatures 
     A.3       Marine Monitoring of juvenile pink and chum salmon and sea lice in the Broughton and   
               Knight Inlet, B.C. in 2007‐08 (second year). 
     A.4       Estimating sea lice transmission from farm to wild juvenile salmon                                   
     A.5       Abundance of planktonic sea lice in Knight Inlet/Tribune Channel                                     
     A.6       The vertical distribution of Lepeophtheirus salmonis planktonic larvae – equipment for   
               a 2008 field experiment 
                                                                                                                    
     B. Impacts of lice on individual salmon                                                                             
     B.1‐4  Effects of sea lice on the physiology and health of pink salmon                                         
                   1. Baseline characterization of the physiology and physical performance of                       
                        developing pink salmon 
                   2. Controlled laboratory experiments to investigate the relationship between sea   
                        lice density and fitness of juvenile pink salmon 
                   3. “Ground truthing” laboratory experiments with a limited array of field                        
                        experiments to relate lice density to fitness 
                   4. Calibrate fish health/survival monitoring efforts with predictors of fitness                  
                   5. Assessment of fish health at different levels of lice density in naturally                    
                        migrating fish 
     B.5       Survival and predation field experiments                                                             
                
     C. Pink and chum salmon dynamics                                                                                    
     C.1       Refined escapement estimates                                                                         
     C.2       Determination of annual egg to smolt survival rates                                                  
     C.3       Out‐group Program of the Broughton Ecosystem Project (Work Plan for Bella Bella                      
                     Region) 
                       

    

                                                                                                                           7 
   Broughton Research Program Project Status Report October, 2007  
    
 

A ‐ The out‐migration period: quantification of fish and lice dynamics 
 
A.1  ‐ Oceanography 
                                                                    
Dario Stucchi – StucchiD@pac.dfo‐mpo.gc.ca                         Mike Foreman – ForemanM@pac.dfo‐mpo.gc.ca  
Institute of Ocean Sciences                                        Institute of Ocean Sciences 
PO Box 6000                                                        PO Box 6000 
Sidney, BC, V8L 4B2                                                Sidney, BC, V8L 4B2 
Ph: 250‐363‐6588                                                   Ph: 250‐363‐6306         
Fax: 250‐363‐6746                                                  Fax: 250‐363‐6746 
                                                                    

Project Purpose 
 
      1. To improve our understanding of and ability to predict the circulation patterns of both  near surface 
           and deep waters in Knight Inlet and the Broughton Archipelago  
      2. To provide information on possible current‐driven mechanisms of transport and dispersal of sea lice 
           larvae 
      3. To  enable  the  development  of  predictive  models  of  surface  and  deep  water  movements  through 
           the collection of circulation, wind and freshwater runoff data 
      4. To apply the models to aid in the interpretation of the juvenile salmon lice infestation information 
           being collected by others  
            
           Collaborative connections: Projects A‐3 and A‐4 
 
Project Description 
 
Oceanographic models are used to provide insights into the dynamics of currents and the organisms that 
are  carried  within  them.  The  Broughton  is  comprised  of  a  complicated  network  of  islands,  channels,  and 
fjords and this has made the development of an accurate numerical model a considerable challenge.  While 
it  is  possible  to  develop  models  for  the  region  that  can  represent  all  the  relevant  components  of  the 
circulation (namely, tidal, estuarine, and wind‐driven), a scarcity of available observational data for forcing, 
initialization, and validation has limited the accuracy of previous models.  This project aims to determine 
the  dominant  processes  driving  the  surface  circulation  in  critical  areas  of  the  Broughton  and  to  collect 
observations that can be used to force, initialize, and validate circulation models.  
 
Using  an  extensive  system  of  acoustic  Doppler  current  profilers,  current  meters,  weather  stations,  and 
discharge  meters  oceanographic,  atmospheric  and  hydrological  measurements  during  the  2007  research 
period will include:  
 
         ‐ continued gauging of the flow for the Kingcome and Wakeman Rivers,  
         ‐ deployment of a network of weather stations in the region to measure wind, barometric pressure, 
           precipitation, temperature and humidity 
         ‐ deployment of four current meter moorings in two critical areas 
         ‐ synoptic surveys of water property profiles in the area 
    
Collection of the above data will assist in the development of more accurate and highly resolved circulation 
models  for  the  region  and  allow  these  to  be  combined  with  the  atmospheric,  oceanographic  and 

                                                                                                                     8 
Broughton Research Program Project Status Report October, 2007  
 
 
hydrological  observations  to  define  three‐dimensional  current  fields  during  the  research  period.  An 
additional goal is to provide an estimate of lice advection during the biological sampling program.    
 
Note: Both the sea lice vertical migration project (A‐6: Lewis and DiBacco) and the survey of out‐migrating 
salmon project (A‐3: Hargreaves and Jones) also contain water property profile collection plans. These data 
are  to  be  shared  and  combined  with  the  present  study  for  processing  at  the  Institute  of  Ocean  Sciences 
(IOS) and storage in the IOS Data Archive. 
 
Project Update (communication with Michael Foreman via email June 27th, 2007 and Dario Stucchi July 16th 
                   2007, with follow up communication July 25th) 
   
     1. Oceanographic cruise aboard CCGS VECTOR 
           
     Between  March  26th  and  April  1st  2007,  two  long‐term  current  meter  moorings  were  successfully 
     deployed  near  the  Knight  Inlet  ‐Tribune  Channel  junction  and  two  other  long  term  current  meter 
     moorings were deployed in Penphrase Passage and Sutlej Channel (see chart below).  
      




                                                                                                 
            Chart showing location of the four long‐term current meter moorings. 

      A total of 51 vertical water property profiles (temperature, salinity, dissolved oxygen, nutrients) casts 
      were completed during the 5 days in the area.  Gale strength winds prevented the sampling in Queen 
      Charlotte Strait.  
       
      Five GPS surface drifters were deployed and tracked in Knight Inlet for about 30 hours.  All 5 drifters 
      were recovered.  
       
      Plankton tows for sea lice larvae were undertaken in several locations; Sargeaunts Passage, Humphrey 
      Rocks,  Glendale  Cove,  Viner  Sound,  Wicklow  Point,  Hoeya  Sound.    In  total  16  plankton  tows  were 
      completed using the VECTOR’s small boat (VECTOR I).   Data are under analysis at IOS by M. Galbraith 
      (see Project Update for A5). 


                                                                                                                      9 
Broughton Research Program Project Status Report October, 2007  
 
 
      Light  traps  developed  at  Simon  Fraser  University  were  deployed  at  several  sites  for  a  total  of  4 
      installations.  Data are under analysis at IOS by M. Galbraith (see Project Update for A5). 
       
      2.  Installation of weather stations April 24 to 27 2007. 
      Between April 24th and 27th, working out of Echo Bay and using small boat arranged by Mike Berry, John 
      Morrison  and  Moira  Galbraith  selected  suitable  sites  and  installed  Davis  weather  stations  at  six 
      locations in the Broughton region (Hoeya Head, Protection Point, Trafford Point, Bradley Point, Kinnaird 
      Island and Alert Bay) 

      The  Marine  Harvest  weather  stations  at  Wicklow  Point  and  Doctor  Islets  were  reconfigured  to  have 
      better exposure to winds of the region. 

      All 8 Davis weather stations in the Broughton region were operational and collecting data as of 26 April 
      2007. Fifty days worth of data have been downloaded from the weather stations as at the end of June. 
      To date these data have not been analysed.  

      3.  Flow gauging of the Kingcome and Wakeman Rivers 
      The operation of the river flow measurement stations on the Kingcome and Wakeman rivers has been 
      extended  to  October  2007  under  contract  with  BC  Ministry  of  Environment  and  the  Water  Survey 
      Branch of Environment Canada.  

      4.  Modeling System 
      The investigators have replaced their previous modeling systems (ELCIRC and SELFE) with FVCOM. This 
      new numerical approach was developed at the University of Massachusetts and is being employed for 
      aquaculture/circulation  issues  by  DFO  researchers  in  Eastern  Canada.  The  transition  has  not  been 
      simple  and  results  are  pending.  Between  September  and  December  a  UVic  co‐op  student  will  be 
      assisting  with the  model  development  and  evaluation.  The  primary  goal  will  be  to  use  the  wind  and 
      river  discharge  observations currently  being  acquired  to  reconstruct  circulation  conditions  for  the 
      summer of 2007. 
 




                                                                                                                   10 
Broughton Research Program Project Status Report October, 2007  
 
 
A.2 ‐  Determination of Natal Origins of Pink and Chum Salmon in the Broughton Archipelago Using 
 Otolith Signatures 
 
Claudio DiBacco ‐ cdibacco@gmail.com 

University of British Columbia 
Earth & Ocean Sciences (Oceanography) 
1461‐6270 University Boulevard 
Vancouver, BC, Canada V6T 1Z4 
Ph (604) 827‐5545 

Project Purpose 
 
To  employ  environmentally  induced  geochemical  signatures  recorded  in  fish  otoliths  to  determine  natal 
spawning rivers for juvenile and adult pink and chum salmon sampled in the Broughton Archipelago. 
 
Project Description 
 
The objective of this study is to employ environmentally induced geochemical signatures recorded in fish 
otoliths  to  determine  natal  spawning  rivers  for  juvenile  and  adult  pink  and  chum  salmon  sampled  in  the 
Broughton Archipelago. The otolith's metabolically inert calcium carbonate matrix has been identified as an 
effective  environmental  recorder.  The  elemental  and  isotopic  composition  of  cultured  fish  otoliths  have 
been reported to correlate significantly with seawater temperature, salinity, and chemistry. Analyses of a 
variety of fish species have demonstrated that many trace elements are concentrated in otoliths, including 
Al, Ba, Cd, Cr, Cu, Fe, Mn, Pb, and Zn. Studies on otoliths suggest that elements such as Mg and Sr may be 
useful tracers of water mass residency at different life stages. 
The proposed research will test the feasibility of employing otolith micro‐chemistry to discriminate pink and 
chum  salmon  produced  in  major  spawning  basins  in  the  Broughton  Archipelago.  Distinct  elemental 
signatures  (fingerprints)  for  fish  originating  from  distinct  natal  spawning  sites  will  be  determined  by 
collecting  fish  of  known  origin  and  characterizing  site‐specific  otoliths.  This  research  builds  upon  earlier 
work on fish otolith micro‐chemistry and is part of ongoing efforts to better understand salmon migration 
pathways  in  the  Broughton  Archipelago.     Ultimately,  this  information  will  help  characterize  origins  and 
migration pathways of pink and chum salmon necessary in determining potential source sites of infecting 
lice on surveyed fish as described by the BCPSF Research Program. The earliest salmon stages of pink and 
chum salmon development (i.e., fry) that have not yet migrated from their natal spawning site or that have 
exhibited minimal migration will be targeted since they most accurately reflect local conditions. 

These  analyses  will  identify  unique  elemental  fingerprints  of  otoliths  from  each  natal  spawning  region.  If 
two  or  more  sites  share  a  fingerprint,  they  will  be  grouped  to  define  natal  'regions'  or  'habitat  types'. 
 
Chum fry have been sampled from the Viner and Glendale systems and pinks have been collected from the 
Kakweikan, Ahta, Embley, and Glendale systems.  

Elemental analyses will be conducted at the Woods Hole Oceanographic Institution in collaboration with Dr. 
Simon Thorrold. Trace elements will be selected based on three criteria: 1) the element is free of significant 
interference that cannot be resolved by high resolution inductively coupled plasma mass spectrometry (HR‐
ICPMS), 2)  the element's  abundance  has been shown to vary among  coastal environments in BC and  can 
therefore be used to discriminate sites, and 3) the element is incorporated in fish otoliths in proportion to 
its concentration in the environment and/or in relation to site‐specific environmental conditions. 
                                                                                                                       11 
Broughton Research Program Project Status Report October, 2007  
 
 
Project update (Meeting with Claudio DiBacco June 26th 2007. Follow up communication July 16th 2007) 

      Note:  Dr.  DiBacco  has  accepted  a  Research  Scientist  position  with  the  Department  of  Fisheries  and 
      Oceans  at  the  Bedford  Institute  of  Oceanography  (BIO)  located  in  Dartmouth,  Nova  Scotia.  Project 
      funds  from  the  BCPSF  will  be  managed  by  Research  Services  at  Dalhousie  University  (Halifax,  Nova 
      Scotia) where Dr. DiBacco has been granted adjunct status.  

      Salmon  sampling  has  been  completed  under  the  supervision  of  Mike  Berry.  All  sampled  fish  were 
      delivered  by  courier  the  week  of  9  July  2007  to  Dr.  DiBacco’s  laboratory  at  the  University  of  British 
      Columbia.  Salmon  will  be  shipped  to  BIO  where  otoliths  will  be  extracted,  cleaned  and  prepped  for 
      microchemical analysis. 

      Early concerns that there would not be sufficient material for analysis of pink salmon otoliths has been 
      allayed from preliminary trials that have revealed ample material via solution based analysis of whole 
      otoliths. It has yet to be determined if the otolith  primordial can be targeted alone via laser ablation 
      techniques, which will be tested in the fall. The otolith primordia represents the region of the otolith 
      accreted  during  early  salmon  development  in  natal  streams  and  rivers.  As  such,  it  is  the  preferred 
      target area for analysis as it will most effectively reflect natal origins from which migratory trajectories 
      can be elucidated. 

     Preliminary  testing  indicates  that  the  otoliths  are  relatively  easy  to  prepare  and  it  is  felt  that,  with 
     technical assistance, up to fifty samples may be able to be cleaned and prepared for analysis within a 
     period  of  several  days.  However,  this  will  be  delayed  due  to  the  impending  move  of  Dr.  DiBacco's 
     laboratory  from  Vancouver  to  Halifax.  The  otoliths  are  expected  to  be  extracted  by  the  end  of 
     September and data is expected to be prepared for presentation to the forum by November 2007. 

     Dr. DiBacco has chosen to modify the manner in which the samples are to be analyzed and, as such, is 
     switching to the use of a multi‐collector, inductively couple plasma mass spectrometer which, although 
     more  costly,  has  the  advantage  of  being  a  more  sensitive  methodology  requiring  analysis  of  fewer 
     samples to provide accurate data. Isotopes of strontium, barium and calcium, and possibly others, will 
     be measured. The final individual sample analysis will be performed at the Woods Hole Oceanographic 
     Institution.  




                                                                                                                          12 
Broughton Research Program Project Status Report October, 2007  
 
 
A.3 ‐ Marine Monitoring of juvenile pink and chum salmon and sea lice in the Broughton and Knight Inlet, 
B.C. in 2007‐08 (second year). 
 
Brent Hargreaves – hargreavesb@pac.dfo‐mpo.gc.ca        
3190 Hammond Bay Rd                                     
Nanaimo, BC, V9T 6N7                                   Alexandra Morton ‐ wildorca@island.net 
Ph: 250‐756‐7341                                       Raincoast Research Society 
Fax: 250‐756‐7053                                      Simoom Sound, BC V0P 1S0 
 
                                                       Ph: 250‐949‐1664 
Simon Jones joness@pac.dfo‐mpo.gc.ca  
3190 Hammond Bay Rd                                     
Nanaimo, BC, V9T 6N7 
Ph: 250‐756‐8351 
Fax: 250‐756‐7053 
 
Project Purpose 
 
    To continue a marine monitoring program to assess the abundance, distribution, migration routes, 
    and sea lice infections of wild juvenile pink and chum salmon, three‐spine stickleback and other fish 
    species in the Broughton in 2007. This work includes monthly surveys using purse seine and beach 
    seine  fishing  gear  to  sample  wild  juvenile  pink  and  chum  salmon  at  approximately  150  locations 
    over  a  broad  geographic  area,  and  will  continue  the  sampling  at  additional  locations  in  Tribune 
    Channel  and  Knight  Inlet  that  was  initiated  in  2006  with  funding  provided  by  the  Pacific  Salmon 
    Forum  These  additional  data  were  required  in  anticipation  of  the  major  sea  lice  “manipulation 
    experiment” planned and coordinated by the PSF for 2008.  
          
         Collaborative connections: Projects A.1, A.4, B.1‐4 
          
    Project Description 
    Annual  marine  monitoring  programs  are  required  to  determine  the  incidence  and  severity  of  sea 
    lice infection rates of wild juvenile pink and chum salmon in the Broughton and Knight  Inlet. The 
    results  from  monitoring  programs  show  substantial  inter‐annual  variation  in  sea  lice  infection  of 
    juvenile pink and chum, and also large variations in sea lice infections between different locations 
    within  the  Broughton  and  Knight  Inlet.  However  the  reason(s)  for  these  variations  remains 
    uncertain. Recent analyses of data obtained from the monitoring program conducted by DFO from 
    2003‐2005 confirms a rapid increase in infection rates by copepodites in the vicinity of Sargeaunts 
    Passage only during some weeks. The source of the sea lice copepodites that infect juvenile salmon 
    near Sargeaunts Passage is not agreed upon by all scientists at this time. Some have concluded that 
    the  commercial  salmon  farms  located  in  this  area  are  the  most  likely  source  of  these  sea  lice. 
    Others are not convinced the evidence is sufficient to reach this conclusion. It was anticipated that 
    results obtained from continued marine monitoring throughout most of the Broughton and Knight 
    Inlet would allow further testing of this hypothesis, and assist in resolving this debate.  
      As  in  2001‐  2006,  the  plan  was  to  sample  juvenile  pink  and  chum  salmon  at  approximately  150 
      locations  in  the  Broughton  and  Knight  Inlet,  once  each  month  from  March  to  July,  2007.  This 
      sampling encompasses the early marine migration period when wild juvenile pink and chum salmon 
      enter the ocean, then  pass in close proximity to salmon farms in the Broughton and Knight Inlet, 
      and also during a portion of their subsequent migration further seawards. The results will provide 
      data  on  relative  abundance  (CPUE;  catch‐per‐unit  effort),  distributions,  migration  routes,  and  sea 
      lice infections of wild juvenile pink and chum salmon, three‐spine stickleback and many other fish 
                                                                                                                       13 
Broughton Research Program Project Status Report October, 2007  
 
 
      species, obtained over a very broad area in the Broughton and Knight Inlet. The sampling includes 
      locations far away from the salmon farms, between farms, and at locations in close proximity (100‐
      200 meters distant) to the salmon farms.  
      In  addition,  an  experiment  was  conducted  to  compare  data  obtained  from  the  DFO  sea  lice 
      monitoring  program  with  the  data  obtained  using  different  methods  by  Martin  Krkosek  and  his 
      assistants.  
       
      Project  update  (Meetings  with  Brent  Hargreaves  and  Simon  Jones  July  3rd.  Email  communication 
                          with  Alexandra  Morton  between  September  22nd  and  28th.  Portions  of 
                          information provided by Pamela Parkers meeting notes from July 13th with follow 
                          up communication July 25th). 
      As anticipated the catch was poor, the lowest in the five years of this study, despite the increase in 
      the  number  of  sampling  sites.  The  out  migration  period  was  extended.  The  size  of  fish  at  many 
      locations varied more than seen previously and ranged from just buttoned up to quite large fry in 
      some sets. It is postulated that this could be a combined result of the slow melting of the glacier 
      system,  delayed  spawning  in  2006  due  to  low  freshwater  levels  and  an  early  algal  bloom  which 
      could have resulted in delayed growth and enhanced survival. 
       
            Summary of annual sampling schedule for DFO Pink Salmon Action Plan, Marine Monitoring Program 
                      2003                      2004                    2005                2006                    2007 
                  24 ‐28 March                     ‐                      ‐                   ‐                       ‐ 
              31 March ‐4 April                    ‐               29 March‐4 April   29 March ‐4 April       29 March ‐5 April
                   14 ‐17 April                    ‐                      ‐                   ‐                       ‐ 
                   22 ‐25 April                    ‐                      ‐                   ‐                       ‐ 
                  28 April‐2 May                   ‐               26 April ‐2 May     27 April ‐5 May         24 April ‐3 May
                    5 ‐9 May                       ‐                      ‐                   ‐                       ‐ 
                   12 ‐16 May                10 ‐16 May                   ‐                   ‐                       ‐ 
                   20 ‐23 May                      ‐                      ‐                   ‐                       ‐ 
                   26 ‐30 May             25 May ‐1 June           24 May ‐30 May     24 May ‐31 May          23 May ‐31 May
                    2 ‐6 June                      ‐                      ‐                   ‐                       ‐ 
                    9 ‐12 June               8 ‐13 June                   ‐                   ‐                       ‐ 
                   16 ‐20 June                     ‐                      ‐                   ‐                       ‐ 
                        ‐                   22 ‐29 June              21 ~ 27 June        21‐29 June              19 ‐28 June
                        ‐                          ‐                      ‐                   ‐                       ‐ 
                        ‐                     6 ‐12 July                  ‐                   ‐                       ‐ 
                        ‐                          ‐                      ‐                   ‐                       ‐ 
                        ‐                    20 ‐26 July             19 ‐25 July         19 –27 July             Cancelled[1]
            [1]
                This  sampling  period  was  cancelled.  The  loss  of  the  services  of  the  boat  skipper  contributed  to  the 
            cancellation as did the trends which followed previous years in which very few fish were caught towards the end 
            of the fourth sampling period in late June.   

      Extensive  salinity  testing  was  carried  out  in  the  region  in  2007,  including  collection  of  a  surface 
      water bottle sample and a CTD (conductivity‐temperature‐depth) cast from the sea surface to the 
      bottom  at  most  locations  where  fish  were  sampled.  These  data  will  be  provided  to  Mr.  Dario 
      Stucchi (Project A‐1) to enhance the oceanographic modeling program. 


                                                                                                                                       14 
Broughton Research Program Project Status Report October, 2007  
 
 
       During the initial sampling period (March 29‐April 5) very few lice were found but levels began to 
      increase  during  the  next  sampling  period  (April  24‐May  3).  Motile  lice  were  observed  in  the  field 
      during the 3rd sampling period (May 23‐31) and by the 4th sampling date (June 19‐28) observations 
      in the field indicated infestations were elevated, although not as high as in previous years during 
      the  same  time  period.    As  of  August  2007,  the  DFO  laboratory  analyses  of  the  pink  and  chum 
      samples collected in the third and fourth time periods in 2007 were not completed, so final results 
      are not yet available.    
       

          Numbers of pink and chum salmon captured and analysed for sea lice each year 

                                                                                        YEAR                               

            # of pink and chum                   2003                  2004               2005           2006             2007 

                   Captured                    193,952             30,222                44,972          54,082         30,0451 

            Analysed for sea lice               18,000             7,144                 6,198           6,802           8,3312 
             1.    30,045 fish captured from March to June 2007 
             2.    8,331 pink and chum were retained for sea lice analyses, but these analyses is not yet complete) 
       
      There  were  approximately  45,000  sticklebacks  captured  (~30,000  individually  counted)  this  sampling 
      season. These numbers are observationally reported as being high relative to other years. Although not 
      targeted, the sticklebacks were collected mainly in Knight Inlet and Tribune Channel and were observed 
      in  the  field  in  many  cases  to  be  more  heavily  infested  than  the  juvenile  pinks  and  coho  that  were 
      captured in the same sets. 
                                                                                 
           Summary of catches – 2007 
                                                                                       Total                        # sets 
             Month         Pink                           Chum                 Pink +     Stickleback         Purse         Beach 
                                                                               Chum                           seine         Seine 
              March                  1091                 1761                  2852          2545              65            67 
               April                10113                 3442                 13555          2227              70            89 
               May                   2875                 1927                  4802          2047              63            92 
               June                  5807                 3029                  8836          22942             68            89 
                                                                                                                                
              Totals                19886                10159                 30045          29761            266           337 
           
      A  comparison  experiment  was  conducted  during  May  29‐30,  2007  and  was  a  collaborative  effort 
      between  Dr.  Brent  Hargreaves  and  Martin  Krkosek.  During  this  experiment  three  sites  were  sampled 
      and  methodologies  for  fish  and  lice  quantification  and  identification  were  compared  to  ensure 
      comparability  of  results.  It  was  communicated  by  Dr.  Hargreaves  that  there  was  generally  very  good 
      agreement with fish species identification in the field. Comparisons were made of 180 juvenile pink and 
      chum and there was agreement on the species determinations made in the field for 179 of these fish. 
      Martin Krkosek and his assistants also counted sea lice and identified lice development stages on live 
      juvenile pink and chum salmon in the field, using their standard methods. Samples of these same fish 
      were  then  frozen  and  speciation  and  identification  of  the  sea  lice  on  these  fish  will  be  done 
                                                                                                                                     15 
Broughton Research Program Project Status Report October, 2007  
 
 
      independently by Dr. Simon Jones at the Pacific Biological Station. These results will be compared with 
      the lice speciation and counts obtained by Martin Krkosek in the field for these same fish.  Data will be 
      available in the fall.  
       
      Sample analysis 
       
      Dr. Simon Jones has completed the preliminary analysis of the fish that were retained from the first and 
      second sampling periods and has undertaken basic comparisons on trends. The final statistical analysis 
      has not yet been performed for 2007 however. 
       
             Prevalence, intensity and abundance of sea lice (L. salmonis) on juvenile pink salmon 

                   1st  Sample (28 Mar – 5 Apr)                    2005               2006                   2007 
                   Weight of fish in grams (n)                     0.3 (469)          0.3 (644)              0.3 (566) 
                   Prevalence                                      15.1%              11.8%                  3.0% 
                   Intensity                                       3.9                1.6                    1.2 
                   Abundance                                       0.6                0.2                    0.04 
                     nd
                   2  Sample (24 Apr – 3 May)                                                                 
                   Weight in of fish grams (n)                     0.9 (1008)         0.8 (864)              0.3 (1351) 
                   Prevalence                                      29.1%              20.9%                  10.0% 
                   Intensity                                       1.6                1.6                    1.2 
                   Abundance                                       0.5                0.3                    0.1 
             Additional data are available at:  http://www.pac.dfo‐mpo.gc.ca/sci/aquaculture/sealice/default_e.htm

       
       
      In 2007, sea lice prevalence once again declined on sampled fish in the first and second sample periods 
      (Simon Jones personal communication) relative to previous years. As of August 2007, data for the third 
      and fourth sample periods have not yet been analysed. The end of May is typically the period when the 
      greatest numbers of lice are found on juvenile wild pink and chum salmon. Initial observations indicate 
      that there appeared to be a slightly higher level of lice on chum than on pink salmon juveniles in 2007. 
       
      We  recommend  a  more  in  depth  analysis  of  the  occurrence  of  the  youngest  stage  lice  (copepodites) 
      may assist in determining the location of lice infection.  
 
 




                                                                                                                           16 
Broughton Research Program Project Status Report October, 2007  
 
 
A.4 ‐ Estimating sea lice transmission from farm to wild juvenile salmon 
 
  Martin Krkosek mkrkosek@ualberta.ca                Mark Lewis mlewis@math.ualberta.ca 
  Ph: 250‐415‐7368                                    Department of Mathematical and Statistical Sciences 
   
                                                     545 Central Academic Building 
                                                     University of Alberta 
                                                     Edmonton, AB T6H 2G1 
                                                     Ph: 780‐492‐01974 
Project Purpose 
 
To  obtain  additional  field  data  on  sea  lice  infection  of  juvenile  salmon  migrating  past  salmon  farms  to 
estimate the magnitude and spatial extent of sea lice transmission from farm to wild juvenile salmon. The 
project includes extensive surveys of sea lice on wild juvenile pink and chum salmon, which will be cross‐
checked  through  mutual  inspection  by  investigators  involved  in  other  sampling  projects  within  the  same 
area. 
          
         Collaborative  connections:  Comparisons  in  methodology  have  been  made  in  collaboration  with 
         Project A.3 
          
Project Description 
 
This  project  aims  to  build  on  previous  work  that  combines  field  data  on  sea  lice  infestations  of  juvenile 
salmon migrating in the vicinity of salmon farms using mathematical models of salmon migration, and lice 
dispersion  &  infection  to  estimate  sea  lice  transmission  from  farm  to  wild  juvenile  salmon.  This  project 
builds  on  agreements  between  the  Coastal  Alliance  for  Aquaculture  Reform  (CAAR)  and  Marine  Harvest 
Canada (MHC) for the monitoring and sharing of stocking and lice data from salmon farms. The idea is to 
combine these datasets so that knowledge of fish density and sea lice abundance in salmon farms can be 
translated  into  predictions  of  sea  lice  infections  on  wild  juvenile  salmon.  The  development  of  such  a 
predictive  model  requires  extensive  data  from  farm  and  wild  fish  and  will  be  useful  in  defining  optimal 
control  strategies  (SLICE  treatment  and  fallowing)  on  farms  for  protecting  juvenile  salmon  from  sea  lice 
epizootics.  
 
The project has several components, including extensive sea lice surveys of juvenile pink and chum salmon 
migrating  down  Knight  Inlet  and  Tribune  Channel  and  mathematical  modeling.  Farm  lice  data  will  be 
collected independently and shared via the Pacific Salmon Forum Broughton Ecosystem Research Program.  
This project will implement the field surveys Krkosek led in Tribune Channel and Knight Inlet in 2003‐2006. 
The surveys involve counting lice on 50 juvenile pink and 50 juvenile chum salmon at 1‐3 km intervals from 
Glendale down Knight Inlet and around Tribune Channel and Fife Sound. These data will then be analyzed 
with existing and new models of sea lice transmission from farm to wild salmon. The models allow a test of 
the null hypothesis that sea lice from farm salmon do not infect wild juvenile salmon. If the hypothesis is 
rejected,  the  models  further  allow  an  estimation  of  the  magnitude  and  spatial  extent  of  sea  lice 
transmission from farm to wild salmon. Because these estimates are independent of farm lice data it allows 
a  comparison  between  farm  lice  abundances  and  estimated  wild  fish  transmission.  This  may  allow 
investigation of whether or not wild fish infestations respond to SLICE treatment on farms.  
To  avoid  any  possible  concerns  that  fish  and  lice  are  not  being  identified  the  same  way  as  in  DFO's 
concurrent studies, some of the samples will be cross‐checked by Dr. S. Jones, PBS Nanaimo. Fish will live 
sampled and counted as in previous years, a subset of these will be individually identified, then frozen and 

                                                                                                                      17 
Broughton Research Program Project Status Report October, 2007  
 
 
sent to DFO for laboratory species ID and lice counts. The two sets of data will then be compared by mutual 
inspection by the investigators.           
   
  Project Update (Communication via email June 22nd and July 25th) 
                           
      Three replicate transects have been completed down Knight Inlet and Tribune Channel in April and 
      May. Data have been compiled and preliminary result of analysis is expected in the fall.  
       
      Few  lice  were  found  at  the  head  of  Knight  Inlet  and  higher  numbers  were  found  near  the  end  of 
      Knight Inlet and Tribune Channel. However, these are not results of the study, merely non‐statistical 
      observations. 
       
      Note: This project requests data from aquaculture facilities on fish and lice loads. Data for 2006 and 
      2007 are available from Marine Harvest via their website and this can be compiled manually from this 
      source. Discussions are being held with Mainstreams to obtain similar information for researchers.  
       
 




                                                                                                                  18 
Broughton Research Program Project Status Report October, 2007  
 
 
A.5 ‐ Abundance of planktonic sea lice in Knight Inlet/Tribune Channel 
 
Dave Mackas ‐ mackasd@pac.dfo‐mpo.gc.ca                       Moira Galbraith – galbraithm@pac.dfo‐mpo.gc.ca  
PO Box 6000                                                   PO Box 6000 
Sidney, BC, V8L 4B2                                           Sidney, BC, V8L 4B2 
Ph: 250‐363‐6442                                              Ph: 250‐363‐6692 
Fax: 250‐363‐6990                                             Fax: 250‐363‐6690 
   
Project Purpose 
 
To map the distribution of planktonic sea lice in the Broughton Archipelago region, specifically along Knight 
Inlet/Tribune Channel during the spring season of out‐migration of wild pink and chum stocks. Data on how 
the abundance of these planktonic stages varies with season and location will provide useful information 
about when, where and how severely lice infect out‐migrating wild populations of juvenile salmon. 
          
         Collaborative connections: Project A.1 
 
Project Description 
 
The goal of this project is to map the distribution of planktonic sea lice in the Broughton Archipelago region 
(specifically  along  Knight  Inlet/Tribune  Channel  during  the  spring  season  out‐migration  of  wild  pink  and 
chum stocks). Data on how the abundance of these planktonic stages varies with season and location will 
provide  useful  information  about  when,  where,  and  how  severely  the  lice  infect  out‐migrating  wild 
populations of juvenile salmon. While Krkosek et al., (2006) used the along‐channel spatial distribution of 
infected fish to back‐estimate the spatial distribution of initial infection in the Knight Inlet/Tribune Channel 
region, and reported a spatial association with proximity to active fish farms, independent field data on the 
along‐channel distribution of the larval sea lice are needed to check these predictions.  However, to date 
these good field observations have not been made  (despite previous attempts in mid‐late  spring of 2003 
and 2006).  
 
Although  the  naupliar  and  copepodite  stages  are  planktonic,  and  of  a  size  that  is  readily  captured  and 
retained by conventional zooplankton net tows, their abundance patterns are not easy to quantify. This is 
primarily because their average density in the water column is very much lower (i.e. by factors of hundreds 
to tens‐of‐thousands) than the abundance of other non‐parasitic crustacean plankton which are also caught 
and  retained  by  the  net  tows.    The  challenge  for  sampling  planktonic  sea  lice  is  therefore  to  develop  a 
sampling method and grid that can reliably discriminate and map the difference between ‘low’ and ‘zero or 
near‐zero’ abundance of the sea lice.  
 
Studies  in  other  regions  have  clearly  shown  that  L.  salmonis  have  a  strongly  layered  vertical  distribution 
(mostly  concentrated  in  the    upper  meter  or  two  of  the  water  column  during  daylight  hours);  the  same 
studies  have  also  suggested  that  they  may  also  aggregate  horizontally  in  a  band  relatively  near  the 
shoreline  (where  migrating  salmon  juveniles  also  tend  to  concentrate).    Lice‐on‐fish  studies  in  the 
Broughton  also  suggest  strongly  that  the  peak  infection  rate  may  have  been  earlier  in  the  calendar  year 
than  our  previous  sampling  efforts.  This  information  now  allows  us  to  target  sampling  effort  on  dates, 
depths,  and  locations  likely  to  maximize  the  catch;  however,  we  must  also  strive  to  make  the  catch  rate 
representative of a larger surrounding region, and not solely a result of site‐specific aggregation processes.   
The  abundance  in  the  water  column  and  spatial  distribution  of  planktonic‐stage  sea  lice  (i.e.  the  pre‐
attachment  naupliar  and  copepod  stages)  have  been  sampled  using  near‐surface  horizontal  and  oblique 
tows with fine mesh flow‐metered plankton nets. A key change from previous, largely unsuccessful, surveys 
                                                                                                                      19 
Broughton Research Program Project Status Report October, 2007  
 
 
for  planktonic  sea  lice  is  that  the  researchers  began  their  sampling  effort  significantly  earlier  in  the  year 
(mid February vs. early April in other years) and focused their effort on the near‐shore regions (where out‐
migrating salmon smolts are most concentrated).    
 
Planktonic  sea  lice  will  be  identified  to  genus/species  and  developmental  stage  and  counted  in  the 
laboratory,  and  all  data  will  be  permanently  archived  in  the  IOS  zooplankton  database  (data  are  publicly 
available  on  request  to  the  database  manager).    Extracts  from  the  database  will  be  processed  using 
spreadsheets (MSExcel) and graphing software (Surfer4Windows) to provide local estimates of abundance 
of  planktonic  sea‐lice.  Distribution  and  development  patterns  will  be  tabulated  and  mapped,  and  results 
(together with those from other project components) will be analyzed to interpret risk of infection. 
   
Project  update  (Email  communication  with  Dr.  Mackas  July  16th,  email  communication  with  M.  Galbraith 
                    July 18th, follow up communication July 26th) 
           
     Field  sampling  ended  in  early  May.  The  final  plankton  set  was  deemed  to  be  relatively  unsuccessful 
     because  a  dense  phytoplankton  bloom  clogged  the  nets  after  only  a  very  few  cubic  meters  were 
     sampled on each tow (versus 20‐100 cubic meters in a typical sample yielding 0‐3 sea lice larvae). Light 
     traps  were  utilized  to  attempt  to  catch  lice,  and  although  no  larvae  were  captured,  adults  were 
     collected.  
      
     Moira Galbraith is currently working through the microscopic counting and identification on the earlier 
     samples and expects to complete this work in early autumn, after which the research group will do a 
     complete mapping and statistical workup.  
      
     Preliminary results indicate that Lepeophtheirus salmonis nauplii and copepodids were not particularly 
     abundant  in  any  regions,  but  the  nauplii  that  were  found  were  more  common  at  sampling  locations 
     near active farms than at locations either upstream in the inlet (near Glendale Cove), or in downstream 
     reaches  of  the  inlet  far  from  any  farms.  The  copepodites  (the  stage  that  infects  salmon)  seem  to  be 
     more  spread  out  along  the  inlet  and  were  found  at  farm  locations  as  well  as  up  Tribune  channel  to 
     London Point and along Knight Inlet from Minstral Island to Hoeya.  
      
     Caligus clemensi copepodites have been found in Glendale Cove and Viner Sound in February but not 
     since. There were a lot of herring in the area on the first two trips in February and Moira believes these 
     were the source.  
      
     L. salmonis larval numbers have been very low, one or none per sample to a high of 9 which translates 
     to 0.18 per cubic meter. The sampling represents an improvement over 2006 where these researchers 
     were unable to locate any larvae. The difference is a direct result of being able to get into the field at an 
     earlier date (the middle of February, as opposed to the middle of April last year) and of being able to 
     sample before the juvenile salmon reach the inlet.  
      
     The sampling trip done in conjunction with Dario Stucchi at the end of March allowed the deployment 
     of light traps at various locations: Glendale Lodge, north of Sargeaunts Pass and west of Wicklow farm. 
     These  were  left  in  place  for  a  24  hour  period.  No  larval  stages  were  recovered  from  these  traps  but 
     there were several adult males each from Wicklow and Sargeaunts.   
      
     Data (and interpretations) are still incomplete because not all samples have been counted. Most of the 
     analysis  should  be  completed  soon  and  it  is  anticipated  that  it  will  be  written  up  by  August.  Sea  lice 
     counts from farms in the area would be useful.  
                                                                                                                          20 
Broughton Research Program Project Status Report October, 2007  
 
 
A.6 ‐ The vertical distribution of Lepeophtheirus salmonis planktonic larvae – equipment for a 2008 field 
experiment 
 
Al Lewis – alewis@eos.ubc.ca                                      Claudio DiBacco ‐ cdibacco@gmail.com 
249 ‐ 6270 University Blvd                                        University of British Columbia 
Vancouver, BC, V6T 1Z4                                            Earth & Ocean Sciences (Oceanography) 
Ph: 604‐822‐3626                                                  1461‐6270 University Boulevard 
Fax: 604‐822‐6091                                                 Vancouver, BC, Canada V6T 1Z4 
                                                                  Ph (604) 827‐5545 
 
Project Purpose 
 
To build and test equipment to examine the vertical distribution of sea lice larvae in the field (2007); to use 
the equipment in one or more natural settings in the Broughton Archipelago (2008). 
            
           Collaborative connections:  Results of the field work (2008) will be used by Stucchi & Foreman (A.1) 
           to estimate direction and distance of larval lice advection. 
 
Project Description 
    
The distribution of sea lice is a result of larval dispersal as well as dispersal of infected hosts. In the former, 
hydrochore  dispersal  is  due  to  a  combination  of  water  currents  and  the  depth  distribution  of  planktonic 
larvae. Since current direction can change with depth, understanding the vertical distribution of larval lice is 
critical  to  understanding  the  direction  and  rate  of  dispersal  as  well  as  the  change  in  larval  numbers.  An 
understanding of water currents and larval distribution is thus important in evaluating possible sources of 
sea lice as well as their impact on salmonids. This proposal is for a field experiment to examine the vertical 
distribution  of  naupliar  and  copepodid  stages  of  Lepeophtheirus  salmonis  using  equipment  and  concepts 
modified from those in an earlier study. 
 
There is some evidence of the effect of water properties, particularly salinity, on the vertical distribution of 
lice  copepodid  stages  as  well  as  the  suggestion  that  diel  vertical  migration  could  be  important  for 
copepodids to find suitable hosts. Vertical migration has the potential to move copepodids into water with 
different properties as well as current direction. This would not only affect survival but also direction and 
rate  of  transport.  Although  there  has  been  some  evidence  that  field  sampling  can  provide  evidence  on 
larval stage distribution, there has not been a definitive study on their vertical distribution and its effect on 
dispersal.  Local  work  provides  evidence  of  the  difficulties  in  capturing  sufficiently  large  numbers  of  lice 
larval stages to address the problem of vertical distribution. 
 
The  study  will  use  a  column  of  up  to  ten  meter‐long  net  chambers,  each  with  a  plastic  closing  valve  and 
collector at the base. The column will be deployed in the field, at a site (or sites) with an appropriate salinity 
gradient. Reared L. salmonis copepodids, and possibly nauplii, will be exposed over a suitable time period in 
the  column.  Distribution  of  the  specimens  in  the  column  will  be  used  as  an  indication  of  the  vertical 
distribution  and  vertical  migration  of  larval  stages  in  the  field.  Work  in  2007  will  be  limited  to  the 
construction and testing of the column. 
 
The study is expected to provide information on the following questions: 
 
     1. What is the vertical distribution of copepodids (and possibly nauplii) during the day and night? 

                                                                                                                       21 
Broughton Research Program Project Status Report October, 2007  
 
 
      2. Do lice copepodids (and possibly nauplii) spend time in the upper layer of lower salinity water or is 
         this a factor inhibiting vertical distribution? 
      3. Do lice copepodids undergo diel migration? 
 
The potential application of study results includes:    
 
    ‐ Information on the dispersal direction and capability of lice larvae from source populations 
    ‐ Dispersing  current  direction  and  flow  rate  can  change  with  depth  and  affect  distribution  of  any 
           larvae that are present.   
    ‐ If lice and fish movements are related, are the lice following the fish or are the fish trying to avoid 
           the lice, or is the relationship purely coincidental? 
 
Timeline for 2007 
    ‐          March – completion of design drawings and start of construction 
    ‐          April – completion of cap and first collector (UBC) as well as first net tube. 
    ‐          May – wet test of combined cap, first net tube and first collector. 
    ‐          June through July – construction of remaining collectors and net tubes. 
    ‐          July‐August – wet testing of paired then grouped collectors and net tubes. 
    ‐          September‐October – completion and final testing of complete system. 
     
  Project  update  (meeting  with  Dr.  Al  Lewis  June  26th  2007  and  email  correspondence  July  17th  and  July 
                    25th) 
            
    The  prototype  cap  and  collector  and  prototype  net  tube  have  been  completed  and  the  remaining 
    collectors have been cut and milled. Nets are in the manufacture process and are anticipated to arrive 
    at UBC for assembly during the summer.   
     
    A  wet  test  of  the  prototype  net  tube  and  collector  has  been  performed  successfully  with  no  net 
    collapse although small changes in collector and net lengths were made as well as modifications in the 
    net tube spreader assembly.  It is anticipated that the system will be constructed by mid/late July and 
    pictures will be submitted when assembled. Although it was originally planned to wet test sections in 
    the  UBC  swimming  pools,  this  is  not  believed  necessary  due  to  the  success  of  the  prototype  test.  
    However, a test is planned for the entire column in the 10 meter research tank at the south campus of 
    UBC.  
     
    An August field test is planned for the completed collector‐net tube column once fully assembled this 
    will  be  carried  out  in  Vancouver  harbour  although  a  specific  site  has  not  been  chosen.  A  suitable 
    location is required that has a sufficient depth of water and sufficient current to determine the weight 
    required  to  maintain  the  column  in  a  vertical  configuration  under  conditions  anticipated  in  the 
    Broughton Archipelago. 
    The apparatus will be ready to go to field by the end of this year. Ideally, the column would be used in 
    the field at the time that the pinks are returning to the Broughton area. 
     
    Dr  Lewis  does  need  to  determine  where  to  obtain  lice  for  his  tests  in  the  Broughton.  This  poses  a 
    potential  problem:  i.e.  where  in  the  Broughton  will  the  field  trails  be  run?  The  trials  need  to  be 
    performed somewhere that has a convenient source of lice, a place to grow them (approximately 1.5 
    weeks are required for life cycle production and this is temperature and salinity dependent) and a good 
    source  of  high  salinity  water  (30  ppt)  is  required  (i.e.  not  at  a  freshwater  interface).    Dr  Lewis  will 
    contact other researchers to advice on locations for trials. 
                                                                                                                         22 
Broughton Research Program Project Status Report October, 2007  
 
 
       
      Dr Lewis will be required  to grow sea lice and will  be doing so according to the methods outlined by 
      Heuch  et  al  (1995)  and  seeks  cooperation  from  a  farm  facility  to  provide  ovigerous  lice.      Ideally,  it 
      would  be  preferable  to  raise  the  required  lice  on  a  farm  site  that  has  supplied  lice,  however,  it  is 
      understandable that an aquaculture facility may be reluctant to hold tanks of lice on its platform. Dr. 
      Lewis also requires a boat with a winch capable of lifting (and pausing during lifting to remove contents 
      of each collector) the entire 10 m system while in the field.  (note, the EOS small boat can do this but 
      will need to be trailered to telegraph cove then run to the Broughton area.) 
       
      Based on these needs, Dr Lewis will submit a revised proposal for 2008. Based on the present fund use, 
      it is anticipated that  the original budget (2007‐2008) will be sufficient; funds remaining at the end of 
      2007 would be requested to be rolled over into the 2008 research period. 




                                                                                                                           23 
Broughton Research Program Project Status Report October, 2007  
 
   


B. Impacts of lice on individual salmon 
   
  B.1‐4 ‐ Effects of sea lice on the physiology and health of pink salmon 
   
  Colin Brauner – Brauner@zoology.ubc.ca                          
  2370 – 6270 University Blvd                                     
  Vancouver, BC, V6T 1Z4                                         Tony Farrell – farrellt@interchange.ubc.ca 
  Ph: 604‐822‐3372                                               Centre for Aquaculture and Environmental 
  Fax: 604‐822‐2416                                              Research 
                                                                 4160 Marine Drive 
  Sonja Saksida ‐ smsaksid@oberon.ark.com                        West Vancouver, BC, V7V 1N6 
  BC Centre for Aquatic Health Sciences                          Ph: 604‐666‐6647 
  PO Box 277                                                     Fax: 604‐666‐3497 
  Campbell River, BC, V9W 5B1                                     
  Ph: 250‐287‐2363 
  Cell: 250‐286‐6102 
   
  Project Purpose 
   
  To characterize the sub‐lethal physiological disturbances associated with different levels of sea lice density 
  on juvenile pink salmon in the laboratory and use these data to develop a model that will be applied to fish 
  in  the  wild  to  address  the  effect  of  sea  lice  on  pink  salmon  populations.  This  research  will  ground  truth 
  laboratory  experiments  with  a  limited  array  of  field  experiments  relating  to  lice  density  and  fitness  on 
  juvenile pink salmon smolts of varying ages and sea lice infection levels and conduct a health assessment 
  for viral, bacterial and parasite pathologies in wild fish. 
             Collaborative connections: Hargreaves: Lice levels and body masses of wild fish populations (A.3); 
             Krkosek: Lice levels and body masses of wild fish populations (A.4); Krkosek: Threshold effect levels 
             for lice: predation and Mages: Threshold effect levels for lice: swimming (B.5) 
   
  Project Description 
              
  It  is  acknowledged  that  heavily  parasitized  fish  may  undergo  ion  balance  disruption  and  reduced  overall 
  fitness (impaired disease resistance, reduced ability to cope with poor environmental conditions, reduced 
  swimming performance etc). Therefore, for both direct measures of ionic homeostasis and of performance 
  of  the  whole  organism,  we  will  (a)  establish  baseline  physiological  status  of  juvenile  pink  salmon  from 
  hatching to 10 g body mass, and (b) define at what lice load, if any, these physiological parameters become 
  significantly disturbed.  The experimental techniques required for these measurements will be developed 
  first for the lab and then moved, as appropriate, to the field for experiments in 2008. 
   
  There are five experimental goals in the study. 
                         
    1. Baseline characterization of the physiology and physical performance of developing pink salmon will 
          be  conducted  because  very  little  is  currently  known  in  this  regard.  It  is  impossible  to  determine  the 
          effect  of  lice  on  fish  if  we  do  not  understand  the  basic  physiological  condition  of  the  animals  in 
          question.   
           
          Plans are to use wild and hatchery reared fish, only non infected fish are to be used for the work in this 
          objective.  Physiological  measurements  will  include:  plasma  ion  levels,  whole  body  and  gill  Na+,K+‐
                                                                                                                             24 
  Broughton Research Program Project Status Report October, 2007  
   
 
       ATPase activity, saltwater  tolerance development during freshwater residence, drinking rate, maximal 
       sustained swimming performance, hypoxia tolerance and standard and maximal oxygen consumption 
       rates. The scope for metabolism (difference between standard and maximal oxygen consumption rate) 
       is  the  energy  that  can  be  devoted  to  growth  and  development  and  will  provide  insights  on  the 
       energetic  requirements  of  developing  pink  salmon.  Invaluable  information  will  be  added  to  the 
       knowledge base on juvenile pink salmon, which is currently extremely limited. 
                     
       Project  update  (Telephone  conversation  with  Colin  Brauner  June  18th  and  meeting  June  27th  2007, 
                           meeting with Tony Farrell and students July 18th) 
                 
       The research group is attempting to define baseline performance indicators such as growth rates, size 
       versus age, swimming performance, the development of ionic regulatory ability, ionic status, drinking 
       rate,  oxygen  consumption,  and  tolerance  to  hypoxia  that  may  be  altered  in  fish  infected  with  lice. 
       Baseline data allow a clearer interpretation of physiological changes in salmon that are coping with an 
       infestation. 
            
       At  very  short  notice,  two  MSc  students  (Michael  Sackville  and  Laura  Nendick)  and  one  half  time 
       technician  (Amelia  Grant)  joined  the  group  and  have  been  sampling  fish  and  lice  in  the  field, 
       purchasing, setting up and calibrating experimental apparatus, and testing fish in the lab for the past 4 
       months. A temporary technician (Linda Hanson) helped get the experiments started before the others 
       joined the team. 
            
       We have targeted 3 populations of pink salmon, given the uncertainty of being able to secure and then 
       transport wild juvenile fish to CAER, We successfully sampled (a) out‐migrating “wild” Glendale fry, (b) 
       emergent cultured fry from Quinsam hatchery and (c) wild smolts sampled monthly at saltwater sites.  
       Some  fish  were  processed  in  the  field  and  others  were  live  transported  to  CAER  at  West  Van 
       Laboratory  where  they  were  either  immediately  or  subsequently  used  for  experiments.    Currently, 
       there are three healthy populations of pink salmon growing at CAER. 
            
       Juvenile  pink  salmon  obtained  prior  to  downstream  migration  from  the  Quinsam  River  hatchery 
       (~2000)  and  the  Glendale  River  (~2000)  were  sampled  for  whole  body  ion  analyses  and  gill 
       ionoregulatory  development  and  were  given  a  salt  water  challenge  test.  Wild  smolts  were  also 
       collected from the Broughton Archipelago in cooperation with  Brent Hargreaves on three occasions, 
       with  the  logistics  being  largely  arranged  through  Sonja  Saksida’s  team  in  conjunction  with  Michael 
       Berry. Brent allowed one of Sonja and Gary Marty's technicians to sample with them for 2 days during 
       which time samples were collected for the health component of the study, and fish with and without 
       lice were frozen in the field for later physiological analysis for comparison with laboratory generated 
       data.   
        
       Logistical difficulties still remained with collections and transport. Space on the DFO vessel was limited 
       and the researchers in Campbell River needed to coordinate with Brent Hargreaves, whose timetable 
       was weather‐dictated.  Additionally, there was limited float plane availability to get to and from the 
       sampling  sites,  retrieve  fish  and  return  to  Campbell  River  with  sufficient  time  to  then  transport  fish 
       back to Vancouver the same day by truck and ferry. However, the difficulties were overcome and fish 
       (infected  and  non‐infected  with  sea  lice)  were  successfully  transported  to  the  CAER,  where 
       experimental trials are continuing.  
            
       All populations of fish are being held separately at the CAER and their baseline physiology and physical 
       performance  is  being  characterised  during  pink  salmon  development  from  <0.2  g  up  to10  g  (ion 
                                                                                                                        25 
Broughton Research Program Project Status Report October, 2007  
 
     
            analyses,  drinking  rate,  gill  ionoregulatory  development).  Growth  curves  (weights/lengths)  and 
            condition  factors  of  fish  during  their  holding  have  been  recorded  on  a  weekly  basis.  Good  growth 
            trajectory  curves  have  emerged  over  the  period  of  study  (  18  weeks)  and  these  data  should  allow 
            comparisons with fish collected in the field to better assess their fitness. This sampling will continue 
            until the fish reach approximately 10 g (late August). 
             
            The  equipment  for  swim  tests  with  juvenile  fish  was  purchased  and  set  up.  Swimming  protocols  to 
            measure  performance  were  developed  and  tests  were  run  on  fish  between  0.5  and    4  g  from  two 
            populations..  No  significant  differences  have  been  observed  between  swim  challenges  in  individual 
            animals (the same animal performs in a statistically similar manner on repetitive tests) indicating that 
            the  data  are  reproducible  and  will  provide  valid  baseline  information  regarding  swimming  ability  in 
            juvenile  pink  salmon  at  different  developmental  stages.    These  tests  are  continuing  on  3  more 
            populations (for a total of 5) until the fish reach 10 g. Growth curves indicate the fish will reach this 
            size  by  the  end  of  August.  Hypoxia  tolerance  trials  are  being  developed  and  will  be  implemented  in 
            2008 as will  drinking rate tests which are  currently being refined.  There is also a backlog of tissue 
            analysis for ion measurements which will be completed during the fall. 
                
               Note:  This  group  would  appreciate  access  to  Brent  Hargreave’s  fish  size  data  to  make  the  above 
               comparisons and to Paul Mages’ data to compare swimming performance.  
     
        2. Controlled laboratory experiments to investigate the relationship between sea lice density and fitness 
           of juvenile pink salmon comprise the second component of this research project.  They seek to answer 
           the  fundamental  question:  At  what  lice  load  do  the  animal’s  physiological  systems  begin  to  break 
           down, impairing performance and survival? 
            
           The current plan is to undertake an “LC50 type approach” to determine the point at which physiological 
           changes  result  in  a  fitness  reduction.    Lab‐based  experiments  are  underway  at  CAER  using  an 
           experimental matrix that considers several different fish ages, sea lice densities and exposure periods.  
           Densities of 0, <1, 1 and >1 adult louse per g, based on Morton’s recommendation of 1 louse per g as a 
           critical loading density in the field, are being targeted.  
            
           Project  update  (Telephone  conversation  with  Colin  Brauner  June  18th  and  meeting  June  27th  2007, 
                          Meeting with Tony Farrell and students July 18th) 
 
            Two approaches were explored.  One aimed to examine wild pink salmon shipped to CAER with lice 
            loads  acquired  naturally  in  the  field    (termed  natural  infections).  The  other  aimed  to  examine 
            laboratory‐reared fish infected artificially with sea lice at CAER (termed experimental infections). 
             
            The main difficulties with these experiments have been  a) a lack of infected wild salmon, especially 
            loads >1 louse/g fish , b) access to a reliable supply of sea lice, and c)  the inability to infect small pink 
            salmon with pre‐adult and adult sea lice in the lab. 
             
            Natural infections 
             
            The  prevalence  and  abundance  of  sea  lice  on  small  wild  pink  salmon  were  extremely  low  and 
            unreliable.  On  the  small  number  of  fish  that  were  infected,  most  lice  were  at  immature  stages  and 
            present  in  the  range  of  only  1  louse  per  fish  (fish  ~2  gram).  Lice  did  not  appear  to  leave  fish  during 
            transport from the field to CAER, thus pointing to low numbers at the site of collection.  Consequently, 

                                                                                                                                   26 
    Broughton Research Program Project Status Report October, 2007  
     
 
           this supply could in no way support the large number of proposed natural infection experiments, and 
           so swim tests were given a priority. 
           Preliminary analyses show no effect of lice load (up to 2 per fish, all fish <  4 g i.e. ~ 1 louse/g fish) on 
           swimming performance.  There were insufficient numbers of fish with more than 2 lice for these tests.  
           Lice can abandon fish during swim tests.  We are hoping to infect fish (see below) to extend this work.  
            
           Experimental infections 
            
           In  the  absence  of  a  source  of  adult  lice  from  wild  pink  salmon,  and  through  the  cooperation  of 
           Batchelor  Bay  Developments,  access  was  given  to  adult  salmon  at  the  Englewood  plant  to  harvest 
           mature lice for experimental infections.  Lice loads were sporadic and often minimal (eg, 10,000 fish 
           yielding  about  100  adult  lice),  and  with  Englewood’s  recent  closure,      commercially  caught  wild 
           sockeye have become our new target source for sea lice. To eliminate the unreliability associated with 
           lice  collection,  we  are  in  correspondence  with  Norway’s  Institute  of  Marine  Research  for  advice  on 
           establishing continuous sea lice cultures at CAER.  
           Placement/infection  of  adult  L.  salmonis  on  small  (<  1  g)  pink  salmon  in  biologically  meaningful 
           numbers  proved  near  impossible.  Initially,  attempts  to  manually  place  live  adult  lice  on  fish  were 
           made, but this was met with limited success. Adult lice generally did not remain on the fish following 
           placement.  Infection  was  then  attempted  by  isolating  individual  fish  in  confined  chambers  (100ml) 
           with 10 adult lice for 24 hrs. Infection levels were low (5% infection rate), and attachments were often 
           transient.  Exposure of single fish to absurdly high lice densities did not result in appreciable infection 
           either.  
            
           Failing  to  infect  small  pinks  with  adult  lice,  the  focus  switched  to  copepodid  infections.    Initially, 
           infection  protocols  used  recirculating  salt  water  systems  to  maintain  more  stable  salinity  levels,  as 
           salinity in CAER flow‐through systems was fluctuating by as much as 10ppt daily at the experiment’s 
           onset. Laboratory reared fish with an average size of 1 gram were exposed to a “copepodid soup” for 3 
           hours.  The  exposure  yielded  a  100%  infection  rate,  and  produced  an  average  lice  load  of  20 
           copepodids per fish. This elevated lice load resulted in a high mortality rate, and moribund fish were 
           sampled for whole body ion measurements as they were encountered. At 15 days, the majority of lice 
           had  matured  to  the  pre‐adult  stage  and  all  remaining  fish  were  sampled.  There  were  no  significant 
           mortalities in the control group. Experience from this initial trial is being used to standardize infection 
           methods to achieve load levels suggested by Morton.   
            
           These types of experiments will continue with fish up to 10 grams, provided more lice egg strings can 
           be secured from the wild sockeye sampling in the coming weeks.  
        
    3. “Ground  truthing”  laboratory  experiments  with  a  limited  array  of  field  experiments  to  relate  lice 
       density to fitness 
        
       Designed to compare the results of laboratory‐based infection studies with natural infections in wild 
       fish, the plan is to sample wild fish with variable natural levels of sea lice infections obtained during 
       surveys of sea lice density in out‐migrating wild pink salmon.  Measurements planned are the same as 
       for  the  above  two  projects  and  these  data  will  be  compared  with  the  laboratory  generated  data 
       comparing  sea  lice  density  with  sub‐lethal  disturbances  to  assist  with  validation  of  the  laboratory‐
       based model. 
                        
       Project  update  (Telephone  conversation  with  Colin  Brauner  June18th  and  meeting  June  27th  2007, 
                     meeting with Tony Farrell and Students July 18th) 
                                                                                                                            27 
Broughton Research Program Project Status Report October, 2007  
 
 
       To date, wild pink salmon have been collected and sampled directly from the field at 3 sampling times 
       (simultaneously with component 5 below). Pink salmon with no lice and with variable but limited lice 
       densities have been collected. and weight, length and condition factor have been measured. Fish are 
       currently frozen for lice density assessment, whole  body ion analysis, and gill Na+,K+‐ATPase activity. 
       These data will be compared with the lab held fish for validation of the laboratory model.  
            
       The next objective is to develop reliable protocols in the lab that can then be moved to the field and 
       enable reliable measurements without having to transport either fish or sea lice over large distances. 
       This requires careful calibration experiments which are underway and continuing.  Critical for the 2008 
       field  experiments  will  be  a  solid  research  platform  with  appropriate  and  reliable  power  sources.  
       Therefore,  we  are  carefully  assessing  which  experiments  have  the  potential  to  be  performed  in  the 
       field in 2008 and exactly what requirements there would be on our part for a field platform. 
            
       Note: These sorts of experiments would be excellent to perform on fish taken out of sentinel cages. 
                     
    4. Calibrate fish health/survival monitoring efforts with predictors of fitness 
        
       This  project  is  intended  to  integrate  the  collective  results  of  the  laboratory  and  field  studies  in  a 
       biologically  relevant  manner  such  that  a  determination  of  “at  what  sea  lice  density  do  pink  salmon 
       appear  to  be  negatively  affected  and  to  what  degree”.    This  will  allow  better  interpretation  of  field 
       observations on lice densities.  
        
       For  most  physiological  variables  the  range  between  routine  (set  to  a  fitness  of  1)  and  maximally 
       disturbed  (set  to  a  fitness  of  0)  are  known.  Sub‐lethal  effects  of  sea  lice  can  be  assigned  arbitrary 
       fitness  values,  which  will  permit  comparisons  among  the  many  measured  variables.  All  data  will  be 
       entered  into  the  model  and  a  principle  components  analysis  will  be  conducted  to  determine  which 
       parameters  are  most  affected  by  sea  lice.  A  statistician  will  be  consulted  to  ensure  data  are  treated 
       appropriately. 
                     
       Project  update  (Telephone  conversation  with  Colin  Brauner  June18th  and  meeting  June  27th  2007, 
                      meeting with Tony Farrell and Students July 18th) 
        
       A  postdoctoral  student  (Dr.  Manuela  Gardner)  will  join  this  team  on  August  1st,  2007  to  start  this 
       component and to assist with the processing of tissues from the fish collections and experiments.  This 
       component  of  the  research  project  is  entirely  dependent  on  the  results  from  the  studies  outlined 
       above  and  cannot  be  initiated  until  tissues  and  data  are  processed.    In  the  interim,  there  will  be  a 
       literature review of the variables we are measuring  so that the data we obtain can be placed in the 
       broader context of the entire scientific data base. 
            
    5. Assessment of fish health at different levels of lice density in naturally migrating fish 
        
       One  of  the  key  arguments  in  the  sea  lice/pink  salmon  debate  is  that  fish  are  succumbing  to 
       infestations  and  that  the  result  is  reduced  performance  of  fish  at  some  level,  which  is  ultimately 
       resulting in death through some mechanism. However, data to support this argument are inconclusive 
       and  further  studies  are  required  to  clarify  this  fundamental  point.  This  project  aims  to  test  the 
       hypothesis  that  there  is  no  difference  in  fish  health  parameters  between  fish  deemed  to  be  heavily 
       infested with sea lice as compared to those with little or no infestation.  



                                                                                                                         28 
Broughton Research Program Project Status Report October, 2007  
 
 
       The project researchers planned to sample at three locations during migration to investigate changes 
       in health parameters during migration, both prior to and following their natural exposure to sea lice. 

       Project  update  (Meeting  with  Sonja  Saksida  June  29th  2007,  follow  up  email  correspondence  July 
                          17th2007) 

       A final field sampling occurred between June 25th and 28th.   The  study was conducted in conjunction 
       with  the  on‐going  DFO  monitoring  project.   Dr  Brent  Hargreaves  of  the  Pacific  Biological  Station 
       (PBS/DFO)  and  his  research  team  were  extremely  accommodating  with  the  researchers  and  were 
       invaluable  in  coordinating  sampling  periods,  collecting  fish  from  the  seines  and  providing  on  board 
       accommodation  and  work  areas  as  well  as  equipment  when  possible.  The  aquaculture  industry  was 
       also helpful and supported the study by way of a boat and accommodations. Although there was some 
       difficulty  in  coordinating  sampling  times  to  encompass  the  desired  sample  location  spread,  the 
       researchers did manage to collect the desired number of fish from Queen Charlotte Strait, Knight Inlet, 
       Tribune Channel as well as one location in Wehlis.  A general observation was that the fish collected 
       this  year  were  smaller  than  fish  collected  by  DFO  in  previous  years,  although  this  could  have  been 
       anticipated as the numbers of adults returning last fall were lower and were late in gaining entry to 
       the rivers due to low water flow.  Some concern was expressed by the researchers that the data may 
       end up being descriptive rather than statistical as the funding provided by PSF permitted a sample size 
       which was less than optimal.  

       Samples are being analysed for gross pathology, histopathology, assessment of liver glycogen stores, 
       bacteriology and virology. Measurements will provide a clearer indication of what the overall fitness 
       level and energy reserves of these fish are at the time during their migration and exposure to sea lice. 
       Samples will be analysed by the fall. 

            Note:  It  was  commented  that  when  fish  are  captured  and  sampled  in  the  marine  environment, 
            there is no real ability to determine what system the fish originated from and that this study and 
            others could be better coordinated with that of Claudio DiBacco (A‐2). 
             
            Note:  There  were  insufficient  funds  in  the  current  budget  to  compensate  a  technician, 
            consequently, BCMAL contributed technician time to the project.  
             
            Note: There was a suggestion of the need to include fish health assessment as a component in field 
            studies  where  naturally  infested  salmon  are  evaluated  (i.e.  barrel  study,  predation  study).   It  is 
            suggested/recommended that this may be a wiser use of funds in the future instead of repeating 
            the fish health survey as done this year  
             




                                                                                                                        29 
Broughton Research Program Project Status Report October, 2007  
 
  
 B.5 ‐ Survival and predation field experiments 
  
Marty Krkosek mkrkosek@ualberta.ca   Mark Lewis mlewis@math.ualberta.ca 
Ph: 250‐415‐7368                                        Department of Mathematical and Statistical  
                                                        Sciences 
                                                        545 Central Academic Building 
                                                        University of Alberta 
                                                        Edmonton, AB T6H 2G1 
                                                        Ph: 780‐492‐01974  
  
  
 Project Purpose 
  
 To  estimate  survival  of  juvenile  salmon  infected  with  sea  lice  and  to  estimate  the  survival  and 
 developmental parameters of Lepeophtheirus salmonis. This study will also examine the effect of infection 
 on predation vulnerability.  
           
 Project Description 
  
 This  project  is  designed  to  estimate  survival  of  infected  juvenile  pink  salmon  and  estimate  survival  and 
 developmental  parameters  of  sea  lice  infecting  juvenile  pink  salmon.  It  is  designed  to  meet  three 
 objectives. 
  
      1. Estimate survival of infected juvenile salmon   
      2. Estimate survival and developmental parameters of sea lice  
      3. Test if infection increases predation 
  
 The  first  part  of  this  project  used  one  replicated  study  design  to  address  objectives  1  and  2:  estimate 
 survival  of  infected  juvenile  pink  salmon  and  estimate  survival  and  developmental  parameters  of  sea  lice 
 infecting  juvenile  pink  salmon.  This  study  used  naturally  infected  fish  collected  from  the  Broughton 
 Archipelago  and  held  them  in  ocean  enclosures  for  a  period  of  4‐5  weeks.  The  fish  were  protected  from 
 predators and fed commercial salmon feed in excess of satiation several times daily. For each replicate a 
 random  sample  of  approximately  1200  juvenile  pink  salmon  was  to  be  distributed  randomly  among  12 
 ocean  enclosures.  Over  the  course  of  the  study  50  juvenile  salmon  were  sampled  from  one  randomly 
 chosen enclosure at periodic intervals and then released. Using non‐lethal techniques, researchers counted 
 sea  lice  on  each  fish  and  made  morphometric  measurements  and  observations  on  fish  health.  High 
 frequency  sampling  (twice  daily)  was  performed  early  on  in  the  study  with  sampling  intervals  increasing 
 (once every third day) near the end. This was deemed necessary to collect data that could capture both the 
 rapid transition from copepodid to chalimus lice as well as ensuring that there is enough temporal coverage 
 for longer lived developmental stages (pre‐adult and adult lice).  
  
 Enclosures were checked hourly each day for morbid, dead, and dying fish. Dead and dying fish (defined by 
 behaviours as swimming upside down, resting on the bottom, not schooling, not feeding, and general poor 
 responsiveness) were collected and assayed for the same criteria. This dataset will provide a time series of 
 sea lice survival and development and juvenile salmon survival and infection load. The data will be modeled 
 to estimate sea lice developmental and survival rates, to test which developmental stages are pathogenic, 
 and  estimate  the  survival  of  infected  juvenile  salmon.  This  will  be  important  for  understanding  how 
 pathogenicity relates to louse development. The parameter estimates will constrain the analysis of the field 
                                                                                                                      30 
 Broughton Research Program Project Status Report October, 2007  
  
 
surveys these researchers are conducting in Project A.4. This will be important for robust model fitting plus 
estimating parameters of interest from the field survey (e.g. salmon migration speed). 
 
The second project examines the effect of infection on predation susceptibility. It was run concurrently with 
the survival experiments described above. For this study, coho smolts were used as predators and infected 
juvenile  pink  and  chum  salmon  as  prey.  Using  net  pens  200  infected  juvenile  pink  or  chum  salmon  were 
exposed to the predators for 24‐48 hrs and sea lice distributions on the prey and predator were compared 
before and after the trial. Indirect estimates of the distribution of sea lice on the prey were carried out by 
sub‐sampling 100 individuals from the same catch and then releasing them. This was intended to control 
for the effect of handling. They estimated sea lice distributions on predators before and after each trial and 
on prey after each trial by directly counting the sea lice. This will allow them to test if (1) predators select 
infected  prey  and  (2)  whether  sea  lice  infection  is  compensatory  or  in  addition  to  natural  mortality 
mechanisms  (or  in  other  words,  are  predators  more  successful  when  sea  lice  abundance  increases?)  The 
second test relies on extensive replication of the trials over a range of infection loads. 
 
Note: Both the survival and predation studies were conducted at an experimental facility constructed in the 
Broughton  Archipelago  that  is  situated  in  an  area  of  stable  salinity  and  temperature  and  is  distant  from 
salmon farms. In the past problems with new infections beginning at the facility (no infectious lice larvae in 
the environment) or fluctuations in salinity or temperature have not been encountered.  
 
Project  update  (Email  communication  from  Marty  Krkosek  June  26th  2007,  follow  up  communication  July 
                  25th) 
               
     Four survival trials have been completed using ocean enclosures. Data has been collected to estimate 
     survival and development rates of sea lice and juvenile pink salmon. Data have not been processed as 
     of this report. 
      
     Several  predation  studies  have  also  been  performed  to  evaluate  infection  impacts  on  predation  risk. 
     Data have been compiled and preliminary results of analysis is expected in the fall. 
      




                                                                                                                     31 
Broughton Research Program Project Status Report October, 2007  
 
   


C. Pink and chum salmon dynamics 
   
  C.1‐2 ‐ Pink and Chum population dynamics in the Broughton 
   
  Pieter Van Will – vanwillp@pac.dfo‐mpo.gc.ca                       Brian Riddell – riddellb@pac.dfo‐mpo.gc.ca  
  Box 2159                                                            3190 Hammond Bay Rd 
  Port Hardy, BC, V0N 2R0                                             Nanaimo, BC, V9T 6N7 
  Ph: 250‐949‐9273                                                    Ph: 250‐756‐7145 
                                                                      Fax: 250‐7053 
  Project Purpose 
   
  To  provide  a  more  quantitative  basis  for  assessing  returns  and  spawning  escapements  by  expanding 
  understanding of both freshwater and marine survival of pink and chum salmon in some key systems within 
  Area  12  (Central  Coast  and  Broughton)  Mainland  Inlets,  and  to  improve  the  accuracy  of  estimates  of 
  escapement and provide some calibrations for current visual enumeration programs. 
            
  Project Description 
   
  The  primary  focus  of  the  2007  Pink  and  Chum  Population  Dynamics  Program  in  the  Broughton  is  to 
  determine  if  reduced  survival  of  individuals  due  to  sea  lice  (if  any)  has  consequences  for  the  salmon 
  populations  in  the  area,  and  whether  fluctuations  in  observed  escapements  are  related  to  salmon  farm 
  activities  in  the  region.    The  project  is  intended  to  address  these  concerns  by  (1)  improving  river‐specific 
  escapement estimates, and (2) improving our knowledge of egg‐to‐smolt survival, which will lead to more 
  accurate  estimates  of  the  number  of  juvenile  salmon  leaving  each  natal  river.    The  more  refined 
  escapement  estimates  will  assist  in  determining  any  effects  of  other  manipulations  (e.g.  salmon  farm 
  fallowing)  on  adult  wild  salmon  recruitment.    The  objective  of  these  programs  is  to  provide  a  more 
  quantitative basis for assessing returns and spawning escapements by:    
            
    • Expanding the understanding of both freshwater and marine survival of pink and chum salmon in some 
        key  systems  within  the  Area  12  Mainland  Inlets.    The  more  accurate  survival  estimates  obtained  in 
        selected study systems will be  used as  surrogates/indices for assessing the productivity of  the other 
        systems in the area.   
     
    •  Improving  the  accuracy  of  escapement  estimates  and  provide  some  calibrations  for  the  expansion  of 
        current  visual  enumeration  programs  (e.g.  the  stream  life  component  and  actual  fish  numbers  vs. 
        observed).  
                       
  The prediction of adult returns and explanation of variation in returns will remain uncertain though due to 
  multiple sources of error in relating smolt output to subsequent escapement (e.g. variable marine survival 
  due to many other factors), and annual variation in environmental conditions in the Broughton region.    
   
  C.1 Refined escapement estimates 
                  
  Both river‐specific escapement and smolt number estimates are required to estimate marine survival. Adult 
  salmon escapements have been measured/estimated in the various Broughton rivers since the late 1940’s 
  during  which  period  the  methods  and  effort  have  varied,  thus  affecting  confidence  in  the  numerical 
  estimates  reported  in  the  DFO  Salmon  Escapement  Database.    At  best,  these  are  consistent  trends  over 
  time  for  the  1945‐2000  periods.    More  recently  (since  2001)  there  has  been  an  increased  effort  to  more 
                                                                                                                           32 
  Broughton Research Program Project Status Report October, 2007  
   
 
accurately  quantify  adult  escapements  using  helicopter  over  flights  with  on  the  ground  verification;  and 
stream  walk  surveys  in  streams  that  cannot  be  assessed  from  the  air  (vegetation  coverage  over  smaller 
streams).   
 
This  project  intends  to  calibrate  current  escapement  estimate  methods  by  intensifying  on‐the‐ground 
escapement counts through:  
              
  1. Continued  aerial  surveys  of  key  indicator  systems  (Kingcome,  Wakeman,  Kakweikan,  Anahuati,  and 
       Glendale).   
  2. Continued charter patrol ground surveys.   
  3. Calibration of aerial estimates using a DIDSON system on the Glendale.   
  4. Installation  of  video  counting  systems  at  the  Kakweikan  and  Embley  fishways  to  verify  aerial 
       escapement estimates.  
  5. Purchase  and  application/recovery  of  stream  residence  tags  on  pink  and  chum  in  the  Ahta  and/or 
       Viner rivers to determine the duration of the stream entry to spawning (death) period.   
  6. Improved  ground‐based  escapement  surveys  of  Ahta,  Viner,  Embley,  Mackenzie,  Shoal  Harbour, 
       Gilford stream escapements.   
 
Project update (Email communication from Pieter VanWill July 22nd 2007) 
     
    The work for this project will be carried out between July 15th and October 2007 
     
    Aerial escapement surveys via helicopter will provide counts of pink and chum in Kingcome, Wakeman, 
    Kakweikan,  Anahuati  and  Glendale.    These  surveys  will  commence  in  late  July.    Observations  may 
    extend into October for late run chum, but this will be dependent on weather conditions. First Nation 
    technicians  (MTMMS)  will  be  invited  to  participate  in  some  or  portions  of  some  flights  as  available 
    (agreement pending). 
     
    Regular  stream  inspections  by  DFO  patrolmen  and  MTTC  stream  technicians.  These  surveys  will  take 
    place  between  the  beginning  of  August  and  September  30th  2007.    Observations  may  extend  into 
    October  for  late  run  chum,  but  this  will  be  dependent  on  weather  conditions.  Stream  walks  (ground 
    surveys) will start first week of August. 
     
    Installation/operation of a DIDSON counting system on Glendale River to calibrate aerial estimates. The 
    DIDSON  system  was  installed  on  the  week  of  July  16th,  recording  as  of  July  19th.      The  system  will  be 
    maintained  (under  contract)  by  Knight  Inlet  Lodge  personnel.    Recent  high  water  levels  have  left  the 
    system inoperable but plans are to restart the system early next week (~July 30th).  Currently looking at 
    other  options  to  monitor  in‐migration  directly  into  the  Glendale  spawning  channel  and  work  in 
    conjunction with the fry splitter to improve our understanding of the freshwater survival in the channel 
    (adults in:juvenile out).  Recent efforts taken to clean the gravel in the channel may improve spawning 
    success and over‐wintering survival. 
     
    Installation/operation  of  a  video  counting  system  at  Kakweikan  and  Embley  fishways.  The  two  video 
    counting systems have been purchased and installation hardware is being fabricated.  Installation will 
    likely occur the 3rd‐4th week of July dependent on water levels. Maintenance and data downloading will 
    be done with assistance of MTMMS fishery technicians (agreement pending). 
     

                                                                                                                          33 
Broughton Research Program Project Status Report October, 2007  
 
 
       Stream residence tags will be purchased and applied to pink salmon adults in Ahta and/or Viner. It is 
       requested that this project will be deferred to 2008. 
        
       Improved  ground‐based  escapement  surveys  of  Ahta,  Viner,    Embley,  Mackenzie,  Shoal  Harbour, 
       Gilford will be carried out between August and September 30th 2007.   Observations may take place into 
       October for late run chum, but this will be dependent on weather conditions. First Nation technicians 
       (MTMMS)  will  accompany  DFO  Charter  Patrol  personnel  to  ensure  consistency  of  data  collection 
       methods.  First Nation technicians may also conduct additional stream escapement surveys to provide 
       greater  coverage  and  more  accurate  data  on  time  of  stream  entry,  spawner  residency  and  meristics 
       (scales, otoliths, DNA sampling).  Focus will be centered around Ahta and Viner ~ 9 visits (agreement 
       pending). 
                     
    C.2 Determination of annual egg to smolt survival rates   
                 
    Both  river‐specific  escapement  and  smolt  number  estimates  are  required  to  estimate  marine  survival. 
    Estimating  juvenile  salmon  production  from  Broughton  systems  requires  estimation  of  the  egg‐to‐smolt 
    survival rate. The application of a ‘biostandard’ (a fixed rate of survival) is not informative but has been 
    used in the past. 
 
 Work to be conducted under this proposal includes:   
              
  1. Installation  of  juvenile  traps  on  key  systems  (Glendale  and  possibly  Kakweikan)  where  the 
      escapement information is most accurate.  
  2. Index  trapping  on  smaller  systems  (Viner  and  Ahta)  where  escapement  estimates  are  considered 
      most accurate.   
  3. Collection  of  meristic  information  (including  fecundity  and  sex  ratios)  from  adult  pink  and  chum 
      salmon.    Fish  samples  for  histopathology  will  also  be  collected.    This  will  be  done  by  ground  crews 
      during the intensified escapement monitoring program.  
                  
Project update (Email communication from Pieter VanWill July 22nd 2007) 
              
    Over  the  next  few  months  the  project’s  focus  will  turn  towards  enumeration  of  adult  pink  and  chum 
    returns to Broughton rivers and will include installation of a video counting system on the Kakweikan 
    river and the DIDSON (acoustic video) counting system in Glendale river (see project C‐1 above).  These 
    efforts,  with  intensified  on‐ground  stream  inspections,  will  further  refine  the  accuracy  of  returning 
    adult salmon escapement estimates to Broughton region. 

       Bi‐weekly  escapement  reports  are  planned  between  July  15th  and  September  30th  2007  and  the  final 
       calibrated annual escapement reports are expected by February 29th 2008. 
        
       Installation  and  operation  of  rotary  screw  traps  (RST’s)  for  juvenile  downstream  enumeration  on  the 
       Glendale  and  Kakweikan.  Trapping  at  the  Kakweikan  will  be  deferred  to  the  spring  of  2008.  Juvenile 
       trapping at Glendale took place in the spring of 2007 (in‐season bulletins available at:  
       http://www‐ops2.pac.dfo‐mpo.gc.ca/xnet/content/salmon/sc%20stad/sc%20stad.htm) 
        
       The  spring  2007  juvenile  out‐migration  program  proposed  for  Kakweikan,  Viner  and  Ahta  Rivers  has 
       been  deferred  to  spring  2008  due  to  project  approval  timing  and  other  logistical  reasons.    Juvenile 
       outmigration studies in the spring of 2008 will compliment the intensified fall 2007 adult escapement 
       surveys. 
                                                                                                                      34 
Broughton Research Program Project Status Report October, 2007  
 
 
C.3 ‐ Out‐group Program of the Broughton Ecosystem Project (Work Plan for Bella Bella Region)                             
                                                                    
Michael Price (Spring) – mike@raincoast.org                        John Reynolds (Fall) – reynolds@sfu.ca Biological 
PO Box 2429                                                        Sciences 
Sidney, BC, V8L 3Y3                                                8888 University Road 
Ph: 250‐655‐1229                                                   Simon Fraser University 
Fax: 250‐665‐1339                                                  Burnaby, BC, V5A 1S6 
                                                                   Ph: 604‐291‐5636  
                                                                   Fax: 604‐291‐3496 
Project Purpose 
 
We  have  been  asked  by  the  Pacific  Salmon  Forum  to  examine  the  intensity  of  sea  lice  infection  on  wild 
juvenile pink and chum salmon in the Bella Bella region of the BC central coast.  This is an area that lacks 
fish farms. The project is intended to provide an out‐group comparison with the consortium of researchers 
involved in the Broughton Ecosystem Project.  The aims of our research are: (1) to obtain two years of data 
on  ambient  infection  levels  in  the  region,  and  (2)  to  relate  these  to  subsequent  returns  of  adult  fish  to 
spawning rivers. 
           
          Collaborative connections: A.3 and A.4 
 
Project Description 
 
Raincoast  Conservation  Foundation  (RCF)  and  Simon  Fraser  University  (SFU)  are  collaborating  on  an 
integrated  sampling  program  involving  spring  sea  lice  sampling  linked  to  fall  adult  salmon  escapement 
counts. Samples of juvenile salmon across a broad spatial scale will provide an estimate of ambient sea lice 
levels  throughout  this  region.    The  15  juvenile  sampling  locations  were  selected  to  capture  variability  in 
salinity and temperature in the region, both of which have been identified as having important effects on 
levels  of  infection  on  wild  fish  in  the  Broughton  region.  This  will  strengthen  outgroup  comparisons  with 
data  collected  from  the  Broughton.    The  locations  also  represent  sites  sampled  in  previous  studies 
(providing  multi‐year  data  dating  back  to  2003),  allowing  a  comparison  of  temporal  trends,  as  well  as 
enabling a linkage to adult escapement counts in the fall of 2007 to louse infection intensities the previous 
year. Escapement data will be analysed from DFO’s previous counts on a limited number of local streams, 
as well as new data that we will collect on streams that are not monitored by DFO.   
 
Spring Sea Lice Sampling (RCF) Migrating juvenile salmon were to be collected by beach seine in the near‐
shore waters of Heiltsuk Traditional Territory using the same sampling design as used in the Broughton. A 
total of 36 sampling dates were planned between April and June of 2007. Sample sites were selected in the 
waters  surrounding  Roscoe,  Spiller,  and  Briggs  Inlets,  and  Spiller  and  Bullock  Channels,  where  several 
primary  pink  and  chum  salmon  systems  occur  (e.g.,  Neekas  R.,  Clatse  Cr.,  Quartcha  Cr.,  and  Roscoe  Cr.).  
Juveniles were to be collected at each site at the time of each visit, individually bagged, and immediately 
frozen for later analysis of sea lice by RCF crews.  The methods would be consistent with those used in the 
Broughton.  Temperature and salinity would also be recorded at each site.    
 
Fall  Salmon  Escapement  Sampling  (SFU)  Between  September  and  mid  October,  DFO  escapement  counts 
will be supplemented in the same region as the spring sea lice sampling.  DFO currently visits only the major 
salmon streams in the Roscoe, Spiller, Bullock systems, including Neekas, Clatse, Quartcha and Roscoe. The 
project  researchers  will  visit  a  further  15‐20  small  streams  on  a  weekly  basis  throughout  the  spawning 
period,  making  visual  counts  of  live  and  dead  salmon.    For  most  of  the  streams  it  will  not  be  possible  to 
make direct links between juvenile salmon lice infections and subsequent returns of adults to those specific 
                                                                                                                         35 
Broughton Research Program Project Status Report October, 2007  
 
 
streams, as the natal streams of the juveniles will not be known.  However, two levels of inference will still 
be  possible.    First,  there  are  two  years  in  which  to  match  juvenile  infection  rates  with  subsequent  adult 
returns  for  the  region  as  a  whole.    Current  DFO  sampling  is  highly  restricted,  and  cannot  support  such 
calculations.  Second, researchers will target the streams in Roscoe Inlet, which has only one opening, and 
therefore  offers  a  more  controlled  smaller‐scale  comparison  of  overall  juvenile  infection  rates  and 
subsequent returns of adults.  All of the small streams that will be added to DFO’s large stream counts have 
excellent visibility, and pilot counts last year showed very high repeatability between observers. 
               
Preliminary Progress To Date – Not To Be Quoted Without Permission From the Authors  
               
     Raincoast Conservation Foundation has completed the first phase of the two‐part collaborative study.  
     Researchers collected roughly 2,000 juvenile pink and chum salmon, and incidentally caught coho, from 
     14  locations  over  26  days  on  BC’s  central  coast  between  April  15th  and  June  21st.    Salinity  and 
     temperature readings were recorded at each location, at depths 0, 2.5, 5, 7.5, and 10 meters.  Although 
     samples  are  currently  being  analysed  for  lice  infection  levels,  1,633  juveniles  have  been  analysed  to 
     date.  Of the 1,174 chum, 396 pink, and 63 coho, 71 lice (40 Caligus spp.; 31 Lepeophtheirus salmonis) 
     have been found.  Chum showed the highest rate of infection (0.046), closely followed by pink (0.040); 
     no lice were found on coho.  4 juveniles hosted 2 lice each (3 chum, 1 pink), the remainder hosted a 
     single louse.  Final results are expected by October.   
      
     WE  EMPHASIZE  THAT  THESE  RESULTS  ARE  PRELIMINARY,  AND  SHOULD  NOT  BE  QUOTED  WITHOUT 
     PERMISSION FROM THE AUTHORS.  
      
                                                    Lepeophtheirus salmonis                         Caligus spp. 
                          No. of fish                                                                     
    Species               sampled                      Total lice   Prevalence            Total lice     Prevalence 
    Chum                  1,174                     27              0.023              28                0.023 
    Pink                  396                       4               0.011              12                0.030 
    Coho                  63                        0               0                  0                 0 
                                                                                                          
    Total                 1,633                     31              0.018              40                0.024 
        
       The  second  phase  of  the  research  will  be  conducted  this  fall  by  the  SFU  team  in  consultation  with 
       Raincoast,  when  researchers  will  enumerate  many  of  the  small  streams  that  produced  the  juvenile 
       salmonids collected in the first phase of the study.   
 




                                                                                                                       36 
Broughton Research Program Project Status Report October, 2007  
 
   

5. Current Budget Status 
   
      Broughton Ecosystem Research Program                                                                             
      Funded Projects 2007 as of July 16, 2007                                                                         
                                                                                                                       
                                                             Total           Paid to Date    Balance        2007      Anticipated 
      Project Code                                            Budget          Total          Outstanding    Status    Surplus 
                                                                                                                        
      A1 ‐ Foreman/Stucchi                                   77,000.00       77,000.00       0.00           CLOSED    0.00 
                                                                                                                        
      A2 ‐ DiBacco                                           29,600.00       29,600.00       0.00           CLOSED    0.00 
             Local support staff                             20,000.00       1,620.00        18,380.00      CLOSED    18,380.00 
                                                                                                                        
      A3 ‐ Hargreaves                                        80,000.00       80,000.00       0.00           CLOSED    0.00 
                                                                                                                        
      A4 ‐ Krkosek                                           50,000.00       50,000.00       0.00           CLOSED    0.00 
                                                                                                                        
      A5 ‐ Mackas/Galbraith                                  26,000.00       26,000.00       0.00           CLOSED    0.00 
             Local support staff                             62,000.00       13,484.75       48,515.25      CLOSED    48,515.25 
                                                                                                                        
      A6 ‐ Lewis/DiBacco                                     22,000.00       22,000.00       0.00           CLOSED    0.00 
                                                                                                                        
      B1‐4 ‐ Brauner/Saksida                                 185,038.00      185,038.00      0.00           CLOSED    0.00 
                Transportation                               12,000.00       105,62.9        1,437.10       CLOSED    1,437.10 
                                                                                                                        
      B5 ‐ Krkosek                                           19,800.00       19,800.00       0.00           CLOSED    0.00 
                                                                                                                        
      C1 ‐ Riddell/Van Will                                  180,000.00      180,000.00      0.00           CLOSED    0.00 
                                                                                                                        
      C3 ‐ Reynolds/Raincoast                                48,400.00       48,400.00       0.00           CLOSED    0.00 
                                                                                                                        
      Ecosystem Modeling Workshop                            20,000.00       0.00            0.00           CLOSED    20,000.00 
                                                                                                                        
      Broughton Coordination                                 45,000.00       40,006.93       4,993.07       OPEN      0.00 
                                                                                                                       
      YTD TOTALS                                             $876,838.00     $782,058.92     $74,779.08               85,895.25 
   

   
   




                                                                                                                            37 
  Broughton Research Program Project Status Report October, 2007  
   
  

6. Summary 
  
 The process of defining projects and allocating funds for the 2007 period was expedited and it is hoped that 
 there will be a number of discussions with researchers and other collaborators over the summer and fall to 
 organise project designs to allow more lead time for the 2008 research season such that a more efficient 
 coordination  and  collaboration  between  research  groups  can  be  achieved.  In  addition  there  will  be  a 
 researcher workshop in November of this year where all available results of the research conducted in 2007 
 will be presented. 
  
 Currently, all of the research projects are in various stages of completion and there does not appear to be 
 any  significant  concern  that  any  projects  will  not  meet  their  specific  objectives.  Delays  have  been 
 encountered in some cases, but these do not appear to be major. Most researchers appear confident that 
 they will be prepared to present their findings at a workshop if held in November of 2007 and this will be 
 valuable in defining the steps and collaborations that may be put in place for the coming research season in 
 2008. 
  




                                                                                                               38 
 Broughton Research Program Project Status Report October, 2007  
  

								
To top