grosse

Document Sample
grosse Powered By Docstoc
					                   Pacific Symposium on Biocomputing 5:611-620 (2000)




     Î Ê          ÅÍÌÍ Ä ÁÆ ÇÊÅ ÌÁÇÆ Ç                                               Ç ÁÆ            Æ
                      ÆÇÆ Ç ÁÆ    Æ

       ÁÎÇ   ÊÇËË    ¸ Ë    Ê          κ    ÍÄ       Ê   θ Àº            Í        Æ      ËÌ   ÆÄ

     Ó×ØÓÒ ÍÒ Ú Ö× Øݸ      ÒØ Ö   ÓÖ ÈÓÐÝÑ Ö ËØÙ             ×    Ò               Ô ÖØÑ ÒØ Ó    È Ý×    ׸
                                  Ó×ØÓÒ¸ Å        ¼¾¾½ ¸ ͺ˺          º


                     ÁÊÃ ÀÇÄËÌ              ¸ À   ÆËÈ     Ì       Ê À          Ê     Ä

                              ÀÙÑ ÓÐ Ø ÍÒ Ú Ö× ØÝ                 ÖÐ Ò¸
       ÁÒ×Ø ØÙØ   ÓÖ Ì     ÓÖ Ø    Ð    ÓÐÓ Ý     Ò   Ì   ÓÖ Ø             Ð       ÓÔ Ý×    ×   ÖÓÙÔ¸
                   ÁÒÚ Ð     Ò×ØÖº     ¿¸    ß½¼½½ ¸          ÖÐ Ò¸            ÖÑ ÒÝ


    ÇÒ      × ÔÖÓ Ð Ñ Ò Ø    Ò ÐÝ× × Ó Æ × ÕÙ Ò × × Ø Ö Ó Ò Ø ÓÒ Ó ÔÖÓØ Ò¹
     Ó Ò      Ò ×º ÓÑÔÙØ Ö Ð ÓÖ Ø Ñ× ØÓ    ÐØ Ø   Ò    ÒØ ¬ Ø ÓÒ Ú       ÓÑ
     ÑÔÓÖØ ÒØ × ÒÓÑ × ÕÙ Ò Ò ÔÖÓ Ø× Ú ØÙÖÒ ÖÓÑ Ñ ÔÔ Ò ØÓ Ð Ö ¹× Ð
    × ÕÙ Ò Ò ¸ Ö ×ÙÐØ Ò Ò Ò ÜÔÓÒ ÒØ ÐÐÝ ÖÓÛ Ò ÒÙÑ Ö Ó × ÕÙ Ò ÒÙ Ð ÓØ ×
    Ø Ø Û Ø Ø Ö ÒÒÓØ Ø ÓÒº Å ÒÝ ×Ø Ø ×Ø Ð Ô ØØ ÖÒ× Ú        Ò × ÓÚ Ö Ø Ø
     Ö « Ö ÒØ Ò Ó Ò Ò ÒÓÒ Ó Ò Æ ¸ ÙØ ÑÓ×Ø Ó Ø Ñ Ú ÖÝ ÖÓÑ ×Ô × ØÓ
    ×Ô ×¸ Ò        Ò Ö ÕÙ Ö ÔÖ ÓÖ ØÖ Ò Ò ÓÒ ÓÖ Ò ×ѹ×Ô ¬     Ø × Ø׺ À Ö ¸ Û
     ÒÚ ×Ø Ø Ø Ö Ü ×Ø ×Ô ×¹ Ò Ô Ò ÒØ ×Ø Ø ×Ø Ð Ô ØØ ÖÒ× Ø Ø Ö « Ö ÒØ
     Ò Ó Ò Ò ÒÓÒ Ó Ò Æ º Ï ÒØÖÓ Ù Ò Ò ÓÖÑ Ø ÓÒ¹Ø ÓÖ Ø ÕÙ ÒØ Øݸ Ø
     ÚÖ      ÑÙØÙ Ð Ò ÓÖÑ Ø ÓÒ ´ ÅÁµ¸ Ò Û ¬Ò Ø Ø Ø ÔÖÓ        Ð ØÝ ×ØÖ ÙØ ÓÒ
     ÙÒ Ø ÓÒ× Ó Ø      ÅÁ Ö × Ò ¬ ÒØÐÝ « Ö ÒØ Ò Ó Ò Ò ÒÓÒ Ó Ò Æ ¸
    Û Ð Ø Ý Ö ÐÑÓ×Ø ÒØ Ð ÓÖ « Ö ÒØ ×Ô ×º Ì × ¬Ò Ò ×Ù ×Ø× Ø Ø Ø
      ÅÁ Ñ Ø       Ù× ÙÐ ÓÖ Ø Ö Ó Ò Ø ÓÒ Ó ÔÖÓØ Ò¹ Ó Ò Ö ÓÒ× Ò ÒÓÑ × ÓÖ
    Û      ØÖ Ò Ò × Ø× Ó ÒÓØ Ü ×غ


½ ÁÒØÖÓ Ù Ø ÓÒ
  Æ     ÖÖ × Ø     Ò Ø Ò ÓÖÑ Ø ÓÒ Ó Ñ ÒÝ Ð Ú Ò ÓÖ Ò ×Ñ׸ Ò ÓÒ Ó Ð Ó
   ÒÓÑ ÔÖÓ Ø× × ØÓ ÜØÖ Ø Ø Ø Ò ÓÖÑ Ø ÓÒº ÇÒ × ÔÖÓ Ð Ñ Ò Ø Ò Ðݹ
× × Ó Æ × ÕÙ Ò × × Ø Ö Ó Ò Ø ÓÒ Ó Ò ×º Ë Ò ÜÔ Ö Ñ ÒØ Ð Ø Ò ÕÙ ×
 ÐÓÒ Ö ÒÓØ ÔÔÖÓÔÖ Ø ÓÖ Ö Ó Ò Þ Ò ÐÐ Ò × Ò Ú ÖÝ ÒÓÑ ¸ ÓÑÔÙØ Ö
 Ð ÓÖ Ø Ñ× Ö Ù× ÙÐ ÓÖ ÔÖ Ø Ò Ø ÐÓ Ø ÓÒ Ó Ò ×½ ¾ ¿ º Ò ¹¬Ò Ò
ÔÖÓ Ö Ñ× ÓÑ Ò Ø × Ö ÓÖ ÓÐÓ                 Ð × Ò Ð× Û Ø Ø     Ò ÐÝ× × Ó ×Ø ¹
Ø ×Ø Ð Ô ØØ ÖÒ× Ø Ø Ö « Ö ÒØ Ò Ó Ò Ò ÒÓÒ Ó Ò Æ º Å ÒÝ ×Ù
Ô ØØ ÖÒ× Ú        Ò × ÓÚ Ö        ½¼ ½½ ½¾ ½¿ ½ ½ ½ ½ ½ ½ ¾¼ ¾½
                                                                ¸ ÙØ ÑÓ×Ø Ó
Ø Ñ Ú ÖÝ ÖÓÑ ×Ô × ØÓ ×Ô ×º Ì × ×Ô × Ô Ò Ò Ö ÕÙ Ö × ØÖ ¹
Ø ÓÒ Ð Ò       ÒØ ¬ Ø ÓÒ ÔÖÓ Ö Ñ×     ØÖ Ò ÓÒ ÓÖ Ò ×ѹ×Ô ¬            Ø × Ø×
    ÓÖ Ø Ý Ò        ÔÔÐ ØÓ × Ö ÓÖ Ò × Ò ÙÒ¹ ÒÒÓØ Ø            Æ × ÕÙ Ò ×º
À Ö Û ÒÚ ×Ø Ø Û Ø Ö Ø Ö Ü ×Ø ×Ô ×¹ Ò Ô Ò ÒØ ×Ø Ø ×Ø Ð Ô ØØ ÖÒ×
Ø Ø Ö « Ö ÒØ Ò Ó Ò Ò ÒÓÒ Ó Ò Æ º
                     Pacific Symposium on Biocomputing 5:611-620 (2000)




¾ ÅÙØÙ Ð ÁÒ ÓÖÑ Ø ÓÒ ÙÒ Ø ÓÒ
ÁÒ × Ö     ÓÖ ×Ù   Ô ØØ ÖÒ׸ Û ×ØÙ Ý ÓÖ Ó Ò               Ò ÒÓÒ Ó Ò    Æ Ø      ÑÙØÙ Ð
                       ¾¾ ¾¿ ¾   ¾
Ò ÓÖÑ Ø ÓÒ ÙÒ Ø ÓÒ

                                                          È ´ µ
                        Á´ µ             È ´ µ ¡ ÐÓ                                 ´½µ
                                     ½
                                                      ¾
                                                          Ô ¡Ô
Û Ö Ô ÒÓØ × Ø ÔÖÓ                   Ð ØÝ Ó ¬Ò Ò Ø ÒÙ Ð ÓØ Ò ¾                        Ì ¸
  Ò È ´ µ ÒÓØ × Ø ÔÖÓ                 Ð ØÝ Ó ¬Ò Ò Ø Ô Ö Ó ÒÙ Ð ÓØ × Ò Ò Ò
×Ô Ö Ø         Ý       Ô Ó Ð Ò Ø º Á ´ µ ÕÙ ÒØ ¬ × Ø          ÑÓÙÒØ Ó Ò ÓÖÑ Ø ÓÒ ´ Ò
ÙÒ Ø× Ó Ø×µ Ø Ø ÓÒ Ó Ø Ò× ÓÙØ ÒÙ Ð ÓØ                        Ý Ð ÖÒ Ò Ø         ÒØ ØÝ Ó
ÒÙ Ð ÓØ               ×Ø Ò        Û Ýº
       Ì ÓÐÐÓÛ Ò ØÛÓ Ü ÑÔÐ × Ñ Ý × ÖÚ ØÓ ÐÐÙ×ØÖ Ø Ø ÒØÙ Ø Ú Ñ Ò Ò
Ó Á ´ µº ÓÒ× Ö Ö Ò ÓѸ ÙÒ ÓÖÖ Ð Ø × ÕÙ Ò ¸ Ò Û                                ÒÙ Ð ÓØ
Ó ÙÖ× Ò Ô Ò ÒØÐÝ Ó ÒÝ ÓØ Ö ÒÙ Ð ÓØ                   Ò Ø × ÕÙ Ò º ÁÒØÙ Ø Ú ÐÝ Ø ×
  Ð Ö Ø Ø Û ÒÒÓØ Ó Ø Ò ÒÝ Ò ÓÖÑ Ø ÓÒ ÖÓÑ ÒÝ ÒÙ Ð ÓØ                             ÓÙØ ÒÝ
ÒÙ Ð ÓØ          ¸ ×Ó Á ´ µ × ÓÙÐ        Þ ÖÓ ÓÖ ÐÐ ×Ø Ò × º ÁÒ           Á ´ µ ¼ ÓÖ
  ÐÐ        ÓÖ Ò ØÓ Õº ´½µ¸ × Ò Ø ×Ø Ø Ñ ÒØ Ø Ø ÐÐ ÒÙ Ð ÓØ × Ö ×Ø Ø ×¹
Ø ÐÐÝ Ò Ô Ò ÒØ Ò Ñ Ø Ñ Ø ÐÐÝ ÓÖÑÙÐ Ø                            Ý Ø × Ø Ó ÕÙ Ð Ø ×
È ´ µ Ô ¡ Ô ÓÖ ÐÐ ¸ ¸ Ò º ÖÓÑ Ø × ÕÙ Ð Ø × Ø ÓÐÐÓÛ× Ø Ø ÐÐ Ø
ÐÓ Ö Ø Ñ× ÔÔ Ö Ò Ò Õº ´½µ Ö Þ ÖÓ¸ Ò                   Ò Ø ×ÙÑ Ò Õº ´½µ × ÕÙ Ð
ØÓ Þ ÖÓº
         × × ÓÒ Ü ÑÔÐ ÓÒ× Ö × ÕÙ Ò Ò Û                               ÒÙ Ð ÓØ Ó ÙÖ¹
Ö Ò Û Ø ÕÙ Ð ÔÖÓ             Ð ØÝ Ô ½ × Ø ÖÑ Ò               Ý Ø ÔÖ Ú ÓÙ× ÒÙ Ð ÓØ º
ÁÒ Ø × × Û Û ÐÐ                Ð ØÓ Ø ÖÑ Ò Ø          ÒØ ØÝ Ó ÒÙ Ð ÓØ           Ý Ð ÖÒ¹
 Ò Ø           ÒØ ØÝ Ó º ÁÒØÙ Ø Ú ÐÝ Û × Ý Û Ó Ø Ò Ò Ò ÓÖÑ Ø ÓÒ Ó ¾ Ø×
     ÓÙØ      Ý Ð ÖÒ Ò Ø           ÒØ ØÝ Ó º ÁÒ        Á ´ µ ¾ Ý Õº ´½µ¸ ×Ó            Ò
   Õº ´½µ Ö × Û Ø ÓÙÖ ÒØÙ Ø ÓÒº ÓÖ ÕÙ Ø ÖÒ ÖÝ × ÕÙ Ò × Á ´ µ ÐÛ Ý× Ö Ò ×
 ÖÓÑ ¼ ØÓ ¾¸ Ò ÓÖ ÑÓ×Ø Æ × ÕÙ Ò × Á ´ µ × ÐÓ× ØÓ ¼¸ Û                        ×Ø Ø × Ø Ø
 Ò ØÝÔ Ð Æ × ÕÙ Ò Ø Ò ÓÖÑ Ø ÓÒ Ò ÒÙ Ð ÓØ                               ÓÙØ ÒÙ Ð ÓØ
      × ×Ñ Ðк Á Á ´ µ × ÑÓÒÓØÓÒ ÐÐÝ            Ö × Ò Û Ø ¸ Ø Ñ Ò× Ø Ø Ø Ò¹
 ÓÖÑ Ø ÓÒ Ò ÒÙ Ð ÓØ                 ÓÙØ ÒÙ Ð ÓØ           Ø× ×Ñ ÐÐ Ö × Ø       ×Ø Ò
    ØÛ Ò         Ò       Ò Ö × ×º
          º ½ × ÓÛ× Á ´ µ ÓÖ Ó Ò Ò ÒÓÒ Ó Ò Æ Ó Ò Ñ Ð× ÜØÖ Ø ÖÓÑ
     Ò Ò ¾ Ö Ð × ½½½º Ï ¬Ò Ø Ø ÓÖ ÒÓÒ Ó Ò Æ Á ´ µ                            Ý× ØÓ Þ ÖÓ¸
Û Ð ÓÖ Ó Ò Æ Á ´ µ Ó× ÐÐ Ø × ØÛ Ò ØÛÓ Ú Ð٠׸ Ø Ò¹ Ö Ñ ÑÙØÙ Ð
 Ò ÓÖÑ Ø ÓÒ¸ Á Ò ¸ Ø ×Ø Ò × Ø Ø Ö ÑÙÐØ ÔÐ × Ó ¿¸ Ò Ø ÓÙØ¹Ó ¹ Ö Ñ
ÑÙØÙ Ð Ò ÓÖÑ Ø ÓÒ¸ ÁÓÙØ ¸ Ø ÓØ Ö º Ì Ô Ö Ó ¹¿ Ó× ÐÐ Ø ÓÒ× Ò Ó Ò Æ
ÓÖ Ò Ø ÖÓÑ Ø ÔÖ × Ò Ó Ø                     Ò Ø Ó ¸ Ò ÖÓÑ Ø ÒÓÒÙÒ ÓÖÑ ØÝ Ó
Ø       Ó ÓÒ Ö ÕÙ Ò Ý ×ØÖ ÙØ ÓÒ¾ ¾ ¾ º
                                  Pacific Symposium on Biocomputing 5:611-620 (2000)




    ÙÖ ½ ÅÙØÙ Ð Ò ÓÖÑ Ø ÓÒ ÙÒ Ø ÓÒ¸ Á ´ µ¸ Ó Ó Ò Æ ´Ø Ò Ð Ò µ Ò ÒÓÒ Ó Ò Æ
´Ø     Ð Ò µ ÖÓÑ Ø × Ø Ó Ò Ñ Ð Æ Ò Ò Ò ½½½º Ï ÜØÖ Ø ÖÓÑ ¬Ð × ÔÖ ½º× Õ¸
   ÔÖ ¾º× Õ¸ ÔÖ ¿º× Õ¸ ÖÓ º× Õ¸ Ñ Ñº× Õ¸ ÚÖØº× Õ¸          ÒÚ½º× Õ¸ Ò     ÒÚ¾º× Õ¸
 ÐÐ ÔÖÓØ Ò¹ Ó Ò ÜÓÒ× Ò ÐÐ ÒØÖÓÒ× Û Ø          Ñ Ò ÑÙÑ Ð Ò Ø Ó ¿¼¼ Ô¸ Ò Û ÙØ
Ø × × ÕÙ Ò × ÒØÓ ÒÓÒ¹ÓÚ ÖÐ ÔÔ Ò Ö Ñ ÒØ× Ó Ð Ò Ø ¿¼¼ Ô¸ ×Ø ÖØ Ò Ø Ø      ³¹ Ò º Ï
 ÓÑÔÙØ Ø ÑÙØÙ Ð Ò ÓÖÑ Ø ÓÒ ÙÒ Ø ÓÒ Ó          Ö Ñ Òظ Ò ×ÔÐ Ý Ø      ÚÖ    ÓÚ Ö ÐÐ
ÑÙØÙ Ð Ò ÓÖÑ Ø ÓÒ ÙÒ Ø ÓÒ× ´Ó ÜÓÒ× Ò ÒØÖÓÒ× × Ô Ö Ø Ðݵº Ï Ð Á ´ µ ÓÖ ÒÓÒ Ó Ò
  Æ         Ý× ÑÓÒÓØÓÒ ÐÐÝ ØÓ Þ ÖÓ ×    Ò Ö × ×¸ Á ´ µ Ó Ó Ò Æ × ÓÛ× Ô Ö× ×Ø ÒØ
Ô Ö Ó ¹¿ Ó× ÐÐ Ø ÓÒ׺

                   0.015
      I(k)(bits)




                   0.010


                   0.005


                   0.000
                           0          10         20          30            40        50        60
                                                    distance k (bp)


¿                  ÚÖ          ÅÙØÙ Ð ÁÒ ÓÖÑ Ø ÓÒ ´ ÅÁµ
Ì        Ý Ó Á ´ µ ÓÖ ÒÓÒ Ó Ò Æ Ò Ø          Ý Ó Ø ÒÚ ÐÓÔ Ó Á ´ µ ÓÖ
 Ó Ò Æ Ò            Ø Ø    Ü ×Ø Ò Ó ÐÓÒ ¹Ö Ò ÓÖÖ Ð Ø ÓÒ׺ ÀÓÛ Ú Ö¸ Ú Ò
Û Ò Ò Ð Ø Ò Ø Ó× ÓÖÖ Ð Ø ÓÒ׸ Ø Ö Ñ Ò Ò ×Ø Ø ×Ø Ð Ô ØØ ÖÒ× Ö ×ØÖÓÒ
 ÒÓÙ ØÓ ×Ø Ò Ù × Ó Ò ÖÓÑ ÒÓÒ Ó Ò Æ º Æ Ð Ø Ò Û                   Ó ÓÒ¹
 Ó ÓÒ ÓÖÖ Ð Ø ÓÒ׸ Ø Ó ÒØ ÔÖÓ      ÐØ ×È ´ µ Ò      ÓÑÔÙØ Ò Ø ÖÑ× Ó
Ø ½¾ ÔÓ× Ø ÓÒ Ð ÒÙ Ð ÓØ ÔÖÓ Ð Ø ×¸ Դѵ ¸ Ó ¬Ò Ò Ø ÒÙ Ð ÓØ Ò Ø
ÔÓ× Ø ÓÒ Ñ ¾ ½ ¾ ¿ Ò Ò Ö ØÖ Ö ÐÝ Ó× Ò Ö       Ò Ö Ñ × ÓÐÐÓÛ× ¿¼

                                 Ô´½µ ¡ Ô´½µ · Ô´¾µ ¡ Ô´¾µ · Ô´¿µ ¡ Ô´¿µ        ÓÖ    ¿
                        ½
     È ´ µ
                        ¿
                          ¡      Ô´½µ ¡ Ô´¾µ · Ô´¾µ ¡ Ô´¿µ · Ô´¿µ ¡ Ô´½µ        ÓÖ        ½¼        ´¾µ
                                 Ô´½µ ¡ Ô´¿µ · Ô´¾µ ¡ Ô´½µ · Ô´¿µ ¡ Ô´¾µ        ÓÖ        ½½

ËÒ Ø ×                   ÓÒ Ò Ø Ø Ö Ð Ò Ò Õº ´¾µ « Ö ÓÒÐÝ Ý Ô ÖÑÙØ Ø ÓÒ Ó
×Ù × Ö ÔØ×               Ò ¸ Á ´ µ ××ÙÑ × ÓÒÐÝ ØÛÓ « Ö ÒØ Ú Ð٠׸ Ò Ñ ÐÝ Á Ò Ò ÁÓÙØ º
Ï × ÑÔÐ                 Ø Ô´Ñµ ÖÓÑ       × ÕÙ Ò ¸ ÓÑÔÙØ È ´ µ ÖÓÑ Ô´Ñµ Ý Ù× Ò
  Õº ´¾µ¸ Ò              Ø Ò ÓÑÔÙØ Á Ò Á ´¿µ Ò ÁÓÙØ Á ´ µ Á ´ µ ÖÓÑ È ´ µº
                             Pacific Symposium on Biocomputing 5:611-620 (2000)




    Ï ¬Ò Ø Ø ÐÒ ´Á Ò µ Ò ÐÒ ´ÁÓÙØ µ Ö ÐÑÓ×Ø Ð Ò ÖÐÝ Ô Ò Òظ Ò Ö
Ø Ù×    ÐÝ ÓÖÖ Ð Ø ´ ÓÖÖ Ð Ø ÓÒ Ó Æ ÒØ         ¼    ÓÖ ÓØ Ó Ò Ò
ÒÓÒ Ó Ò Æ µº Ì × × ÑÔÐ ¬ × Ø ÕÙ ×Ø ÓÒ Ó ÓÛ ØÓ ÓÑ Ò Á Ò Ò ÁÓÙØ
 ÒØÓ × Ò Ð ÕÙ ÒØ Øݸ × ÐÑÓ×Ø ÒÝ ÓÑ Ò Ø ÓÒ Û ÐÐ Ý Ð ÔÔÖÓÜ Ñ Ø ÐÝ Ø
× Ñ     ÙÖ Ýº ÓÖ Ø ×     Ó ×Ý ÒØ ÖÔÖ Ø Ø ÓÒ¸ Û      ÓÓ× × ÑÔÐ Ð Ò Ö
 ÓÑ Ò Ø ÓÒ Ò      ¬Ò Ø   Ú Ö    ÑÙØÙ Ð Ò ÓÖÑ Ø ÓÒ
                                                 ¿½


                                     ÅÁ     Á Ò ¡ È Ò · ÁÓÙØ ¡ ÈÓÙØ               ´¿µ
Û Ö È Ò ½ ¿ Ò ÈÓÙØ ¾ ¿ ÒÓØ Ø Ó ÙÖÖ Ò ÔÖÓ                 ÐØ ×Ó ÁÒ Ò
ÁÓÙØ º Ï Ò ÓÓ× Ò È Ò Ò ÈÓÙØ Ò Ø × Û Ý¸ Ø       ÅÁ ÕÙ ÒØ ¬ × Ø   ÚÖ
 ÑÓÙÒØ Ó Ò ÓÖÑ Ø ÓÒ ´ Ò ÙÒ Ø× Ó Ø×µ Ø Ø ÓÒ Ó Ø Ò× ÓÙØ ÒÙ Ð ÓØ
 Ý Ð ÖÒ Ò ÓØ Ø       ÒØ ØÝ Ó ÒÙ Ð ÓØ      Ò    Ø    ×Ø Ò      ØÛ Ò
 Ò      × ÑÙÐØ ÔÐ Ó ¿º
      Ì ÔÖ Ø Ð ÑÔÐ Ñ ÒØ Ø ÓÒ Ó Ø     Ð ÓÖ Ø Ñ ÐÓÓ × × ÓÐÐÓÛ×
    ½º       ÓÙÒØ Ø ÒÙÑ Ö Ó Ó ÙÖÖ Ò × Ó ÒÙ Ð ÓØ Ò ¾              Ì Ò ÔÓ× ¹
          Ø ÓÒ Ñ ¾ ½ ¾ ¿ Ó Ò Ö ØÖ Ö ÐÝ Ó× Ò Ö        Ò Ö Ñ Ò        ÚÒ Æ
          × ÕÙ Ò Ó Ð Ò Ø Æ º ÒÓØ Ø Ø ÒÙÑ Ö Ý Æ ´Ñµ º
    ¾º        Ú Æ ´Ñµ Ý Æ ¿¸ Ø ØÓØ Ð ÒÙÑ Ö Ó ÒÙ Ð ÓØ × Ó ÙÖÖ Ò Ò ÔÓ× ¹
          Ø ÓÒ Ñ¸ Ò     ¬Ò Ø ÔÓ× Ø ÓÒ Ð ÒÙ Ð ÓØ   Ö ÕÙ Ò Ý Ô
                                                             ´Ñµ
                                                                 ¿ ¡ Æ ´Ñµ Æ º
          ÆÓØ Ø Ø Ø ÔÓ× Ø ÓÒ Ð ÒÙ Ð ÓØ     Ö ÕÙ Ò × Ö ÒÓÖÑ Ð Þ ØÓ ½¸ Ø Ø
              È ´Ñµ
           ×      ½ Ô    ½ ÓÖ ÐРѺ
    ¿º       ÓÑÔÙØ È ´¿µ Ò È ´ µ ÖÓÑ Ô´Ñµ Ý Ù× Ò Õº ´¾µº
                      È¿ ´Ñµ
     º        ¬Ò Ô      Ñ ½
                            Ô    ¿¸ Û    × Ø ÓÚ Ö Ðи ÒÓÖÑ Ð Þ Ö ÕÙ Ò Ý Ó
          ÒÙ Ð ÓØ Ò º
     º       ÓÑÔÙØ Á ´¿µ Ò Á ´ µ ÖÓÑ È ´¿µ¸ È ´ µ¸ Ò Ô Ý Ù× Ò Õº ´½µº
              ¬Ò Á Ò Á ´¿µ Ò ÁÓÙØ Á ´ µ × Û ÐÐ × È Ò ½ ¿ Ò ÈÓÙØ ¾ ¿º
     º       ÓÑÔÙØ Ø    ÚÖ    ÑÙØÙ Ð Ò ÓÖÑ Ø ÓÒ ´ ÅÁµ Ý Ù× Ò Õº ´¿µº
Ì        ×ÓÙÖ        Ó     × Ú Ð Ð ÙÔÓÒ Ö ÕÙ ×Ø ÖÓÑ ÚÓ Ùº Ùº

                ÙÖ Ý
   º ¾ × ÓÛ× Ø    ÅÁ ×ØÓ Ö Ñ× ÓÖ Ó Ò Ò ÒÓÒ Ó Ò ÙÑ Ò Æ × ¹
ÕÙ Ò × Ó Ð Ò Ø ½¼ Ô ÖÓÑ Ø           Ø × Ø× Ó     ØØ Ò ÌÙÒ ½ º Ë Ò Ø
  ÅÁ Ó × ÒÓØ Ö ÕÙ Ö ÔÖ ÓÖ ØÖ Ò Ò ¸ Û × ÓÛ Ø   ÅÁ ×ØÓ Ö Ñ× ÓÖ ÓØ Ø
ØÖ Ò Ò Ò Ø Ø ×Ø × Øº Ï ¬Ò Ø Ø ÓÖ ÓØ          Ø × Ø× Ø  ÅÁ ×ØÖ ÙØ ÓÒ×
 Ö × Ò ¬ ÒØÐÝ « Ö ÒØ ÓÖ Ó Ò Ò ÒÓÒ Ó Ò Æ º
         ÓÖ Ø    ×       Ó × ÑÔÐ Øݸ ××ÙÑ   Æ       ÑÙÐØ ÔÐ Ó ¿º
                                          Pacific Symposium on Biocomputing 5:611-620 (2000)




   ÙÖ ¾ ÅÁ ×ØÖ ÙØ ÓÒ× Ó Ø × Ø× ÙÑ ½¼ ´×ÓÐ Ð Ò ×µ Ò ÙÑ ½¼ ´ ×              Ð Ò ×µ
Ó      ØØ Ò ÌÙÒ ½ ÓÖ Ó Ò Æ ´Ø Ò Ð Ò ×µ Ò ÒÓÒ Ó Ò Æ ´Ø           Ð Ò ×µº ÁÒ ÓØ
  Ø × Ø× Ø    ÅÁ ×ØÖ ÙØ ÓÒ Ó ÒÓÒ Ó Ò Æ × ÒØ Ö       Ø × Ò ¬ ÒØÐÝ ×Ñ ÐÐ Ö Ú ÐÙ ×
Ø ÒØ       ÅÁ ×ØÖ ÙØ ÓÒ Ó Ó Ò Æ º Ì ÙÑÙÐ Ø Ú ×ØÖ ÙØ ÓÒ ÙÒ Ø ÓÒ× Ó Ø          ÅÁ
ÔÖ × ÒØ Ò Ø Ò× Ø × ÓÛ Ø Ø Ø      ÅÁ ÐÐÓÛ× × Ö Ñ Ò Ø ÓÒ Ó Ó Ò Ò ÒÓÒ Ó Ò
  Æ Û Ø Ò ÙÖ Ý Ó ÔÔÖÓÜ Ñ Ø ÐÝ ±º

                                 1.0
                                       1.0
                                       0.8
                                       0.6
                                 0.8
          normalized frequency




                                       0.4
                                       0.2
                                       0.0 −6
                                 0.6     10     10
                                                     −4    −2
                                                          10
                                                                      0
                                                                     10



                                 0.4


                                 0.2


                                 0.0 −6                         −4           −2                     0
                                   10                 10             10                        10
                                                average mutual information (bits)

     ÁÒ ÓÖ Ö ØÓ ÓÑÔ Ö Ø        ÙÖ Ý Ý Û      Ø    ÅÁ Ò ×Ø Ò Ù × Ó Ò
 ÖÓÑ ÒÓÒ Ó Ò Æ Û Ø Ø               ÙÖ Ý Ó ØÖ Ø ÓÒ Ð Ó Ò Ñ ×ÙÖ ×¸ Û
Ù× Ø ×Ø Ò Ö        Ò Ñ Ö Ø ×Ø Ò        Ø × Ø× Ó     ØØ Ò ÌÙÒ ½ º Ì Ð ½
× ÓÛ× Ø       ÙÖ Ý Ó Ø ØÓÔ Ô × ¹ Ò Ô Ò ÒØ Ó Ò Ñ ×ÙÖ × × Ö Ò
 Ò       ØØ Ò ÌÙÒ ½ Ò Ø          ÙÖ Ý Ó Ø      ÅÁ ÓÑÔÙØ ÓÒ Ü ØÐÝ Ø
× Ñ      Ø × Ø׺ Ï ¬Ò Ø Ø Ø       ÅÁ × × ÙÖ Ø × Ñ ÒÝ Ó Ø ØÖ Ø ÓÒ Ð
 Ó Ò Ñ ×ÙÖ ×¸ Û          Ö ØÖ Ò ÓÒ ÓÖ Ò ×ѹ×Ô ¬        Ø × Ø×½ ¸ Ò ÓÒØÖ ×Ø
ØÓ Ø     ÅÁ¸ Û      Ó × ÒÓØ Ö ÕÙ Ö ÔÖ ÓÖ ØÖ Ò Ò º

    ËÔ                 × ÁÒ Ô Ò Ò
  Ø Ö Ú Ò ÓÙÒ Ø Ø Û Ø ÓÙØ ÔÖ ÓÖ ØÖ Ò Ò Ø               ÅÁ Ò ×Ø Ò Ù ×
 Ó Ò ÖÓÑ ÒÓÒ Ó Ò Æ × ÙÖ Ø ÐÝ × ØÖ Ø ÓÒ Ð Ó Ò Ñ ×ÙÖ ×¸ Ø
ÕÙ ×Ø ÓÒ Ö × × Ø ÔÖÓ       Ð ØÝ ×ØÖ ÙØ ÓÒ ÙÒ Ø ÓÒ× Ó Ø   ÅÁ Ö ×Ô ×¹
 Ò Ô Ò Òغ     º ¿ × ÓÛ× Ø     ×ØÓ Ö Ñ× Ó Ø   ÅÁ ÓÖ Ø ÜÓÒÓÑ × Ø׸ Ó ¹
Ø Ò ÖÓÑ Ò Ò ¾ Ö Ð × ½½½º Ï ¬Ò Ø Ø ÓÖ ÐÐ ×ØÙ               ÓÖ Ò ×Ñ× Ø
  ÅÁ ×ØÖ ÙØ ÓÒ× Ö × Ò ¬ ÒØÐÝ « Ö ÒØ ÓÖ Ó Ò Ò ÒÓÒ Ó Ò Æ º
                    Pacific Symposium on Biocomputing 5:611-620 (2000)




Ì Ð ½        ÙÖ Ý Ó      Ó Ò Ñ ×ÙÖ × Ò Ø    ÅÁº Ï ÓÑÔ Ö Ø         ÙÖ × Ó Ø
  ×Ø Ô × ¹ Ò Ô Ò ÒØ Ó Ò Ñ ×ÙÖ × × Ú ÐÙ Ø        Ý    ØØ Ò ÌÙÒ ½ ØÓ Ø   ÙÖ Ý
Ó Ø      ÅÁ ÓÖ Ø Ö × Ø× Ó Ó Ò Ò ÒÓÒ Ó Ò ÙÑ Ò Æ × ÕÙ Ò × Ó Ð Ò Ø ×
 Ô¸ ½¼ Ô¸ Ò ½ ¾ Ôº Ï ¬Ò Ø Ø¸ ÓÒ ÐÐ Ø Ö Ð Ò Ø × Ð ×¸ Ø        ÙÖ Ý Ó Ø    ÅÁ
´Û Ø ÓÙØ ÔÖ ÓÖ ØÖ Ò Ò µ × ÓÑÔ Ö Ð ØÓ Ø   ÙÖ Ý Ó ØÖ Ø ÓÒ Ð Ó Ò Ñ ×ÙÖ × ´ Ø Ö
ÔÖ ÓÖ ØÖ Ò Ò µº

             Ó Ò Å ×ÙÖ                          Ô        ½¼ Ô            ½ ¾ Ô
    ½º      ÀÜ ÑÖ                            ¼º ±         ¿º½±             º¾±
    ¾º      ÈÓ× Ø ÓÒ ×ÝÑÑ ØÖÝ                ¼º¾±          º ±            ¼º ±
    ¿º         Ó ÓÒ Í×                       ¼º¾±         ¾º ±            ¿º ±
     º       ÓÙÖ Ö                            º ±          º ±            ¼º ±
     º      À Ü Ñ Ö¹½                         º ±         ¾º ±            ¿º ±
     º      À Ü Ñ Ö¹¾                         º ±         ¾º ±            ¿º ±
     º      ÊÙÒ                               º ±         ¼º¿±            ½º¿±
     º       Ó ÓÒ Í×                          º¾±          º¼±             º ±
     º       ÅÁ                               º¾±          º½±            ¼º ±


Ï Ð×Ó ¬Ò Ø Ø ÓÖ ÓØ Ó Ò Ò ÒÓÒ Ó Ò Æ Ø               ÅÁ ×ØÖ ÙØ ÓÒ×
  Ö Ú ÖØÙ ÐÐÝ Ø × Ñ ÓÖ ÐÐ ×ØÙ   ÓÖ Ò ×Ñ׺ Ì × ×Ô ×¹ Ò Ô Ò Ò Ó
Ø     ÅÁ ×ØÖ ÙØ ÓÒ× × ÒØ Ö ×Ø Ò   Ù× Ø    ÅÁ × ÙÒ Ø ÓÒ Ó Ø Ó ÓÒ
Ù× ¸ Û         × ÒÓÛÒ ØÓ ×Ô × Ô Ò Òؾ ¾ ¾ ¿¾ ¿¿ ¿ ¿ º

    ÙÖ ¿ ÅÁ ×ØÖ ÙØ ÓÒ× Ó ÜÓÒ× ´Ø Ò Ð Ò µ Ò ÒØÖÓÒ× ´Ø        Ð Ò µº Ï ÜØÖ Ø ÖÓÑ Ø
   Ò Ò ½½½ ¬Ð × ÔÖ ½º× Õ¸ ÔÖ ¾º× Õ¸ ÔÖ ¿º× Õ¸ ÖÓ º× Õ¸ Ñ Ñº× Õ¸ ÚÖØº× Õ¸
    ÒÚ½º× Õ¸    ÒÚ¾º× Õ¸ ÔÐÒ½º× Õ¸ Ò     ÔÐÒ¾º× Õ ÐÐ ÔÖÓØ Ò¹ Ó Ò ÜÓÒ× Ò ÐÐ Ò¹
ØÖÓÒ× Û Ø     Ñ Ò ÑÙÑ Ð Ò Ø Ó ½¼ Ô¸ Ò Û ÙØ Ø × × ÕÙ Ò × ÒØÓ ÒÓÒ¹ÓÚ ÖÐ ÔÔ Ò
 Ö Ñ ÒØ× Ó Ð Ò Ø ½¼ Ô¸ ×Ø ÖØ Ò Ø Ø       ³¹ Ò º Ï Ù×       Ò ÖÝ ØÖ ØÓ Ø ÓÖ Þ ÐÐ
 Ù ÖÝÓØ      Æ × ÕÙ Ò × ÒØÓ Ò Ñ Ð× Ò ÔÐ ÒØ׸ Ú ÖØ Ö Ø × Ò ÒÚ ÖØ Ö Ø ×¸ Ñ ÑÑ Ð×
 Ò ÒÓÒ¹Ñ ÑÑ Ð Ò Ú ÖØ Ö Ø ×¸ × Û ÐÐ × ÔÖ Ñ Ø × Ò ÒÓÒ¹ÔÖ Ñ Ø Ñ ÑÑ Ð׺ ËÔ ¬¹
  ÐÐݸ Û ¬Ò ÔÖ Ñ Ø × ÔÖ ½ · ÔÖ ¾ ·ÔÖ ¿¸ ÒÓÒ¹ÔÖ Ñ Ø Ñ ÑÑ Ð× ÖÓ · Ñ Ñ¸ Ñ Ñ¹
Ñ Ð× ÔÖ Ñ Ø × · ÒÓÒ¹ÔÖ Ñ Ø Ñ ÑÑ Ð׸ ÒÓÒ¹Ñ ÑÑ Ð Ò Ú ÖØ Ö Ø × ÚÖظ Ú ÖØ Ö Ø ×
   Ñ ÑÑ Ð× · ÒÓÒ¹Ñ ÑÑ Ð Ò Ú ÖØ Ö Ø ×¸ ÒÚ ÖØ Ö Ø ×        ÒÚ½ · ÒÚ¾¸ Ò Ñ Ð× Ú Ö¹
Ø Ö Ø × · ÒÚ ÖØ Ö Ø ×¸ Ò ÔÐ ÒØ× ÔÐÒ½ · ÔÐÒ¾º Ï ÓÑÔÙØ ÓÖ                « Ö ÒØ × Ø× Ó
ÓÖ Ò ×Ñ× Ø      ÅÁ Ó ÐÐ Æ × ÕÙ Ò × Ó ÕÙ Ð Ð Ò Ø ½¼ Ô Ò × ÓÛ Ø               ×ØÓ Ö Ñ×
Ó Ø     ÓÖÖ ×ÔÓÒ Ò ÅÁ Ú ÐÙ × Ò Ô Ò Ð× ´ µß´ µ¸ Û      Ö ÓÖ Ò Þ      × ÓÐÐÓÛ× Ø ØÓÔ
ÖÓÛ Ó Ø ØÛÓ Ô Ò Ð× ÓÑÔ Ö × ´ µ ÔÖ Ñ Ø × Û Ø ´ µ ÒÓÒ¹ÔÖ Ñ Ø Ñ ÑÑ Ð× Ø × ÓÒ
ÖÓÛ ÓÑÔ Ö × ´ µ Ñ ÑÑ Ð× Û Ø ´ µ ÒÓÒ¹Ñ ÑÑ Ð Ò Ú ÖØ Ö Ø × Ø Ø Ö ÖÓÛ ÓÑÔ Ö ×
´ µ Ú ÖØ Ö Ø × Û Ø ´ µ ÒÚ ÖØ Ö Ø × Ò Ø       ÓØØÓÑ ÖÓÛ ÓÑÔ Ö × ´ µ Ò Ñ Ð× Û Ø ´ µ
ÔÐ ÒØ׺ ÓÖ ÐÐ Ø ÜÓÒÓÑ Ð ×× ×¸ Ø       ÅÁ ×ØÖ ÙØ ÓÒ Ó ÒÓÒ Ó Ò Æ × ÒØ Ö               Ø
× Ò ¬ ÒØÐÝ ×Ñ ÐÐ Ö Ú ÐÙ × Ø Ò Ø     ÅÁ ×ØÖ ÙØ ÓÒ Ó Ó Ò Æ º Ì             ×Ò Ó × ¹
Ò ¬ ÒØ « Ö Ò × ØÛ Ò Ø          ×ØÓ Ö Ñ× Ó « Ö ÒØ Ø ÜÓÒÓÑ       Ø ÓÖ × ×Ø Ø × Ø Ø Ø
  ÅÁ ×ØÖ ÙØ ÓÒ× Ö ×Ô × Ò Ô Ò ÒØ ÖÓ×× Ø ×ØÙ                Ø ÜÓÒÓÑ Ð ×× × ÓÖ ÓØ
 Ó Ò Ò ÒÓÒ Ó Ò Æ º
                                             Pacific Symposium on Biocomputing 5:611-620 (2000)




                       1.0                                                                           1.0
normalized frequency                                                (a)                                                                           (b)




                                                                              normalized frequency
                       0.8                                                                           0.8

                       0.6                                                                           0.6

                       0.4                                                                           0.4

                       0.2                                                                           0.2

                       0.0 −6           −4              −2                0                          0.0 −6           −4              −2                0
                         10           10             10               10                               10           10             10               10
                                average mutual information (bits)                                             average mutual information (bits)

                       1.0                                                                           1.0
                                                                    (c)                                                                           (d)




                                                                              normalized frequency
normalized frequency




                       0.8                                                                           0.8

                       0.6                                                                           0.6

                       0.4                                                                           0.4

                       0.2                                                                           0.2

                       0.0 −6           −4              −2                0                          0.0 −6           −4              −2                0
                         10           10             10               10                               10           10             10               10
                                average mutual information (bits)                                             average mutual information (bits)
                       1.0                                                                           1.0
                                                                    (e)                                                                           (f)
                                                                              normalized frequency
normalized frequency




                       0.8                                                                           0.8

                       0.6                                                                           0.6

                       0.4                                                                           0.4

                       0.2                                                                           0.2

                       0.0 −6           −4              −2                0                          0.0 −6           −4              −2                0
                         10           10             10               10                               10           10             10               10
                                average mutual information (bits)                                             average mutual information (bits)
                       1.0                                                                           1.0
                                                                    (g)                                                                           (h)
normalized frequency




                                                                              normalized frequency




                       0.8                                                                           0.8

                       0.6                                                                           0.6

                       0.4                                                                           0.4

                       0.2                                                                           0.2

                       0.0 −6           −4              −2                0                          0.0 −6           −4              −2                0
                         10           10             10               10                               10           10             10               10
                                average mutual information (bits)                                             average mutual information (bits)
                  Pacific Symposium on Biocomputing 5:611-620 (2000)




   ÉÙ ÒØ ¬ Ø ÓÒ Ó ËÔ             × ÁÒ Ô Ò Ò
ÁÒ ÓÖ Ö ØÓ ÕÙ ÒØ Ø Ø Ú ÐÝ ÓÑÔ Ö Ø   ×Ô × Ò Ô Ò Ò         Ó Ø     ÅÁ ØÓ
Ø    ×Ô × Ò Ô Ò Ò          Ó Ø  Ó ÓÒ Ù× ¸ Û ÒØÖÓ Ù        ÕÙ ÒØ ØÝ Ø Ø
Û ÐÐ Ø       Ö  Ó ×Ô     ×  Ô Ò Ò  ´ Ë µº ¬Ò Ü Ò Ý ´ ½              ŵ
ØÓ Ø Ù×        Ö ÕÙ Ò × Ó Ø Å         Ó ÓÒ× ÓÖ ØÛÓ ÒÓÒ¹ÓÚ ÖÐ ÔÔ Ò × Ø×
Ó ½¼¾ Æ × ÕÙ Ò × Ó Ð Ò Ø ½¼ Ôº ÒÓØ Ý

                     ¾
                         ´   µ
                                      Å
                                           ´Ü   Ý µ   ´Å · ½µ
                                                   ¾
                                                                        ´ µ
                                       ½
                                            Ü ·Ý
Ø ÒÓÖÑ Ð Þ      ×Ø Ò   ØÛ             Ò ØÛÓ ×ØÓ Ö Ñ×     ´Ü½    ÜÅ µ Ò
´Ý½    ÝÅ µº Ä Ø ¸ Ò ¸ ¸              Ò     Ò
                                               ÒÓØ Ø   ÓÙÖ ÔÓ×× Ð ×ØÓ Ö Ñ×
 ÓÖ Ó Ò Ò ÒÓÒ Ó Ò Æ                     ÖÓÑ Ø Ø ÜÓÒÓÑ ÖÓÙÔ×       Ò    º Ï
  ¬Ò Ø     Ë ØÓ Ø Ö Ø Ó Ó             Ø    ÚÖ     ×Ø Ò   ØÛ Ò ×Ô × Ò Ø
 ÚÖ     ×Ø Ò     ØÛ Ò Ó Ò               Ò ÒÓÒ Ó Ò Æ ¸
                                 ¾
                                  ´          µ·    ¾
                                                       ´        µ
                         Ë       ¾´
                                                           Ò   Ò
                                                                        ´ µ
                                            Òµ ·       ´       Òµ
                                                   ¾


    Ï Ò ÐÝÞ Ø           Ö Ó ×Ô × Ô Ò Ò Ó Ø               Ó ÓÒ Ù×    ÓÒ ÓÙÖ
Ø ÜÓÒÓÑ Ð Ú Ð× Ý ÓÑÔ Ö Ò ÔÖ Ñ Ø × Û Ø ÒÓÒ¹ÔÖ Ñ Ø Ñ ÑÑ Ð׸ Ñ Ñ¹
Ñ Ð× Û Ø ÒÓÒ¹Ñ ÑÑ Ð Ò Ú ÖØ Ö Ø ×¸ Ú ÖØ Ö Ø × Û Ø ÒÚ ÖØ Ö Ø ×¸ Ò
 Ò Ñ Ð× Û Ø ÔÐ ÒØ׺ Ï Ö Ò ÓÑÐÝ Ô ÖØ Ø ÓÒ Ø × Ø Ó ÐÐ Ò Ò ¹½½½ × ¹
ÕÙ Ò × ÒØÓ ÒÓÒ¹ÓÚ ÖÐ ÔÔ Ò ÐÓ × Ó ½¼¾ × ÕÙ Ò ×¸ Ò ÓÑÔ Ö ÐÐ ÔÓ×¹
× Ð ÓÑ Ò Ø ÓÒ× Ó Ø × ÐÓ ×º Ì Ð ¾ × ÓÛ× Ø              ÚÖ      Ë ÓÚ Ö Ø ×
 ÓÑ Ò Ø ÓÒ׺
      ÓÐÙÑÒ ½ Ó Ì Ð ¾ × ÓÛ× Ø Ø Ø              Ö Ó ×Ô × Ô Ò Ò Ó Ø
 Ó ÓÒ Ù×      × ÕÙ Ø ×Ñ ÐÐ ´¼º¼½µ Û Ò ÔÖ Ñ Ø × Ö ÓÑÔ Ö ØÓ ÒÓÒ¹ÔÖ Ñ Ø
Ñ ÑÑ Ð׺ Ì × ×Ø Ø × Ø Ø Ø         Ó ÓÒ Ù×       × ÒÓØ ÒØ Ð Ò ÔÖ Ñ Ø × Ò
ÒÓÒ¹ÔÖ Ñ Ø Ñ ÑÑ Ð׸ ÙØ Ø × ×Ó × Ñ Ð Ö Ø Ø Ø Ó ÓÒ Ù×             «ÖÒ × ¹
ØÛ Ò ÔÖ Ñ Ø × Ò ÒÓÒ¹ÔÖ Ñ Ø Ñ ÑÑ Ð× × ÓÙØ ½¼¼ Ø Ñ × ×Ñ ÐÐ Ö Ø Ò Ø
  « Ö Ò × ØÛ Ò ÜÓÒ× Ò ÒØÖÓÒ׺ Ï Ò Û ÓÑÔ Ö Ú ÖØ Ö Ø × ØÓ ÒÚ Ö¹
Ø Ö Ø ×¸ Ø       Ö Ó ×Ô × Ô Ò Ò Ò Ö × × ØÓ ÓÙØ ¼º ¸ Û                ×Ø Ø ×
Ø ØØ       « Ö Ò × ØÛ Ò ×Ô × Ö ÔÔÖÓÜ Ñ Ø ÐÝ ¾»¿ × Ð Ö × Ø              « Ö¹
 Ò × ØÛ Ò ÜÓÒ× Ò ÒØÖÓÒ׺ Ì                Ø ÖÓÑ ÓÐÙÑÒ ½ Ö ÓÒ× ×Ø ÒØ Û Ø
Ø Û Ðй ÒÓÛÒ Ø Ø Ø Ø          Ó ÓÒ Ù×      × ×Ô × Ô Ò Òؾ ¾ ¾ ¿¾ ¿¿ ¿ ¿ º
    Æ Üظ Û Ò ÐÝÞ Ø             Ö Ó ×Ô × Ô Ò Ò Ó Ø               ÅÁ Ý ×¹
 Ö ØÞÒ Ø       ÓÒØ ÒÙÓÙ× ÅÁ ×ØÖ ÙØ ÓÒ× × ÓÐÐÓÛ× Û Ò ÓÑÔ Ö Ò ØÛÓ
  ÅÁ ×ØÖ ÙØ ÓÒ×       Ò      ´×     º ¿µ¸ Û Ñ Ô Ø     ÅÁ Ú ÐÙ × ÒØÓ Å
  Ò× Ò ×Ù       ÛÝØ Ø            Ò ¾ ½          Å ÓÒØ Ò× Ø × Ñ ÒÙÑ Ö
                    Pacific Symposium on Biocomputing 5:611-620 (2000)




Ì Ð ¾ Ì           Ö Ó ×Ô × Ô Ò Ò Ó Ø              Ó ÓÒ Ù×      Ò Ø     ÅÁº ÓÐÙÑÒ ½
  ×ÔÐ Ý× Ø     Ë Ó Ø     Ó ÓÒ Ù×      Ø Ú ÐÙ Ó ¼º¼½ Ò ÖÓÛ ½ ×Ø Ø × Ø Ø Ø        Ó ÓÒ
Ù×      « Ö Ò × ØÛ Ò ÔÖ Ñ Ø × Ò ÒÓÒ¹ÔÖ Ñ Ø Ñ ÑÑ Ð× Ö ÓÒÐÝ ½± Ó Ø            «ÖÒ ×
   ØÛ Ò Ó Ò Ò ÒÓÒ Ó Ò Æ º Ï Ò Æ × Ò ÐÝÞ                       ÖÓÑ ×Ô × ÐÓÒ Ò ØÓ
  « Ö ÒØ Ø ÜÓÒÓÑ Ð ×× ×¸ Ô ÝÐ ¸ ÓÖ Ò ÓÑ× ´ÖÓÛ× ¾¸ ¿¸ Ò µ¸ Ø         Ë    ÓÑ × Ð Ö Ö¸
Û      ÕÙ ÒØ ¬ × Ø Û Ðй ÒÓÛÒ Ø Ø Ø Ø         Ó ÓÒ Ù×    × ×ØÖÓÒ ÐÝ ×Ô × Ô Ò Òغ
  ÓÐÙÑÒ× ¾ ×ÔÐ Ý× Ø      Ö Ó ×Ô × Ô Ò Ò Ó Ø               ÅÁ¸ Û     Û ÓÑÔÙØ Ò Ø
× Ñ Û Ý ´ Ò ÓÖ Ø × Ñ × Ø× Ó × ÕÙ Ò ×µ × ÓÖ Ø          Ó ÓÒ Ù× º Ì       Ö Ó ×Ô ×
   Ô Ò Ò Ó Ø       ÅÁ Ò Ú Ö Ü    × ¼º¼¾¸ ÕÙ ÒØ Ý Ò Ø ¬Ò Ò ÖÓÑ º ¿ Ø Ø Ø           ÅÁ
  ×ØÖ ÙØ ÓÒ× Ö ×Ô × Ò Ô Ò Òغ

            Ð ××    Ó   ÓÖ Ò ×Ñ                             Ó ÓÒ Ù×        ÅÁ
       ÔÖ Ñ Ø ×     ß   ÒÓÒ¹ÔÖ Ñ Ø Ñ ÑÑ Ð×                    ¼º¼½        ¼º¼½
      Ñ ÑÑ Ð×       ß   ÒÓÒ¹Ñ ÑÑ Ð Ò Ú ÖØ Ö Ø ×               ¼º½¼        ¼º¼½
     Ú ÖØ Ö Ø ×     ß    ÒÚ ÖØ Ö Ø ×                          ¼º          ¼º¼½
         Ò Ñ Ð×     ß   ÔÐ ÒØ×                                ¼º          ¼º¼¾

Ó     Ø ÔÓ ÒØ× Ü · Ý º Ï Ø Ò ÓÑÔÙØ Ø         Ë Ó Ø × × Ö ØÞ          ÅÁ
  ×ØÖ ÙØ ÓÒ×     Ò     ÓÖ Ø × Ñ ÐÓ × Ó ½¼¾ × ÕÙ Ò × Ó Ð Ò Ø ½¼ Ô
 × Û Ù× ØÓ Ð ÙÐ Ø Ø         Ë Ó Ø    Ó ÓÒ Ù×      ×ØÖ ÙØ ÓÒ׺
     Ï ¬Ò ´ ÓÐÙÑÒ ¾ Ó Ì Ð ¾µ Ø Ø Ø        ÅÁ « Ö Ò × ØÛ Ò ÔÖ Ñ Ø ×
 Ò ÒÓÒ¹ÔÖ Ñ Ø Ñ ÑÑ Ð× Ö        ÓÙØ ½¼¼ Ø Ñ × ×Ñ ÐÐ Ö Ø Ò Ø     ÅÁ « Ö¹
 Ò × ØÛ Ò ÜÓÒ× Ò ÒØÖÓÒ׺ ÁØ × ×ÙÖÔÖ × Ò Ø Ø Ø              Ö Ó ×Ô ×
   Ô Ò Ò Ö Ñ Ò× Ó Ø ÓÖ Ö Ó ¼º¼½ Û Ò Ñ ÑÑ Ð× Ö ÓÑÔ Ö ØÓ ÒÓÒ¹
Ñ ÑÑ Ð Ò Ú ÖØ Ö Ø ×¸ ÓÖ Û Ò Ú ÖØ Ö Ø × Ö ÓÑÔ Ö ØÓ ÒÚ ÖØ Ö Ø ×º
  Ú Ò Û Ò Æ ÖÓÑ Ò Ñ Ð× × ÓÑÔ Ö ØÓ Æ ÖÓÑ ÔÐ ÒØ׸ Ø                    ÅÁ
Ý Ð ×       Ö Ó ×Ô × Ô Ò Ò Ó ÓÒÐÝ ¼º¼¾º Ì              Ø ÖÓÑ ÓÐÙÑÒ ¾
 Ö Ò Ö Ñ ÒØ Û Ø Ø Ó × ÖÚ Ø ÓÒ¸ × ÓÒ              º¾ Ò       º ¿¸ Ø Ø Ø
  ÅÁ ×ØÖ ÙØ ÓÒ× Ö ×Ô × Ò Ô Ò Òغ
     Ì × ×Ô × Ò Ô Ò Ò ¸ Ò ÓÒÒ Ø ÓÒ Û Ø Ø ¬Ò Ò Ø Ø Ø                    Ù¹
Ö ÝÓ Ø       ÅÁ × ÓÑÔ Ö Ð ØÓ Ø       ÙÖ Ý Ó ØÖ Ø ÓÒ Ð Ó Ò Ñ ×ÙÖ ×¸
×Ù ×Ø× Ø Ø Ø       ÅÁ Ñ Ø ÔÓ×× ÐÝ Ù× ÙÐ ÓÖ Ø Ö Ó Ò Ø ÓÒ Ó ÔÖÓØ Ò¹
 Ó Ò Ö ÓÒ× Ò ÒÓÑ × ÓÖ Û           ØÖ Ò Ò × Ø× Ó ÒÓØ Ü ×غ

Ê        Ö Ò ×
    ½º        Øظ º Ϻ ² ÌÙÒ ¸ º¹Ëº ´½ ¾µ ÆÙ Ð       × Ê ×º ¾¼¸           ½ß    ¼º
    ¾º     Ð Ò ¸ ź ˺ ´½ µ º ÓÑÔº Óк ¾¸ ß½½ º
    ¿º    ÙÖ× Ø¸ ź ² Ù Ó¸ ʺ ´½ µ ÒÓÑ × ¿ ¸ ¿ ¿ß¿ º
     º        Øظ º Ϻ ´½ µ ÓÑÔÙغ      Ѻ ¾¼¸ ½¼¿ß½½ º
     º    Ð Ú Ö ¸ º¹Åº ´½ µ ÀÙѺ ÅÓк Òº ¸ ½ ¿ ß½ º
                Pacific Symposium on Biocomputing 5:611-620 (2000)




  º ËØ Ò¸ ʺ ² Å Ä Ð Ò¸ º º ´½ ¾µ ÆÙ Ð                 × Ê ×º ½¼¸ ½ ½ß½ º
  º      Øظ º Ϻ ´½ ¾µ ÆÙ Ð        × Ê ×º ½¼¸ ¿¼¿ß ¿½ º
  º Ñ Ð ÓÖ¸ Àº ´½ µ º Ø ÓÖº Óк ½½ ¸ ½¾ ß½¿ º
  º Ù Ó¸ ʺ¸ ÃÒÙ × Ò¸ ˺¸ Ö ¸ ƺ ² ËÑ Ø ¸ ̺ º ´½ ¾µ º ÅÓк Óк
    ¾¾ ¸ ½ ½ß½ º
½¼º ÓÖÓ ÓÚ× ¸ ź ² Å ÁÒ Ò ¸ º ´½ ¿µ º ÅÓк Óк ¾ ¸ ½ß½ º
½½º Ð Ò ¸ ź ˺ ² ÊÓÝØ Ö ¸ ź º ´½ ¿µ ÓËÝ×Ø Ñ× ¿¼¸ ½ ¿ß½ ¾º
½¾º ÓÒ ¸ ˺ ² Ë ÖÐ׸ º º ´½ µ ÒÓÑ × ¾¿¸ ¼ß ½º
½¿º ËÓÐÓÚÝ Ú¸ κ κ¸ Ë ÐÓÑÓÚ¸ º º ² Ä ÛÖ Ò ¸ º º ´½ µ ÆÙ Ð               ×
    Ê ×º ¾¾¸ ½ ß ½ ¿º
½ º Ì ÓÑ ×¸ º ² Ë ÓÐÒ ¸ ź Àº ´½ µ ÁŠº Å Ø º ÔÔк Å º Óк
    ½½¸ ½ ß½ ¼º
½ º ËÒÝ Ö¸ º º ² ËØÓÖÑÓ¸ º º ´½ µ º ÅÓк Óк ¾ ¸ ½ß½ º
½ º Ù¸ º ² Í Ö           Ö¸ º º ´½ µ º ÓÑÔÙغ Óк ¸ ¿¾ ß¿¿ º
½ º Ì Û Ö ¸ ˺ Ø Ðº ´½ µ ÓÑÔÙغ ÔÔк Ó× º ½¿¸ ¾ ¿ß¾ ¼º
½ º     Ò ¸ ź ɺ ´½ µ ÈÖÓ º Æ Øк       º Ë º ÍË       ¸    ß º
½ º ÙÖ ¸ º ² à ÖÐ Ò¸ ˺ ´½ µ º ÅÓк Óк ¾ ¸ ß º
¾¼º Ë ÐÞ Ö ¸ ˺¸ Ð Ö¸ º¸ Ã × ¸ ˺ ² Ï Ø ¸ Ǻ ´½ µ ÆÙ Ð                   ×
    Ê ×º ½ ¸     ß º
¾½º ÃÐ « ¸ º Ø Ðº ´½ µ Ó Ò ÓÖÑ Ø × ½ ¸ ¾¿¾ß¾ ¿º
¾¾º Ë ÒÒÓÒ¸ º º ´½ µ ÐÐ ËÝ×غ Ì Òº º ¾ ¸ ¿ ß ¾¿¸ ¾¿ß º
¾¿º ÃÙÐÐ     ¸ ˺ ´½ µ ÁÒ ÓÖÑ Ø ÓÒ Ì ÓÖÝ Ò ËØ Ø ×Ø × ´ ÓÚ Ö¸ Æ Û
     ÓÖ µº
¾ º ÐØ× Ùк ˺ º ´½ ½µ º ÅÓк Óк ¾½ ¸         ß º
¾ º Û Ý¸ ̺ º ´½ µ Ö Ø Ð× Ò ÅÓÐ ÙÐ Ö ÓÔ Ý× × ´ÇÜ ÓÖ ÍÒ Ú Ö× ØÝ
    ÈÖ ×׸ ÇÜ ÓÖ µº
¾ º Ò Ò ¸ Ö Ð × ½½½¸ ½ ÔÖ Ð ½ º
¾ º    Ö׸ Ϻ ² ÖÓ× Ò¸ Àº ´½ µ Æ ØÙÖ ¾ ¸ ¿¾ ß¿¾ º
¾ º Á ÑÙÖ ¸ ̺ ´½ ½µ º ÅÓк Óк ½ ¸ ½ß¾½º
¾ º Ë ÖÔ¸ Ⱥ ź ² Ä ¸ Àº ´½ µ ÆÙ Ð           × Ê ×º ½ ¸ ½¾ ½ß½¾ º
¿¼º À ÖÞ Ð¸ Àº ² ÖÓ×× ¸ Áº ´½ µ È Ý×        ¾½ ¸ ½ ß ¾º
¿½º ÖÓ×× ¸ Áº¸ À ÖÞ Ð¸ Àº¸ ÙÐ ÝÖ Ú¸ ˺ κ ² ËØ ÒРݸ Àº º ´½ µ ËÔ ×
    ÁÒ Ô Ò Ò       Ó ÅÙØÙ Ð ÁÒ ÓÖÑ Ø ÓÒ Ò     Ó Ò    Ò ÆÓÒ Ó Ò        Æ ¸
    ×Ù Ñ ØØ º
¿¾º ÙÐÑ Ö¸ ź ´½ µ Æ ØÙÖ ¿¾ ¸ ¾ ß ¿¼º
¿¿º ÖÒ Ö ¸ º ´½ µ ÒÒº Ê Úº Ò Øº ¾¿¸ ¿ ß ½º
¿ º Æ ÑÙÖ ¸ º Ø Ðº ´½ µ ÆÙ Ð               × Ê ×º ¾ ¸ ¾½ ß¾½ º
¿ º à ÖÐ Ò¸ ˺ ² ÅÖ Þ ¸ º ´½ µ ÈÖÓ º Æ Øк        º Ë º ÍË       ¸ ½¼¾¾ ß
    ½¼¾¿¾º

				
DOCUMENT INFO
Shared By:
Categories:
Tags:
Stats:
views:4
posted:10/26/2011
language:English
pages:10