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							                             VASP 使用手册
                                 （完善中）
基础（前提）知识
Linux 系统文字界面的基础操作
*会进一个特定的目录下，学会建立，删除，移动，复制目录和文件，掌握 vim 文字处理程
序（可以理解成 Windows 下的文本文档（*.txt）     ，但是功能更强，可以在里面编辑脚本程序，
fortran 或者 C 语言程序）建议参见网页 http://linux.vbird.org/ 里面的内容非常详尽还有很多
例子，看时建议抓住重点看
关于 origin（用来画 DOS 图）和 VESTA（用来显示几何结构和电子结构）都非常容易学，
会基本操作就可，遇到问题可以上网查查或与同学交流

在 Linux 系统下计算软件 VASP 的使用
一、建好 5 个输入文件（POSCAR, INCAR, POTCAR, KPOINTS, 一个提交文件）
   1， POSCAR
       手动建立，vi POSCAR…..
       还可以在 MS 的帮助下建立
   2， INCAR
       咱们组有公用标准的 INCAR 文件，进行不同的计算只需改其中的几个参数就可以
       了
   3， POTCAR
       从 cluster 上的某个目录下面拷贝过来，放到要计算的目录里
       如果要算多个元素的体系，使用命令
       Eg: cat POTCAR-Ni POTCAR-Pt > POTCAR
   4, KPOINTS 文件，从别处拷贝一个，修改里面的参数即可
   5，提交文件都可以用现成的，在老节点上（node1~node21）使用 lsf.sub
       新节点上使用 yzx8vasp (记不清了，用绿衬底标出)
二、在服务器上编译 vasp，一般管理员或别的用户以及编译过了，本平台编译好的目录在
   /public/home/zslu/my-soft/vasp.5.2 或/public/baoer/vasp.5.2，编译使用的 mpi 可能不同。
   将上面目录下的可执行文件 vasp 拷贝到用户工作目录下或者在作业提交脚本里通过目
   录找到可执行文件 vasp。
三、提交任务
   使用命令
   qsub lsf.sub 或者 qsub yzx8vasp

    之后会自动产生例如                          的字样，这个 8026 表示的就是你提交的这个
  任务的任务号码
四、查看任务
  qstat –a 或 qstat -n
  一般只需要看 3 列
  第一列：任务序号
  第二列：使用者账户
  最后一列：计算消耗的时间
五、杀某一个任务
  由于任务提错了或别的原因，           不想要算某一个任务了。 杀死 （删除）     这个任务使用命令：
  eg : qdel 8024 意思为删除任务号为 8024 的任务
六、提取有用信息
  任务结束后，任务序列号就会消失，这时进入计算的目录
  可以删除的文件，计算完成后
  有用的文件为（OUTCAR，CONTCAR，CHG，OSZCAR，DOSCAR）
  1．在 OUTCAR 中看费米能级
  grep “Fermi ” OUTCAR 最后一个结果就是
  2．CHG 是用来看电荷密度图的
  将 CHG 下载到电脑上，放到 VESTA 中看电荷密度图
  3．CONTCAR 放到 VESTA 中看几何结构图
  4．从 OSCAR 中可以快速的查找到计算的总自由能
              “F
  最后一行， = ” 后面的值即是
  5．DOSCAR 中存放的是态密度信息
  使用杨宗献老师编的 fortran 小程序处理 DOSCAR，    用命令 trandos.x DOSCAR 之后会
  产生一个 total 文件，将 total 文件下载到电脑中，导入到 origin 画图软件即可看到态密
  度信息。     （前提是会使用 origin 的基本导入和画图功能）
七、最常用的计算
  1．结构优化
  目的是找到最优结构
  对于晶胞，要找出能量最低的晶格常数，具体可以参照金刚石结构 Si 的那个例子
  对于表面，                                 在
              更加简单 :在 POSCAR 中确定优化的原子层数， INCAR 中修改 IBRION =2，
  POTIM=0.2， NSW=200 三个参数即可，    对于参数的意义看苏长荣或侯柱峰的中文说明
  就行了
  2．单点能自洽计算
  目的是得到 CHG 画电荷密度图，以及得到正确的费米能级值，以及体系的总能量。
  将结构优化的结果中使用命令 copy CONTCAR POSCAR 然后修改 INCAR 中令
  NSW=0
  3．态密度计算
  4．震动频率的计算
  5．NEB 求过渡态的计算

关于金刚石结构 Si 的计算例子（包括结构优化，单点自洽计算，态密度，能带结构计算），
网上有很多，大家练一练。对于 VASP 计算的整体过程有一个大概的理解。随着使用次数的
增多，会越来越熟悉。