List of Free Software for Microscopy - PDF

Document Sample
List of Free Software for Microscopy - PDF Powered By Docstoc
					List of Free Software for Microscopy 
Compiled by Rainer Heintzmann (King’s College) for the AQLM course, 2009 
 
                                 Data acquisition 
Micromanager 
http://www.micro‐manager.org/ 
 
CamAcqJ  (Grant Harris) 
Acquisition & Instrument control. Supports QImaging and Luminara cameras and 
variable retarders and stages. 
http://www.mbl.edu/research/labs/adlc/CamAcqJ/ 
 
ScanImage (Vijay Iyer, Karel Swoboda) 
Developed for 2photon microscopy and neurobiology/ patch clamping 
http://research.janelia.org/wiki/display/ephus/ScanImage 
 
                              Display and Segmentaton 
BioimageXD 
3D Visualisation and analysis (nice rendering) 
University of Turku & University of Jyväskylä, Finland  
Linux/Mac/Windows, VTK + Python based  (latest update: 2008‐03‐28) 
http://www.bioimagexd.net 
 
VisBio  (Curtis Rueden  & Abraham Sorber), 
3D Visualisation and analysis (nice rendering). 
Interfaces with OME.  (latest update: 9 Mar 2009), 
http://www.loci.wisc.edu/visbio/ 
 
V3D (Hanchuan Peng) 
Great tools for visualization and segmentation of large (!) datasets. 
3D annotation, landmarking, data management,cell segmentation, neuron tracing, 
deformable registration, and more (latest update 2009‐May‐5) 
http://hanchuan.peng.googlepages.com 
 
 
                                  Image Processing 
                                            
COSMOS = COSM Open Souce  (Chrysanthe Preza) 
… soon to come. Have a look at:, http://cirl.memphis.edu/cosmos 
 
ImageJ: A public domain Java image processing program inspired by NIH Image 
for the Macintosh. Windows, Mac OS, Mac OS X and Linux.  
Plugins (http://rsb.info.nih.gov/ij/plugins/ )  support various microscopy related 
issues. E.g. time‐stamping, resampling, tracking, … LOOK HERE FIRST 
http://rsb.info.nih.gov/ij/ 
 
DeconvolutionLab (Guillaume Schmit, EPFL) 
Toolbox for ImageJ with various deconvolution algorithms. Some of them are state 
of the art wavelet based constraints. Only 2^n sized images! 
Ask Daniel Sage (daniel.sage@epfl.ch), EPFL if interested in using. 
 
3D_Deconvolution (Pierre Besson, Cédric Vonesch and François Aguet, EPFL) 
3D deconvolution package with PSF generation. Only 2^n sized images. 
http://bigwww.epfl.ch/demo/deconvolution3D/ 
 
Iterative Deconvolve 3D (Bob Dougherty, OptiNav, Inc.) 
Memory intensitve. 
http://www.optinav.com/imagej.html 
 
DeconvolutionJ (Nick Linnenbrügger) 
http://rsb.info.nih.gov/ij/plugins/fftj.html 
 
Voxx: A Volume Rendering Program for 3D Microscopy. Voxx is a voxel‐based (not 
surface‐based) 3D rendering program which has been optimized for biological 
microscopy. This software permits researchers to perform real‐time rendering of 
large microscopy data sets using inexpensive personal computers. We developed it 
to explore 3D datasets collected on confocal and multiphoton microscopy systems, 
but it can also render other kinds of data (e.g. CT, MRI, etc.).  
http://www.nephrology.iupui.edu/imaging/voxx/ 
 
NIH image (Mac only): NIH Image is a public domain image processing and 
analysis program for the Macintosh. 
http://rsb.info.nih.gov/nih‐image/ 
 
Cell Profiler (Ann Carpenter, MIT) 
Versatile 2D processing platform for high throughput screening applications. 
http://www.cellprofiler.org/ 
 
IrfanView + IrfanView plugins:   Batch conversion (with image processing), 
multipage TIF editing, TIFF, AVI, MPEG, DICOM, …  (look under “view – Multipage 
images”, Extract images from a movie, … 
http://www.irfanview.com/ 
 
VisBio: VisBio is a biological (3D) visualization tool designed for easy 
visualization and analysis of multidimensional image data. 
http://www.loci.wisc.edu/visbio/ 
                                             
IVE & Priism (Sedat lab, UCSF) 
http://www.msg.ucsf.edu/IVE/index.html
Tracking 
 
Cell Tracker (Hailin Shen, Univ. of Manchester) 
Advanced and useful tool for 2D tracking of cells and features. Uses Snakes. Based 
on Matlab. (last update 8 June, 2006) 
http://dbkgroup.org/celltracker/ 
 
u­track (Jaquaman, Danuser)  
For experts – powerful linking algorithm in Matlab, 
3D is possible. Many Matlab toolboxes are needed. 
http://lccb.scripps.edu/content/download.html 
 
Tracking and Ballon Segmentation, 2D (L. Dupuy) 
They also can do tracking but do not show it on the website. Worth asking. 
Segmentation pluging can be downloaded: 
http://www.archiroot.org.uk 
 
3D Tracking 
Website was down. But should be good. Windows only. Zebrafish embryogenesis? 
http://www.cbi‐platform.net/ 
 
View5D:   Java Applet, ImageJ plugin, Matlab plugin 
The program View5D interactively displays of up to 5 dimensional volumetric 
datasets. 
Three orthogonal slicing views, 2D and 3D histograms of intensity (scattergrams), 
Basic image processing operations (ratioing, ..), Interactive counting and tagging of 
entities, Tracking of 3D movements, Multiplicative display of lifetime or ratio 
images. 
http://www.nanoimaging.de/View5D/      
 
VTK: For programmers only. The Visualization ToolKit (VTK) is an open source, 
freely available software system for 3D computer graphics, image processing, 
and visualization. More for expert users, who know how to program. Very 
powerful and big community! 
http://www.vtk.org/ 
 
BIRN: Selection of various useful tools for image processing and analysis. Mouse 
Brain Atlas, 3D Slicer, LONI Pipeline, Functional MRI, … 
http://www.nbirn.net/Resources/Downloads/ 
 
OME: Open Microscopy Environment 
Data management for biological light microscopy. Image‐based analysis of cellular 
dynamics. Image‐based screens of cellular localization or phenotypes. 
OME is a database engine which allows a lab to store all microscopy images along 
with metadata; keeping track of projects. Some image processing features available. 
http://www.openmicroscopy.org/ 
 
DIPimage / DIPlib:  (Matlab is needed as a platform) 
This Matlab toolbox contains a large amount of very useful (often N‐dimensional) 
image processing algorithms. DIPimage features its own datatype (dip_image) and 
a convenient browser to quickly investigate the results. 
Microscopy‐oriented Features are: Automatic Thresholding algorithms, Cross‐
correlation‐based shift determination, Segmentation algorithms (e.g. watershed 
transform), Noise‐filtering (e.g. anisotropic diffusion with local structure tensors), 
Convolution, Measurements of labeled entities (e.g. Major axis direction) … 
http://www.ph.tn.tudelft.nl/DIPlib/ 
 
CudaMat (Rainer Heintzmann) 
Using NVidia’s GPUs for fast data crunching in Matlab.  
Idea: Make it simple: myImage=cuda(myImage); 
Only a subset supported at the moment. Datatypes: single and scomplex 
Contact me (heintzmann@gmail.com) 
 
minFunc (Mark Schmidt) 
Matlab function for general minimization. Lots of methods implemented. 
http://www.cs.ubc.ca/~schmidtm/Software/minFunc.html 
 
 

				
DOCUMENT INFO
Shared By:
Categories:
Stats:
views:7
posted:4/6/2010
language:English
pages:4
Description: free-list-of pdf