Potente infraestructura GRID para la investigación del cáncer Madrid, 17 julio 2007. Desde 2006, el Departamento de Inteligencia Artificial de la Facultad de Informática desarrolla el proyecto ACGT, que incluye reconocidos líderes internacionales en sus respectivos campos, con el objeto de proporcionar a la comunidad científica un entorno clínico-genómico integrado para la investigación en cáncer, desarrollado sobre una potente ingraestructura GRID.
IST
PROGRAMME: Information Society Technologies TOPIC: ACGT DG IST FP6-026996
PROYECTO: Avance en Ensayos Clínico-Genómicos de Cáncer PROJECT: ACGT: Advancing Clinico-Genomics Trials on Cancer Ref.: 026996
DURACIÓN: IMPORTE GLOBAL DEL PROYECTO: CONTRIBUCIÓN EC: INSTRUMENTO:
DURATION: AMOUNT FOR THE WHOLE PROJECT: EC CONTRIBUTION: INSTRUMENT:
01/02/06 - 31/01/10 17.685.541 € 11.887.000 € IP
CONSORCIO/CONSORTIUM: ERCIM- European Research Consortium for Informatics and Mathematics (FR, Coordinator), Universidad de Málaga (ES), Univesidad Politécnica de Madrid (ES), Universiteit Van Amsterdam (NL), Lunds Universitet (SE), University of Crete (GR), Universitaet Hannover (DE), Universitaet Des Saarlandes (DE), Facultes Universitaires Notre -Dame de la Paix (BE), Universitaet Hamburg (DE), University of Oxford (UK), Hokkaido University (JP), Foundation for Research and TechnologyHellas (GR), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (FR), Philips Electronics Nederland B.V. (NL), Association Hospitaliere de Bruxelles-Centre Hospitalier Universitaire Bordet-Association de Droit Public ASBL (BE), Institut Suisse de Bioinformatique (CH), Fraunhofer Gesellschaft Zur Foerderung Der Angewandten Forschung E.V. (DE), A. Persidis & SIA O.E. (GR), Instytut Chemii Bioorganicznej Pan w Poznaniu (PL), Custodix (BE), Healthgrid (FR), Institute of Communication and Computer Systems (GR), Institute of Communication and Computer Systems (GR), Siveco Romania SA (RO), Istituto Europeo di Oncologia S.R.L. (IT). RESUMEN DEL PROYECTO RELLENAR POR FAVOR (en castellano)
La finalización del proyecto del genoma humano ha dado lugar al desarrollo de nuevas herramientas para ayudar al investigador en biomedicina en el descubrimiento de los mecanismos que rigen las enfermedades. Mientras que el objetivo está claro, el camino ha estado lleno de obstáculos debido a los desafíos técnicos, científicos y sociológicos. ACGT incluye reconocidos líderes internacionales en sus respectivos campos, con el objetivo de proporcionar a la comunidad científica dedicada a la investigación en cáncer un entorno clínico-genómico integrado, desarrollado sobre una potente infraestructura GRID. Para la consecución de este objetivo,
ACGT ha formulado un plan de trabajo coherente e integrado para el diseño, desarrollo, integración y validación de todas estas áreas de trabajo de interés tecnológico. Estas son: 1. GRID: desarrollo de una infraestructura GRID Biomédica Europea que ofrezca servicios de mediación semántica transparentes para el intercambio de datos, métodos y herramientas de procesos de datos y seguridad avanzada. 2. Integración: integración semántica de datos clínicos, genómicos y proteómicos basada en ontologías, teniendo en cuenta ontologías y metadatos estándar 3. Descubrimiento del conocimiento: Creación de servicios GRID de data-mining para mantener y mejorar procesos complejos de descubrimientos de conocimiento 4. Mejorar los procesos de ensayos clínico en el marco de la medicina genómica para el desarrollo de nuevos medicamentos La plataforma tecnológica será validada en un marco concreto de ensayo clínico de cáncer. Se han seleccionado ensayos pilotos basados en la presencia de claros objetivos de investigación, aumentando la necesidad de integrar datos a todos los niveles del ser humano. ACGT impulsa un origen y un acceso abierto, permitiendo una creación gradual de un GRID Biomédico Europeo del Cáncer. De ahí que el proyecto planee introducir ensayos clínicos adicionales durante su ciclo de vida. Esto está en línea con las prioridades de la UE y los objetivos del programa de IST.
ACTIVIDAD DE LA UPM 1. 2. 3. 4. Coordinación de las tareas de creación de interoperabilidad de sistemas e integración de datos clínico-genómicos. Desarrollo de nuevos modelos de minería de datos basados en Grid Diseño de servicios Grid para la recuperación de información y tareas implicadas en los ensayos clínico-genómicos Implementación de un mediador semántico en el área de Gris para su uso en ensayos clínicos
RESULTADOS OBTENIDOS PUBLICACIONES: TESIS DOCTORALES: PATENTES: OTROS:
RESULTS PUBLICATIONS: DOCTORAL: PATENTS: OTHER: 4
Espacio para la foto
PROJECT SUMMARY The completion of the Human Genome Project sparked the development of many new tools for today's biomedical researcher to use in finding the mechanism behind disease. While the goal is clear, the path to such discoveries has been fraught with roadblocks in terms of technical, scientific, and sociological challenges. ACGT brings together internationally recognised leaders in their respective fields, with the aim to deliver to the cancer research community and integrated Clinico-Genomic ICT environment enabled by a powerful GRID infrastructure. In achieving this objective ACGT has formulated a coherent, integrated workplan for the design, development, integration and validation of all technologically challenging areas of work. Namely: (a) GRID: delivery of a Eur opean Biomedical GRID infrastructure offering seamless mediation services for sharing data and data -processing methods and tools, and advanced security; (b) Integration: semantic, ontology based integration of clinical and genomic/proteomic data -taking into account standard clinical and genomic ontologies and metadata; © Knowledge Discovery: Delivery of data-mining GRID services in order to support and improve complex knowledge discovery processes. The technological platform will be validated in concrete setting o f advanced clinical trials on Cancer. Pilot trials have been selected based on the presence of clear research objectives, ra ising the need to integrate data at all levels of the human being. ACGT promotes the principle of open source and open access, thus enagling the gradual creation of a European Biomedical Grid on Cancer. Hence, the project plants to intorduce additional cli nical trials during its lifecycle. It is in line with EU prioritties and the objectives of the IST program. It targets the fulfilment of urgent needs of the cancer research community, a key area of societal importance with a view to strengthening the integration of the European Research Area. ROLE OF THE UPM 1. 2. 3. 4. Coordination of the tasks designed for creating systems interoperability and clinico-genomic data integration Development of new models of Grid-Based data mining Designing Grid services for information retrieval and tasks related to clinico-genomic trials Implementation of a semantic mediator in the Grid area, to be used in clinical trials
RESPONSABLE TÉCNICO EN LA UPM / UPM TECHNICAL RESPONSIBLE Nombre y apellidos / Person: Victor Manuel Maojo García Departamento / Department: Inteligencia Artificial Centro / School: Facultad de Informática Dirección / Address: Campus de Montegancedo s/n - 28660 Madrid Tel: +34 91 3366897 / Fax: +34 91 3524819 e-mail: vmaojo@fi.upm.es