Breve Guida Introduttiva all'uso di Pub Med

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					Breve Guida Introduttiva all’uso di Pub Med




    a cura di Alessandro Rivetti e Maria Grazia Debalini
INDICE


INTRODUZIONE


I Funzioni principali

1.1 Ricerca semplice
1.2 Ricerca per Autore
1.3 Ricerca per nome della rivista
1.4 Ricerca per Data
1.5 Limitatori
1.6 Ricerca per frasi
1.7 Troncamento
1.8 Preview / Index
1.9 MeSH
1.10 Queries specifiche
1.11 History
1.12 Consultare e salvare le citazioni identificate con la ricerca


II Alcuni elementi per sviluppar una strategia di ricerca

2.1 Operatori
2.2 Indicazioni generali
2.3 Cubby
2.4 Clipboard


Appendici

1 La mappatura automatica
2 PubMed Subset and Special Query Strategies
3 Journal subset
4 Funzioni della barra di ricerca
5 Dettaglio dei risultati (in formato summary) dei risultati della strategia di ricerca per la terapia a base di tiroxina (par 2.2,
primo esempio)


LINKS di interesse




                                                                                                                                      1
                                                  Introduzione

PubMed è un database di letteratura biomedica sviluppato e gestito dalla National Library of Medicine (NLM),
appartenente dal 1956 al servizio di Sanità Pubblica USA (NHS), che è possibile consultare gratuitamente.
Contiene attualmente circa 15 milioni di citazioni da più di 4800 riviste provenienti da tutto il mondo, anche se
prevalgono le pubblicazioni americane. La fase di informatizzazione della letteratura biomedica ha inizio nei
primi anni sessanta con il progetto MEDLARS, che prevedeva la digitalizzazione dell’Index Medicus. Questo
progetto ha poi un successivo sviluppo all’inizio del decennio successivo con l’introduzione di un nuovo servizio
telematico sperimentale MEDLINE (da MEDLARS on line) e con la progressiva digitalizzazione di altre indici
quali ad esempio l'Index to Dental Literature o l'International Nursing Index. Verso la fine degli anni ottanta
alla NLM viene istituito il National Center for Biotechnology Information (NCBI) con lo scopo di sviluppare
nuove tecnologie a supporto dei ricercatori in campo biomedico e genetico. Uno dei principali prodotti del NCBI
è stato il cosiddetto Entrez Molecular Sequence Database System (Entrez) che integra le informazioni sulle
sequenze di DNA e proteiche, le strutture tridimensionali delle proteine, i dati del mappaggio cromosomico e le
citazioni bibliografiche. Questo sistema permette di accedere anche al database PubMed. Dopo una fase iniziale,
in cui la consultazione era possibile solo su CD-ROM o a pagamento presso alcuni centri di ricerca, a partire dal
1997 è possibile accedere al data base gratuitamente. A PubMed si accede attraverso il seguente collegamento :

                           http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed

A ogni pubblicazione introdotta nel database corrisponde un “record” che la identifica, a sua volta costituito da
un insieme di campi (tags), ovvero descrittori che contengono una informazione specifica della pubblicazione
considerata (titolo, autori, riferimenti bibliografici, abstract), o appropriati termini descrittivi (parole chiave,
termini MeSH). La creazione di un nuovo record relativo ad una pubblicazione all’interno del data base
(indicizzazione) è svolta da un apposito comitato scientifico, a cui è affidata la delicata operazione di
classificarne i contenuti fondamentali, attribuendovi un opportuno descrittore. Questo sistema di classificazione
è alla base della possibilità di identificare una certa pubblicazione ricercando un termine chiave in un
determinato campo. In PubMed si trovano records corrispondenti alle seguenti categorie di indicizzazione
(citation subset) :

- PubMed - as supplied by publisher (publisher[sb]) : Si tratta di pubblicazioni che sono presenti da poco tempo
in PubMed. Questo citation subset comprende anche le pubblicazioni che sono state sottoposte al processo di
inclusione in PubMed prima del 2003 nel caso in cui la rivista sulla quale furono pubblicati non fosse tuttora
indicizzata in MEDLINE oppure se questa fosse stata inclusa successivamente alla pubblicazione di quel dato
articolo. I riferimenti bibliografici di questi records non sono accuratamente revisionati.

- PubMed - in process (in process[sb]) : Si tratta di pubblicazioni che devono essere sottoposte ad un accurate
processo di revisione bibliografica ed indicizzazione, con relativa attribuzione dei termini MeSH più appropriati,
prima di essere introdotti nella sezione MEDLINE.

- PubMed - indexed for MEDLINE (medline[sb]) : Questo gruppo comprende le pubblicazioni completamente
indicizzate come MeSH, tipo di pubblicazione, Nomenclatura dei composti o farmaci impiegati ed i cui
riferimenti bibliografici siano stati accuratamente esaminati.

- PubMed (pubmednotmedline[sb]) : A questo gruppo appartengono quelle pubblicazioni i cui riferimenti
bibliografici sono stati accuratamente esaminati, ma che non che non sono state tuttavia indicizzate perché
pubblicate su riviste non indicizzate in MEDLINE o perché trattino di argomenti non previsti dalle topics della
rivista o ancora perché non adatti alla indicizzazione in MEDLINE anche se eventualmente presenti in PubMed
central.

- PubMed - OLDMEDLINE for Pre1966 (oldmedline[sb]) : Corrisponde a materiale pubblicato prima del 1966.
La metodologia di indicizzazione è differente rispetto agli altri subset.

                                                                                                                  2
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                                          FUNZIONI PRINCIPALI

Vengono qui di seguito forniti alcuni semplici esempi allo scopo di illustrare le funzioni base di PubMed
utilizzate per effettuare una ricerca. Una ricerca completa è in genere il risultato di una opportuna applicazione di
queste e della combinazione di più interrogazioni singole (queries) attraverso gli opportuni operatori logici
(AND, OR, NOT). L’operazione preliminare consiste nel scegliere i termini più opportuni per interrogare il
database. Si può fare attraverso il dizionario MeSH oppure associando uno o più termini in lingua inglese.

1.1 Ricerca semplice

Supponiamo ad esempio che si intenda ricercare citazioni bibliografiche riguardo all’uso dei broncodilatatori per
trattare l’asma nei bambini. I concetti chiave saranno quindi broncodilatatori, asma e bambini.
Occorre inserire I termini chiave (in inglese) nella “search box”, ognuno separato da una spaziatura, ed avviare
la ricerca attraverso il tasto “go”(Fig. 1.1.1).




                                                      Fig 1.1.1




                                                                         Verranno così mostrati i risultati della
                                                                         ricerca come in fig. 1.1.2. Agendo con il
                                                                         tasto del mouse sui nomi degli autori è
                                                                         poi possibile visualizzare l’intero abstract,
                                                                         se presente. Accanto ai dettagli
                                                                         bibliografici di ogni citazione è presente
                                                                         un’icona che ci dice se l’abstract è

                                                                         presente in PubMed         oppure se non lo

                                                                         è         o se invece si tratta di una
                                                                         pubblicazione che è possibile consultare

                                                                         gratuitamente         ed eventualmente
                                                                         scaricare e stampare.



Fig1.1.2




                                                                                                                    3
Nei casi in cui si scelga di utilizzare la ricerca libera, senza altri tipi di restrizioni, è particolarmente consigliabile
verificare come il processo di mappatura automatica (Appendice 1) traduca effettivamente la nostra “query”, per
poi ulteriormente modificarla qualora vi comparissero dei termini o dei campi non appropriati. Questa
operazione è possibile attraverso il tasto “Details” della barra degli strumenti (fig. 1.1.3).




                                                         Fig1.1.3

Nel campo “User query” ritroviamo i termini così come erano stati introdotti.
Nel campo “Translations” si trova invece la traduzione effettuata dal processo di mappatura automatica dei
singoli termini. Il termine “asthma”, a differenza degli altri due, è presente come voce del dizionario MeSH e
come tale viene ricercato. Contemporaneamente il sistema effettua la ricerca dello stesso termine come parola di
testo in tutti i campi, combinando poi i due termini con l’operatore OR. Per gli altri due termini,
“broncodilatators” e “children”, che non sono presenti, il sistema trova gli equivalenti MeSH , i quali sono poi
ricercati come titolo ed abstract nei soli record di PubMed.
I termini introdotti sono poi ricercati ancora come parola di testo in tutto il database.
Le combinazioni relative a ciascuno dei termini originariamente introdotti sono infine combinate per mezzo
dell’operatore AND .

1.2 Ricerca per Autore

Per ricercare le pubblicazioni di un dato autore, occorre introdurre il cognome seguito dalla/e iniziale/i del/i
nome/i.

Ad Esempio : schmidt h ; muller p

Occorre tuttavia tener presente che in tal caso vengono eliminate automaticamente iniziali e designazioni come
ad es. Jr. Introducendo infatti smith j, il sistema eliminerebbe la lettera j ricercando tutti gli autori con cognome



                                                                                                                         4
Smith. In tal caso è necessario ricercare per adiacenza (vedi), scrivendo “smith j” oppure si delimita il campo di
ricerca al solo autore smith j [au].
L’utilizzo della delimitazione di campo è necessaria nel caso in cui al nome dell’autore corrisponda anche un
termine delle tabelle di mappatura automatica. Ad esempio moran a viene ricercato oltreche nel campo
dell’autore, anche in quello dei nomi di sostanze.
E’ possibile ricercare il nome completo, anche usando il tag [FAU] soltanto a partire dal 2002 e comunque se è
presente in un punto del testo.


1. 3 Ricerca per nome della rivista

E’ possibile ricercare i lavori pubblicati su di una rivista , inserendo nella barra di ricerca in alternativa:
- il nome esteso della rivista (ad es. molecular biology of the cell, vaccine , new england medical journal)
- il titolo in forma abbreviata (Mol Biol Cell, Vaccine, N Engl J Med)
- Il codice identificativo ISSN (1059-1524 ; 0264-410X ; 0028-4793).
E’ poi possibile consultare direttamente il database delle riviste, al quale si accede attraverso l’apposito link
presente nel campo blu verticale presente nella parte sinistra della pagina iniziale.



Si digita il nome della rivista
ricercata nell’apposito spazio
e azionando il tasto “go”
viene fornito l’elenco delle
riviste         corrispondenti
(fig.1.3.1)

Se non si inserisce il nome
esatto della rivista, sia esso
per esteso o abbreviato, viene
fornito un elenco di titoli più
prossimi a quello introdotto                                                                          Fig. 1.3.1
ed una serie di suggerimenti
alternativi (fig.1.3.2).




In alternativa può essere usato il campo dedicato
ai titoli delle riviste presente nel menù di Single
Citation Matcher (il cui link è presente nel campo
blu nella parte destra della pagina). Occorre poi                                                Fig. 1.3.2
anche fare attenzione al fatto che il nome della
rivista possa coincidere con un termine del
dizionario MeSH. In tal caso occorre restringere la
ricerca al solo titolo [ta].




                                                                                                                   5
1.4 Ricerca per Data

E’ possibile selezionare le pubblicazioni in base ad una data secondo tre criteri ed adottando gli opportuni
limitatori di campo :
    - data di pubblicazione [dp]
    - Entrez Date [Edat]. Si riferisce alla date dalla quale il lavoro è presente in PubMed
    - MeSH Date [mhda]. E’ la data nella quale il lavoro è stato indicizzato .
Se si desidera introdurre anche giorno e mese si deve utilizzare il formato anno/mese/giorno, seguito dal campo
appropriato. Giorno e mese possono anche essere omessi.

                      1997/10/06 [edat] ; 1998/03/15 [dp] ; 1997 [Edat] ; 1997/03 [dp]

E’ poi anche possibile ricercare un intervallo anziché una data specifica. Per fare questo è sufficiente introdurre i
termini dell’intervallo di tempo desiderato interponendo i due punti.

Es : 1993:1995 [dp] ; 1997/01:1997/06 [edat]

Qualora si intenda ricercare le pubblicazioni di un intero anno, è consigliabile utilizzare 2000:2000[dp], al fine di
individuare lavori nei quali data di pubblicazione su rivista ed elettronica non coincidano.

1.5 Limitatori

Si può limitare la ricerca delle voci desiderare secondo determinati parametri (età, popolazione, tipo di studio
etc.). Ciò è possibile accedendo al menù “limits”(fig 1.5.1), ove sono presenti i campi .

- Ages : Questo tipo di limite agisce selezionando studi che hanno come soggetto individui appartenenti ad una
delle seguenti classi di età (corrispondenti a quelle di indicizzazione) :

    •   All Infant: birth-23 months
    •   All Child: 0-18 years
    •   All Adult:19+ years
    •   Newborn: birth-1 month
    •   Infant: 1-23 months
    •   Preschool Child: 2-5 years
    •   Child: 6-12 years
    •   Adolescent: 13-18 years
    •   Adult: 19-44 years
    •   Middle Aged: 45-64 years
    •   Middle Aged + Aged: 45+
        years
    •   Aged: 65+ years                                                                Fig1.5.1
    •   80 and over: 80+ years

E’ da ricordare che questo tipo di limite agirà soltanto sulle citazioni di MEDLINE, mentre non verranno incluse
quelle per cui il processo di indicizzazione non è completo (“in process” ,“supplied by publisher”).

- Gender : Permette di limitare I risultati della ricerca agli individui del genere sessuale prescelto (M/F). Come
nel caso precedente saranno incluse soltanto le citazioni indicizzate di MEDLINE

- Humans or Animals : Permette di selezionare gli studi condotti su popolazioni umane o animali. Anche in
questo caso vengono inclusi solo le citazioni indicizzate.

                                                                                                                     6
- Languages : E possibile selezionare le pubblicazioni in base ad una delle seguenti lingue : English , French ,
German Italian Japanese Russian Spanish:

- Publication Types : Questo limite seleziona il tipo di pubblicazione attribuito al lavoro in fase di indicizzazione
secondo le seguenti categorie
    • Clinical Trial
    • Editorial
    • Letter
    • Meta-Analysis
    • Practice Guideline
    • Randomized Controlled Trial
    • Review
Agisce solo in MEDLINE.

- Entrez Date : E’ la data alla quale una citazione è introdotta in PubMed. E’ possibile scegliere un intervallo di
tempo precedente oppure introdurre un determinato intervallo di tempo utilizzando l’apposita finestra nel
formato anno/mese/giorno. Per selezionare la data di pubblicazione (Publication Date) esiste soltanto questa
seconda possibilità.




                                                      Fig. 1.5.2

- Citations with Abstracts: Seleziona solo le citazioni il cui abtract sia presente in PubMed. In alternativa, si può
combinare il risultato con AND “hasabstract”. L’assenza di abstract è piuttosto comune per i lavori pubblicati
prima del 1975.

- Subject Subsets : Viene limitata la ricerca ad alcuni importanti “topics”di carattere medico-sanitario.

    •   AIDS
    •   Bioethics
    •   Cancer
    •   Complementary Medicine
    •   History of Medicine
    •   Space Life Sciences
    •   Toxicology

Per ognuno viene associata automaticamente una parola chiave (vedi appendice 2).

- Journal/Citation Subsets : la ricerca viene limitata a riviste specializzate o a determinate sezioni all’interno di
altri giornali. E’ possibile che alcuni non siano attivi. In alternative è possibile utilizzare il termine “jsubset”
seguito dal codice del subset desiderato (Appendice 3).

- PubMed Central Subset : Seleziona i lavori che sono disponibili come fulltext in PubMed Central. In
alternativa si può anche utilizzare la query “pubmed pmc local[sb]”. Omettendo local si selezionano invece tutti i
lavori consultabili gratuitamente.

                                                                                                                   7
- Citation Status Subsets : Si riferisce ai differenti stadi di processo di un lavoro in PubMed. Compare tra
parentesi quadre nel sommario dei risultati. Oltre a quelli accessibili direttamente dalla finestra subset del menù
dei limiti, è possibile utilizzarne altri anteponendo al “tag” [sb] uno dei seguenti termini : pulisher, in process,
medline, pubmednotmedline, oldmedline.

1.6 Ricerca per Frasi

In PubMed, pur non essendo possibile utilizzare operatori di adiacenza come in altri database, si può ricorrere
all’uso della ricerca per frase nel caso in cui si vogliano ricercare parole adiacenti. Questo tipo di ricerca si
effettua ponendo tra virgolette i termini che intendiamo ricercare ad es. "health planning" ed eventualmente
delimitando il campo di ricerca (in alternative si può usare anche il trattino – tra i termini ricercati). Occorre
tuttavia tener presente che inserendo questo operatore il processo di mappatura automatica verrà escluso (a meno
che la frase introdotta non porti ad alcun risultato, nel qual caso la ricerca viene ripetuta automaticamente
utilizzando tale meccanismo).

1.7 Troncamento

Effettuando la ricerca di un termine nel quale le lettere finali siano sostituite dal simbolo “ * ”, il sistema, pur
escludendo la mappatura automatica, ricerca tutti i termini aventi quella comune radice e precisamente include
nei risultati le 600 variazioni più comuni. Nel caso in cui ve ne siano di più il sistema le escluderà (fig. 1.7.1).




                                                     Fig 1.7.1




                                                                                                                  8
1.8 Preview / Index


E’ possibile utilizzare il menu preview / index
qualora si desideri limitare la ricerca ad un
determinato tag e / di consultare un elenco
alfabetico di termini per trovare il più adeguato.




                                                                                                       Fig 1.8.1




Si può introdurre la voce che si desidera cercare
nel campo a destra e quindi selezionare il tag
appropriato per mezzo della finestra accanto.




                                                                                                       Fig. 1.8.2



Attraverso il tasto “Index”, è possibile visualizzare un
elenco di termini contenuti nel campo selezionato, che
contiene, oltre al termine introdotto , altre varianti
presenti nei records di PubMed (in parentesi il numero
di citazioni) che possono essere selezionate
singolarmente e combinate nella barra di ricerca con
l’operatore opportuno.




                                                                                                      Fig. 1.8.3




1.9 MeSH

Si tratta di un dizionario di termini descrittivi (Medical Subject Headings) utilizzato dai membri della NLM per
indicizzare e classificare le pubblicazioni che vengono incluse in MEDLINE. Lo scopo è :
- rendere possibile l’uso di una terminologia molto uniforme, laddove sia frequente far riferimento agli stessi
concetti utilizzando termini differenti
- descrivere in modo completo le caratteristiche di una pubblicazione (argomento principale , disegno di studio,
popolazione, etc.) utilizzando un termine dato per ciascun aspetto contemplato nel lavoro.

                                                                                                               9
Per indicizzare una pubblicazione sono in
genere necessari dai 5 ai 15 descrittori
MeSH. Di questi un numero limitato (fino
a 3 o 4)          considera gli argomenti
fondamentali del lavoro (Major MeSH),
mentre altri riguardano aspetti secondari o
caratteristiche generali (popolazione,
luogo,classe di età, lingua etc.) E’               Fig 1.9.1
possibile consultarlo attraverso l’apposito
link presente nella pagina iniziale. Il
termine che si intende ricercare va digitato
nella apposita barra di ricerca (fig 1.9.1).
Nel caso in cui il termine introdotto sia
presente come tale, verrà visualizzato
assieme ad una breve definizione,
eventualmente in un elenco di altri termini
simili. Questi risultati sono ordinati per
rilevanza ed il termine corrispondente
viene in genere visualizzato per primo.
Nel caso in cui nel dizionario non vi sia
un termine che corrisponda a quello
introdotto, ma questo sia comunque
riconosciuto come sinonimo (entry term)
di altri presenti, il sistema produrrà un
elenco di voci affini, di cui è riportata
anche la definizione, per permettere di
scegliere quella che meglio si adatta alle
                                                  Fig 1.9.2
necessità di chi cerca.
Se a esempio cercassimo pubblicazioni
riguardanti specificamente le emorragie
nasali, si potrebbe cominciare a cercare
“nosebleed”. Tra i risultati (fig 1.9.2)
compariranno       diversi    termini    del
dizionario tra cui “Epistaxis” (def.
Bleeding from the nose), che corrisponde
a ciò che si intendeva ricercare.




Le voci del MeSH sono ordinate in una
struttura gerarchica secondo la quale un
termine generico ne comprende altri via
via più specifici, partendo da grandi
categorie iniziali (struttura ad albero in
fig. 1.9.3, visualizzata nella parte inferiore
della pagina relativa a ciascun termine).
Come nel caso di “Epistaxis” è possibile
che si arrivi ad uno stesso termine
                                                 Fig 1.9.3
partendo da voci generiche diverse.



                                                             10
Utilizzando il link “Epistaxis” è poi possibile visualizzare il dettagli del singolo termine MeSH (fig. 1.9.3) che
contiene i relativi “subheadings” ossia delle sottovoci che identificano un determinato aspetto del termine e
rendono il risultato ulteriormente più specifico. Selezionando l’opzione “Restrict to Major Topic heaings only
verranno inclusi nei risultati della ricerca soltanto quelle citazioni in cui un determinato MeSH rappresenti
l’argomento principale della pubblicazione, selezionando invece “Do not esplode this term” si escludono dalla
ricerca tutte le citazioni classificate con un MeSH più specifico di quello in esame.




                                                    Fig. 1.9.3

A questo punto è possibile associare al MeSH il subheading desiderato, scegliendo una o più voci tra quelle
presenti. Per fare questo occorre evidenziarle singolarmente e, tramite la finestra “send to” selezionare “search
box with…” per combinarle con l’operatore opportuno (in genere l’ OR) e trasferirle nella search box (Fig.
1.9.4).




                                                    Fig 1.9.4


                                                                                                               11
In questo modo verrà visualizzato un campo nel quale saranno presenti le combinazioni Heading/subheading
introdotte. A questo punto è possibile, se necessario, consultare nuovamente il dizionario MeSH e ricercare
nuovi termini del dizionario per poi combinarli con quelli già trovati, presenti nella search box (Fig. 1.9.5).
Premendo il tasto “search PubMed” viene visualizzato il risultato della ricerca corrispondente alle queries
introdotte come in fig. 1.1.2.




                                                      Fig 1.9.5




1.10 Queries specifiche

Attraverso i menù “clinical query” e “special query” è possibile utilizzare filtri specifici per selezionare
determinate categorie di pubblicazioni (categorie di studi clinici, meta-analisi/revisioni sistematiche, ricerca
genetica). Coincidono con alcuni limiti subset. Il menù “clinical“ permette di utilizzare filtri per selezionare :

    -   Pubblicazioni nell’ambito di specifiche categorie di studi clinici.
    -   Revisioni Sistematiche, meta-analisi, letteratura EBM, linee guida.
    -   Topics di genetica medica (diagnosi, diagnosi diferenziale, descrizione clinica, consultorio genetico,
        genetica molecolare, screening genetico).

Attraverso il menù “special query” si possono invece introdurre filtri particolari atti ad identificare pubblicazioni
entro ambiti specifici, come ad esempio quelle di carattere economico (studi economici e di costo / efficacia),
quelle relative alla medicina alternativa o di ambito tossicologico. Vi si trova anche il link al sito del National
Cancer Institut ove è possibile applicare direttamente in PubMed strategie di ricerca per l’identificazione di studi
clinici in relazione ad una particolare localizzazione anatomica.




                                                                                                                  12
1.11 History

I risultati delle singole queries, vengono visualizzati sul menù “history” in base all’ordine nel quale sono state
eseguite. E’ poi possibile combinarle per mezzo di un operatore opportuno, introducendole nella barra di ricerca
servendosi del numero d’ordine preceduto da “# ”(fig. 1.11.1).




                                                          Fig 1.11.1




1.12 Consultare e salvare le citazioni identificate con la ricerca

L’insieme delle citazioni risultanti dalla applicazione di una opportuna strategia, viene visualizzato nel formato
“Summary”, che comprende titolo, autori e riferimenti bibliografici (vedi fig. 1.1.2 e Appendice 4). Per consultare
l’abstract di una pubblicazione basterà agire con il tasto del mouse sui nomi degli autori; se si desidera invece visualizzare
tutti gli abstracts delle citazioni visualizzate su quella pagina, occorrerà invece selezionare questa modalità dal menù
Display.
E’ possibile salvare i risultati in formato di testo e nella configurazione voluta (abstract, brief, MEDLINE) attraverso due
funzioni della finestra “Send to” : Text o File. Text consente di salvare soltanto le citazioni presenti nella pagina
visualizzata sullo schermo in quel momento (numero variabile da 5 a 500 attraverso la funzione “Show”) oppure quelle
selezionate su pagine diverse ma in numero non superiore a quelle visualizzate per pagina.
Con la funzione “File” sono salvate invece tutte le citazioni che la ricerca ha fornito. Il Display “MEDLINE” configura le
citazioni in un particolare formato di testo, compatibile per il trasferimento in appositi data software bibliografici (ProCite,
Reference Manager ed altri).




                                                                                                                            13
                                      II
           ALCUNI ELEMENTI PER SVILUPPARE UNA STRATEGIA DI RICERCA

2.1 Operatori

Come ricordato più volte nel corso della parte precedente, per sviluppare una strategia di ricerca è in genere
necessario combinare per mezzo di un operatore opportuno i risultati delle singole queries. Questa operazione
viene effettuata utilizzando i cosiddetti operatori Booleani. In PubMed sono attivi AND, OR e NOT.

                                                                    Fig 2.1.1
- Se immaginassimo di avere effettuato una ricerca utilizzando i
termini hip e fracture e di combinare i risultati delle singole
queries per mezzo dell’operatore AND (congiunzione)
otterremmo come risultato l’insieme di tutti quei records che
contengono contemporaneamente i due termini .


                                                                    Fig 2.1.2

- Se immaginassimo invece di utilizzare l’operatore OR nel
compiere una operazione analoga alla precedente, otterremmo
come risultato un insieme di records che conterrà l’uno o l’altro
termine od entrambi contemporaneamente.



                                                                    Fig 2.1.3
- L’operatore NOT invece, esclude da un insieme di citazioni
contenenti un determinato termine, quelle che ne contengano
contemporaneamente un altro. Nell’esempio rappresentato a
fianco si tratta di quelle contenenti “pig” e che
contemporaneamente non contengano “guinea”.


                                                                    Fig 2.1. 4

- E’ possibile combinare più operatori nell’ambito di una stessa
frase tenendo tuttavia presente che l’AND è assimilabile al
prodotto logico e come tale è prioritario rispetto all’OR , che è
invece assimilabile alla somma. Come schematizzato in figura
2.1.4. introdurre failure AND (renal OR kidney) equivale a
ricercare (failure and renal) OR (failure AND kidney). Il risultato
della query sarebbe stato tuttavia molto diverso se avessimo
introdotto la query senza delimitare i campi con le parentesi : Fig 2.1. 5
introducendo failure AND renal OR kidney               il risultato
conterrebbe anche una parte di records contenenti il solo termine
kidney che nella query precedente erano stati esclusi : (failure
AND renal) OR kidney.




                                                                                                           14
2.2 Indicazioni generali

Anche se non esistono delle regole fisse per formulare una strategia, si possono evidenziare alcuni punti fondamentali,
attorno ai quali essa può essere sviluppata. Si tratta innanzitutto di identificare gli elementi che si intende porre in relazione
e che andranno a costituire il quesito utilizzato per interrogare la banca dati :

1 la patologia o la condizione ;
2 Il tipo di intervento (farmaco, trattamento, intervento..) ;
3 L’evento (outcome, effetto, ..) ;
4 Il tipo di studio o pubblicazione (il più appropriato per dimostrare evidenza che si cerca).

Per prima cosa si scelgono opportunamente i vocaboli che si intende
introdurre. Questa operazione può essere compiuta a partire dai termini con i
quali sono noti in letteratura. Si ricercano le voci più appropriate del MeSH e,
nel caso in cui sia necessario eseguire una ricerca più ampia, si ricorre ad una
ricerca per testo libero, introducendo anche sinonimi e voci analoghe nella
barra di ricerca e limitando eventualmente il campo di ricerca ai “tags”
appropriati. Le due ricerche (MeSH e testo) vanno associate con l’OR.
Se necessario, questa operazione è poi ripetuta con l’evento che si ricerca e/o
con il tipo di intervento con le modalità già descritte. Le queries o il gruppo di
queries corrispondenti ai singoli punti cardine vengono poi combinate con
l’AND. A questo punto occorre selezionare l’insieme dei records ottenuti
definendo il tipo di studio clinico ed applicando se necessario anche altri
limiti o filtri allo scopo di individuare ad es. un determinata casse di età, un
disegno una pubblicazione. Anche le query necessarie per queste limitazioni
sono associate alle precedenti con l’operatore AND.

Supponiamo ad esempio di voler cercare delle prove di evidenza riguardo alla
efficacia della tiroxina nel ridurre le dimensioni del nodulo tiroideo. Si può
cominciare a ricercare i due termini, quello relativo alla patologia e
successivamente quello relativo alla terapia, nel MeSH. La voce MeSH
corrispondente a questo termine è “Thyroid Nodule” per il quale è riportata la
seguente definizione : A small circumscribed mass of differentiated tissue     Fig. 2.2.1
associated with the thyroid gland. It can be pathogenic or non-pathogenic.
The growth of nodules can lead to a condition of GOITER, NODULAR. Most nodules appear between the ages Of 30 And
50 Years And Most Are benign. Year introduced: 1992.




Questa voce è presente in diversi
punti della ramificazione, a seconda
delle categorie generali da cui si
parte (fig. 2.2.1) e viene inoltre                                                               Fig 2.2.2
presentato         un        termine
corrispondente ad una patologia
affine Goither, nodular che può
essere aggiunta alla ricerca nella
search box con l’OR. Il passo successivo consiste nelle ricerca del termine relativo alla tiroxina nel dizionario MeSH. Si
combinano i risultati con AND e si applica il filtro relativo alle revisioni sistematiche (fig. 2.2.2). Il dettagli dei risultati di
questa strategia sono mostrati nella Appendice 5.


Possiamo ricorrere ad un esempio analogo nel caso in cui si voglia sapere se esistano delle evidenze che considerino
l’efficacia della terapia sostitutiva ormonale dopo la menopausa nel prevenire la osteoporosi, ma che considerino come end
point finale il rischio di fratture. Un metodo potrebbe essere quello di ricercare le voci del dizionario MeSH corrispondenti
ai due eventi correlati : la terapia sostitutiva e le fratture.

                                                                                                                                15
Per quanto riguarda la terapia sostitutiva, il
termina MeSH corrispondente è Hormone
Replacement Therapy. Esplodendo il termine
viene anche incluso Estrogen Replacement
Therapy (fig. 2.2.3).

Per quanto riguarda le fratture, è sufficiente Fracture
[MeSH]

Le due queries sono combinate con l’AND e viene
applicato il limitatore per le meta – analisi.                     Fig 2.2.3


La strategia è qui riportata in una unica frase e porta 8 pubblicazioni di cui soltanto tre sono pertinenti (ad es. alcuni lavori
non sono delle meta-analisi, oppure considerano soltanto un end - point finale differente, come la misura della densità ossea
presso alcune sedi).




Supponiamo invece di dover reperire più materiale possibile riguardo alle evidenze esistenti riguardo alla efficacia del
vaccino antinfluenzale nella fascia di età corrispondente ai bambini, allo scopo di redigere una revisione. Essendo in questo
caso la caratteristica di sensibilità un aspetto prevalente, occorrerà allargare il campo della ricerca aggiungendo alla strategia
derivata dei MeSH, anche quella proveniente dalla ricerca libera (query #11), dove ai termini relativi all’influenza
(influenza e flu) sono stati associati altri termini, con troncamento, che in un testo si trovano facilmente associati alla
vaccinazione.
Il filtro relativo al disegno di
studio (in questo caso il trials
clinico) deve contenere una
serie di termini specifici, che
non si limitino soltanto al
tipo di pubblicazione, come
avveniva        negli      esempi
precedenti.       Analogamente
per identificare la classe di
età della popolazione di
studio vengono utilizzate
voci senza limitazione di
campo        allo    scopo      di
aumentare la sensibilità e per
includere       anche       quelle
citazione che al momento
non sono ancora state
indicizzate e che verrebbero
escluse nel caso in cui si
utilizzasse il limite per età. Il
numero di citazioni finali è
notevole ed è necessario
esaminare           attentamente
dapprima titoli ed abstract
per      verificare     se    una
citazione         effettivamente
rilevante per i nostri scopi e
successivamente esaminare la
pubblicazione completa.


                                                                                                                              16
2.3 Cubby

Ha la funzione principale di permettere di salvare le strategia di ricerca
eseguite. E’ necessario prima registrarsi (gratuitamente) attraverso il menu
“My Cubby”, scegliendo un ID ed una password appropriati.
Per compiere questa operazione è necessario utilizzare il link “Save
Search” presente a destra del tasto clear, che compare quando vengono                                    Fig 2.3.1
visualizzati i risultati della ricerca (fig2.3.1). In questo modo, prima che la ricerca effettuata venga memorizzata ,
è possibile attribuirle un nome e scegliere se
ricevere gli aggiornamenti via mail ad intervalli di
tempo determinato.

Accedendo alla Cubby, vengono visualizzate le
ricerche salvate in precedenza con la data alla
quale furono eseguite per l’ultima volta (esiste
anche l’opzione aggiornamento, che aggiorna la
data alla quale la ricerca è stata eseguita per
l’ultima volta).                                                                                   Fig 2.3.2


Attraverso il menù “Filters” è possibile mantenere attivati uno o più filtri a scelta (Review, Clinical Trials, e
altri) che verranno visualizzati sulla action bar dopo che si sono visualizzati i risultati della ricerca. Questa
operazione può essere eseguita anche da quest’ultima pagina, inserendo, cambiando o eliminando i suddetti (fig
2.3.4).




                      Fig 2.3.4



2.4 Clipboard
Permette di salvare temporaneamente i record trovati nel corso di ricerche successive. Per svolgere questa
operazione, i records desiderati devono essere prima evidenziati utilizzando il piccolo riquadro presente a
                                  sinistra di ogni citazione. Una volta che tutte le citazioni di interesse sono state
                                  evidenziate, si sceglie l’opzione “Clipboard” dalla finestra “Send to” presente a
                                  destra     della    barra    degli
                                  strumenti.
In questo modo esse verranno ricopiate nella sezione clipboard,
che può contenere fino ad un massimo di 500 citazioni e
rimanere attiva per alcune ore ed evidenziate in verde. E’
possibile aggiungere altre citazioni trovate attraverso ricerche
successive e l’intero contenuto della sezione sarà evidenziato
all’inizio della history con il riferimento #0.




                                                                                                                   17
                                                   Appendice 1
                                             La mappatura automatica

Quando si effettua una ricerca senza delimitare in nessun modo il campo dei termini introdotti, questi vengono
confrontati nell’ordine con la tabella dei termini MeSH, con quella delle riviste, con quella degli autori e con l’
Author Index. La prima fase del processo comprende un confronto con :

    - Tabella MeSH.
    - Entry terms (sinonimi dei MeSH)
    - Subheadings
    - Tipo di pubblicazione
    - Elenco modelli di azione farmacologica
    - Termini derivati dall’ UMLS aventi sinonimi o varianti lessicali in lingua inglese.
    - Supplementary concept (substance) names e loro sinonimi.
Se vi è corrispondenza tra il termine introdotto ed una di queste categorie, questo viene ricercato anche nel
campo Ti/Ab delle citazioni non MEDLINE e poi come parola di testo in tutti i campi.
Ad esempio “vitamin h”, viene identificata con il corrispondente MeSH “biotin” e ricercata come biotin [Ti/Ab]
nel solo PubMed. E’ ricercata invece come parola di testo “vitamin h” in tutto PubMed :

("biotin"[TIAB] NOT Medline[SB]) OR "biotin"[MeSH Terms] OR vitamin h[Text Word]

Se si introduce invece un termine MeSH, che sia contemporaneamente un’azione farmacologica, la ricerca viene
effettuata anche in questo campo. Ad esempio il termine diuretic viene tradotto come :

("diuretics"[TIAB] NOT Medline[SB]) OR "diuretics"[MeSH Terms] OR "diuretics"[Pharmacological Action]
OR diuretic[Text Word]

Se il sistema ha trovato una corrispondenza per i termini introdotti, la ricerca non prosegue e vengono
visualizzate le pubblicazioni derivate dalla traduzione.

- Nel caso in cui il confronto con le tabelle MeSH non abbia prodotto alcun risultato, la stessa operazione viene
effettuata con la “Journals translation table”, che contiene :

    •    full journal title
    •    title abbreviation
    •    ISSN number.

Viene automaticamente tradotto, se vi è corrispondenza, nella forma abbreviate del titolo della rivista. Ad
esempio . new england journal of medicine = "N Engl J Med"[Journal].

- Se non dovesse esservi risultato da un confronto con la tabella delle riviste, il confronto prosegue con l’elenco
dei nomi degli autori, ed infine se anche questa ricerca dovesse risultare nulla, la frase introdotta viene
spezzettata e il processo di mappatura automatico ripetuto con i singoli termini.

Esistono tuttavia alcune parole di uso molto comune, come congiunzioni, articoli, preposizioni, che il sistema
scarta a priori (stop words, tab AI.1) :

a, about, again, all, almost, also, although, always, among, an, and, another, any, are, as, at, be, because, been,
before, being, between, both, but, by, can, could, did, do, does, done, due, during, each, either, enough,
especially, etc, for, found, from, further, had, has, have, having, here, how, however, i, if, in, into, is, it, its, itself,
just, kg, km, made, mainly, make, may, mg, might, ml, mm, most, mostly, must, nearly, neither, no, nor, obtained,

                                                                                                                         18
of, often, on, our, overall, perhaps, quite, rather, really, regarding, seem, seen, several, should, show, showed,
shown, shows, significantly, since, so, some, such, than, that, the, their, theirs, them, then, there, therefore, these,
they, this, those, through, thus, to, upon, use, used, using, various, very, was, we, were, what, when, which,
while, with, within, without, would.

                                              Appendice 2
                                PubMed Subset and Special Query Strategies


I seguenti subset e le seguenti queries, presenti nei rispettivi menù, permettono di identificare diverse tipologie di
pubblicazioni:

- AIDS : utilizzato per ricercare pubblicazioni nell’ambito dell’ HIV / AIDS per mezzo del filtro messo a punto
per     creare   il   database     AIDSLINE.        Può    essere    utilizzato  come    limite    aids    [sb].
http://www.nlm.nih.gov/bsd/pubmed_subsets/aids_strategy.html

- Bioethics : Questo subset facilita la ricerca di bibliografia nell’ambito della bioetica. Si attiva con associando
alla ricerca “bioethics [sb]”. La strategia completa è visibile all’indirizzo :
http://www.nlm.nih.gov/bsd/pubmed_subsets/bioethics_strategy.html

- Cancer : Questa strategia utilizza termini corrispondenti alle patologie tumorali presenti nel MeSH, oltre a
parole di testo correlate e riviste specifiche. E’ stata messa a punto in collaborazione con il National Cancer
Institut per rendere più specific la ricerca in questo ambito. Può essere utilizzata come subset (cancer [sb ] ;
http://www.nlm.nih.gov/bsd/pubmed_subsets/cancer_strategy.html) , ma si può anche utilizzare una query
speciale attraverso il sito del NCI.

- Complementary Medicine : E’ un filtro adatto a selezionare la letteratura nell’ambito delle medicine
alternative. A questo scopo si usa il subset cam [sb], la strategia integrale è visibile al
http://www.nlm.nih.gov/bsd/pubmed_subsets/comp_med_strategy.html.

- History of Medicine : filtro per identificare pubblicazioni di carattere storico, attivabile con il subset history
[sb]. http://www.nlm.nih.gov/bsd/pubmed_subsets/history_strategy.html

- Space Life Sciences : Filtro specifico per l’ambito della biologia aerospaziale, sviluppato in collaborazione con
la        NASA           SPACELINE              office.        E’utilizzato         come          space        [sb].
http://www.nlm.nih.gov/bsd/pubmed_subsets/space_strategy.html.

- Systematic Reviews : specifico per revisioni sistematiche , meta-analisi, EBM, linee guida. Si attiva utilizzando
systematic         [sb].          La           strategia         completa           è         visibile           al:
http://www.nlm.nih.gov/bsd/pubmed_subsets/sysreviews_strategy.html

- Toxicology : Utilizzato per selezionare citazioni in ambito tossicologico. Si usa a queto scopo il subset tox [sb].
La       strategia       completa        è       visibile       al      seguente        indirizzo       web         :
http://www.nlm.nih.gov/bsd/pubmed_subsets/tox_strategy.html. E’ stata realizzata in collaborazione con il
Specialized Information Services della NLM.




                                                                                                                     19
                                                  Appendice 3
                                                 Journal subset




    Subset
                                                   Journal/Citation Subset
     Code


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S
             journals
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X            AIDS/HIV journals (selected citations from other journals 1980-2000)




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                                                    Appendice 4
                                           Funzioni della barra di ricerca

      5                          6                                    7




                                                                  4
1                2                   3                                     8                                 9




1 Numero totale di records identificati
2 Numero progressivo visualizzati
3 e 4 Filtro applicato (vedi par 2.1)
5 Permette di visualizzare i risultati della ricerca in differenti formati (semplice , Abstract, MEDLINE).
6 Seleziona il numero delle citazioni visualizzate in una pagina (5,10,20, 50 100, 200, 500)
7 Seleziona i risultati ordinati per data di pubblicazione, autore, titolo della rivista.
8 Seleziona le modalità di salvataggio delle citazioni ricercate (in genere sempre come formato di testo).
9 Visualizza il numero delle pagine e permette di visualizzare quella voluta.




                                                                                                                 21
                                                                    Appendice 5

Dettaglio dei risultati (in formato summary) dei risultati della strategia di ricerca per la terapia a
                               base di tiroxina (par 2.2, primo esempio)
                                                                                                                                                One page.
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- Dizionario medico : http://scientifico.pneumonet.it/tradform.asp
- Pagine dedicate all’uso di PubMed :
http://www.aib.it/aib/contr/barazia1.htm#faq01
http://www.usl8.toscana.it/biblioteca/pubmed-guide.html

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http://www.biocfarm.unibo.it/cat/pubmed/overview-1.html : Tutorial in lingua italiana tradotto da quello
della Univerity of Florida.
- Toxnet : http://toxnet.nlm.nih.gov/ : Fornisce informazioni bibliografiche riguardo alla tossicologia ed alle
proprietà chimiche, farmacologiche di farmaci e composti chimici. Permette la consultazione contemporanea di
più banche dati tossicologiche (HSDB, IRIS, GENE-TOX, CCRIS, TOXLINE, DART/ETIC, TRI,
ChemIDplus).
- Rxlist : http://www.ebmny.org/resource.html : Fornisce molte informazioni riguardo ai farmaci in
commercio.
- Med line plus : http://www.nlm.nih.gov/medlineplus/ : Pagina a carattere informativo e divulgativo
destinata prevalentemente agli utenti.
- Clinical Trials : http://clinicaltrials.gov/ct/gui : Permette l’accesso previa registrazione a 2 data base di trias
clinici : ISRCTN ed il meta-Register of Controlled Trias.
- Pub Med central : http://www.pubmedcentral.nih.gov/ : Fornisce l’accesso ad un grande numero di riviste
scientifiche, consultabili gratuitamente.
- Centro Cochrane Italiano : http://www.areas.it/ : Pagina del Centro Cochrane Italiano. Contiene tra l’altro
la traduzione italiana degli abstracts di alcune revisioni sistematiche contenute nella Cochrane Library.-
MedLine in italiano : http://www.dematel.it/cgi-bin/med/med.pl : Interfaccia italiano per effettuare ricerche
in Med Line
- Cochrane consumer Network : http://www.cochraneconsumer.com/ : Pagina contenete informazoni sulla
efficacia di interventi sanitari destinato prevelentemente agli utenti.
- Current controlled Trials : http://controlled-trials.com/ : Data base di Trials clinici randomizzati
- Clinical Evidence : http://www.clinicalevidence.com
- GIMBE : http://www.gimbe.org/Praticare-EBM/Quick-access.htm : Pagina del Gruppo Italiano per la
Medicina Basata sull’Evidenza. Contiene links di accesso a moltissime riviste ed alle più importanti banche dati.
-         DARE           (Database        of       Abstracts        of      reviews         of       Effects        :
http://144.32.228.3/scripts/WEBC.EXE/NHSCRD/start : Contiene gli abstracts strutturati di revisioni
sistematiche pubblicate sulle maggiori riviste mediche e analizzate qualitativamente da esperti del NHS Centre
for Reviews and Dissemination della University of York, Inghilterra.
- Evidence- based Medicine Resources Center : http://www.ebmny.org/resource.html
Contiene numerosi links a banche dati e permette di consultarli attraverso un metamotore di ricerca.- Pratica
Clinica : http://www.praticaclinica.it/ : Rivista on line
- Journals of Negative Results in Medicine : http://www.jnrbm.com/home/ : Pagina contenente trials con
risultati negativi.- Il pensiero scientifico editore : http://www.pensiero.it/guida/guida.htm
- Free Medical Journals : http://freemedicaljournals.com/ : Consente l’accesso on-line gratuito ad un grande
numero di riviste mediche in diverse lingue.




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