LES ACIDES NUCLEIQUES - DOC by zI856k

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									                                 QUELQUES LIENS OUTILS
Outil                         Commentaires                  Adresse Internet (cf. cédérom)
Séquences nucléotidiques
                              Packages d’outils en
Sequence Manipulation Suite                                 http://www.bioinformatics.org/sms2/
                              javascript
                              Conversion des formats de
Readseq                                                     http://www.ebi.ac.uk/cgi-bin/readseq.cgi
                              séquences (Fasta, Embl, …)
                              Recherche des ORF ("Open
ORFfinder                                                   http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gorf
                              Reading Frame")
Nebcutter                     Carte de restriction          http://tools.neb.com/NEBcutter2/index.php
                              Traduction dans les 6
Transeq                                                     http://www.ebi.ac.uk/emboss/transeq
                              phases de lecture
                              Détection de fragments de
VecScreen                                                   http://www.ncbi.nlm.nih.gov/VecScreen
                              vecteurs de clonage
                              Prédiction de gènes
GenMark                                                     http://opal.biology.gatech.edu/GeneMark
                              eucaryotes et procaryotes
                              Outils de prédiction de
Outils pour ARN                                             http://bioweb.pasteur.fr/seqanal/rna/
                              structures des ARN
Outils pour la PCR
OligoCalc                     Détermination de Tm par       http://www.basic.northwestern.edu/biotools/oligocalc.html
Tm-pred                       différentes méthodes          http://dna.bio.puc.cl/cardex/servers/dnaMATE
Primer3                                                     http://biotools.umassmed.edu
                              Recherche d’amorces pour
Primerquest                                                 http://biotools.idtdna.com/primerquest
                              PCR
FastPCR (téléchargeable)                                    http://biocenter.helsinki.fi/bi/Programs/fastpcr.htm
Séquences d’acides aminés
                              Détermination paramètres
ProtParam                     physicochimiques (masse       http://www.expasy.org/tools/protparam.html
                              moléculaire, pHi, …)
                              Prédiction des hélices
Psipred                                                     http://www.expasy.org/tools/#secondary
                              alpha, feuillets bêta
SignalP                       Recherche de peptide signal   http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP
                              Prédiction de fragments
TMpred                                                      http://ch.embnet.org/software/TMPRED_form.html
                              transmembranaires
Prosite                       Banques de motifs             http://www.expasy.ch/prosite
SWISS-MODEL                   Modélisation 3D               http://swissmodel.expasy.org
Alignement de séquences
                              Alignement global
Needle                                                      http://www.ebi.ac.uk/emboss/align
                              (algorithme de Needleman)
FASTA(FAST-All)               Alignement local              http://www2.ebi.ac.uk/fasta3
BLAST (Basic Local
                              Alignement local              http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST
Alignment Search Tool)
                              Création de séquences logo
Weblogo                                                     http://weblogo.cbr.nrc.ca
                              d’un alignement multiple
T-Coffee                      Alignement multiple           http://www.ebi.ac.uk/t-coffee/
ClustalW                      Alignement multiple et        http://www.ebi.ac.uk/clustalw
Phylip                        analyse phylogénétique        http://mobyle.pasteur.fr


Site personnel : http://www.biomultimedia.net et suivre lien bioinformatique

Site complément du livre de Coutouly : http://www.biomultimedia/cdrom

								
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