Projekt

Document Sample
Projekt Powered By Docstoc
					Weryfikacja predykcji mitochondrialnej
   lokalizacji białek związanych z
         metabolizmem RNA
    Weryfikacja predykcji mitochondrialnej lokalizacji białek
    związanych z metabolizmem RNA




W projekcie analizowane będą następujące białka:


   Q9UNV9 Putative RNA helicase
   Q9NV06 (Q8NCH8) WD repeat and SOF domain-containing protein 1
   Q6P2J3 (Q5W093) Hypothetical protein (PDCD11 protein)
   Q6ZSJ2 (Q96FR9) CDNA FLJ45480 fis, clone BRTHA2001304
   A8K979 cDNA FLJ77472
              Weryfikacja predykcji mitochondrialnej lokalizacji białek
              związanych z metabolizmem RNA

                                           Q9UNV9                                  gi:74762020



   Predykcja mit: 69.9, p=1.4e-171
   Putative RNA helicase
   wielkość: 595 aa (68 kDa) evidence at transcription level

Helicase_C – helicase conserved
C-terminal domain                                     Adnotacje bioinformatyczne:
Sec63 - This domain (also known as                    • Molecular function: ATP binding
the Brl domain) is required for                       • Molecular function: helicase activity
assembly of functional endoplasmic
                                                      • Molecular function: nucleic acid binding
reticulum translocons (*)


(*)This domain was named after the yeast Sec63 (or NPL1) protein in which it was found. This protein is
required for preprotein translocation. Other yeast proteins containing this domain include pre-mRNA
splicing helicase BRR2, HFM1 protein and putative helicases.
          Weryfikacja predykcji mitochondrialnej lokalizacji białek
          związanych z metabolizmem RNA

                                 Q9UNV9

homolog drożdżowej helikazy Slh1p (ygr271w) (1998) (Putative RNA
helicase related to Ski2p, involved in translation inhibition of non-
poly(A) mRNAs; required for repressing propagation of dsRNA
viruses)

Praktycznie identyczne z nieznanym ludzkim A2RRQ7 (możliwa redundancja
lub alternatywny splicing) Zauważalna jest homologia dwóch typów
sekwencji: białko posiada wysoce konserwowane homologi niemal
identycznej wielkości szeroko rozpowszechnione (Mus, Danio, Arabidopsis,
Oryza, grzyby) o nieznanej funkcji. Drugim typem są długie sekwencje
wysoce      konserwowane       jądrowych     rybonukleoprotein  (snRNP)
zaangażowanych w splicing mRNA (jak ludzki U5 snRNP), w których białko
pokrywa swoją sekwencją dwa charakterystyczne rejony C-końcowe.
Prawdopodobnie Q9UNV9 i jego homologi nie są związane funkcjonalnie z
tymi RNP. Homologia do drożdżowej Slh1p jest właśnie tego typu
Weryfikacja predykcji mitochondrialnej lokalizacji białek
związanych z metabolizmem RNA
                                        Q9UNV9




 Activating signal cointegrator 1
 (U5 small nuclear
 ribonucleoprotein helicase)
Weryfikacja predykcji mitochondrialnej lokalizacji białek
związanych z metabolizmem RNA
                                        Q9UNV9




       Badane białko
          Weryfikacja predykcji mitochondrialnej lokalizacji białek
          związanych z metabolizmem RNA

                                Q9NV06                    gi:160358731



Predykcja mit: 69.9, p=9.1e-57
WD repeat and SOF domain-containing protein 1
Wielkość: 445 aa (51 kDa) evidence at protein level
Gen: WDSOF1 (chr. 8)

Zawiera 7 powtórzeń motywu WD

Function: Possible role in ribosomal RNA processing (By similarity).
Subcellular localization: Nucleus, nucleolus (By similarity).

Bardzo silnie konserwowane pośród wszystkich eukariontów, prawdopodobnie
jest to białko procesujące rybosomalne RNA, rodzaj snRNPs, brak jednak
eksperymentalnych dowodów lokalizacji
         Weryfikacja predykcji mitochondrialnej lokalizacji białek
         związanych z metabolizmem RNA

                                  Q9NV06
WD-40 repeats (also known as WD or beta-transducin repeats) are short ~40
amino acid motifs, often terminating in a Trp-Asp (W-D) dipeptide. WD-containing
proteins have 4 to 16 repeating units, all of which are thought to form a
circularised beta-propeller structure. WD-repeat proteins are a large family found
in all eukaryotes and are implicated in a variety of functions ranging from signal
transduction and transcription regulation to cell cycle control and apoptosis. The
underlying common function of all WD-repeat proteins is coordinating multi-
protein complex assemblies, where the repeating units serve as a rigid scaffold for
protein interactions. The specificity of the proteins is determined by the sequences
outside the repeats themselves. Examples of such complexes are G proteins (beta
subunit is a beta-propeller), TAFII transcription factor, and E3 ubiquitin ligase



                            Alternative splicing
           dwie formy splicingowe o wspólnym N-końcu
Weryfikacja predykcji mitochondrialnej lokalizacji białek
związanych z metabolizmem RNA
                                           Q9NV06




              izoformy
          Weryfikacja predykcji mitochondrialnej lokalizacji białek
          związanych z metabolizmem RNA

                                 Q6P2J3                        gi:74758244



 Predykcja mit: 39.1, p=4.9e-58
 Hypothetical protein (PDCD11 protein)
 Wielkość: 1434 aa (158 kDa) evidence at transcription level

 Gen: PDCD11 (chr. 10)



                                        Adnotacje bioinformatyczne:
                                        • Molecular function: RNA binding


Dość wyraźnie konserwowane u Eukarya, prawdopodobnie niepełna
sekwencja C-końcowa, choć nie powinno przeszkodzić to w analizie
         Weryfikacja predykcji mitochondrialnej lokalizacji białek
         związanych z metabolizmem RNA




The S1 domain of around 70 amino acids, originally identified in
ribosomal protein S1, is found in a large number of RNA-
associated proteins. It has been shown that S1 proteins bind RNA
through their S1 domains with some degree of sequence
specificity.
The solution structure of one S1 RNA-binding domain from
Escherichia coli polynucleotide phosphorylase has been
determined. It displays some similarity with the cold shock domain
(CSD). Both the S1 and the CSD domain consist of an antiparallel β
barrel of the same topology with 5 β strands. This fold is also shared
by many other proteins of unrelated function and is known as the
OB fold.
Weryfikacja predykcji mitochondrialnej lokalizacji białek
związanych z metabolizmem RNA
                                            Q6P2J3


 Arabidopsis thaliana:
 pre-rRNA processing protein
  Weryfikacja predykcji mitochondrialnej lokalizacji białek
  związanych z metabolizmem RNA




   Q6ZSJ2 oraz A8K979 są dwoma różnymi izoformami,
produktami alternatywnego splicingu tego samego genu
 Weryfikacja predykcji mitochondrialnej lokalizacji białek
 związanych z metabolizmem RNA




Q6ZSJ2


            A8K979
         Weryfikacja predykcji mitochondrialnej lokalizacji białek
         związanych z metabolizmem RNA


                              Q6ZSJ2                     gi:74758810



 Predykcja mit: 79.3, p=1.4e-26
 CDNA FLJ45480 fis, clone BRTHA2001304
 Wielkość: 279 aa (31 kDa) evidence at transcription level
 Gen: EXOD1 (chr. 16)

                                Adnotacje bioinformatyczne:

                                • Cellular component: intracellular
                                • Molecular function: nucleic acid binding

                                • Molecular function: exonuclease activity

Domeny Pfam: Exonuc_X-T
         Weryfikacja predykcji mitochondrialnej lokalizacji białek
         związanych z metabolizmem RNA


                                A8K979


 Predykcja mit: nie określono
 cDNA FLJ77472
 Wielkość: 598 aa (67kDa) evidence at transcript level
 Gen: EXOD1 (chr. 16)
                                Adnotacje bioinformatyczne:
                                •Molecular function: nucleic acid binding
                                •Molecular function: zinc ion binding




Domeny Pfam: Exonuc_X-T, SHR3 chaperone (frag.), zf-GRF
            Weryfikacja predykcji mitochondrialnej lokalizacji białek
            związanych z metabolizmem RNA



Exonuc_X-T - This entry includes a variety of exonuclease proteins, such as ribonuclease T
and the epsilon subunit of DNA polymerase III. Ribonuclease T is responsible for the end-
turnover of tRNA,and removes the terminal AMP residue from uncharged tRNA. DNA
polymerase III is a complex, multichain enzyme responsible for most of the replicative
synthesis in bacteria, and also exhibits 3' to 5' exonuclease activity


SHR3 chaperone - ER membrane protein SH3, This family of proteins are
membrane localised chaperones that are required for correct plasma
membrane localisation of amino acid permeases (AAPs) [1]. SH3 prevents AAPs
proteins from aggregating and assists in their correct folding. In the absence of
SH3, AAPs are retained in the ER (przynależność do rodziny nie jest istotna
statystycznie – słaba homologia lub brak)

 Zf-GRF – GRF zinc finger, This presumed zinc-binding domain is found in a variety of
 DNA-binding proteins. It seems likely that this domain is involved in nucleic acid
 binding. It is named GRF after three conserved residues in the centre of the
 alignment of the domain
         Weryfikacja predykcji mitochondrialnej lokalizacji białek
         związanych z metabolizmem RNA

                 Predykcja lokalizacji – inne narzędzia

Q9UNV9        Predotar: mit 0.52
              Psort II: mit 56.5%

Q9NV06        Predotar: mit 0.05

              Psort II: 21.7%

Q6P2J3        Predotar: mit 0.00
              Psort II: mit 21.7%

Q6ZSJ2        Predotar: mit 0.77
              Psort II: mit 52.2%

A8K979        Predotar: mit 0.00
              Psort II: mit 17.4%
           Weryfikacja predykcji mitochondrialnej lokalizacji białek
           związanych z metabolizmem RNA



                                Grupy

Q9UNV9 Putative RNA helicase                                    HEL
Q9NV06 (Q8NCH8) WD repeat and SOF domain-containing protein 1   WDR
Q6P2J3 (Q5W093) Hypothetical protein (PDCD11 protein)           S1R
Q6ZSJ2 (Q96FR9) CDNA FLJ45480 fis, clone BRTHA2001304           EXD
A8K979 cDNA FLJ77472                                            EZF

				
DOCUMENT INFO
Shared By:
Categories:
Tags:
Stats:
views:4
posted:1/16/2013
language:Polish
pages:19